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安德鲁·宾德;Lelièvre，托尼;吉迪恩·辛普森

广义并行复制动力学。 （英语） Zbl 1352.92187号

J.计算。物理学。 284, 595-616 (2015).
摘要：亚稳态是进行长分子动力学模拟的常见障碍。为了克服这个问题，人们提出了许多数值方法。一种方法是并行副本动力学，它依赖于潜在随机过程快速收敛到准静态分布。应用并行复制动态的两个要求是了解过程收敛到准静态分布的时间尺度，以及从该分布生成样本的机制。通过将Fleming-Viot粒子系统与收敛诊断相结合，在生成样本的同时，同时识别过程何时收敛，我们可以解决这两个问题。该算法的这种变化通过各种数值例子进行了说明，包括具有熵势垒的例子和由七个原子组成的2D Lennard-Jones簇。

引用于6文件

MSC公司：

92E99型 化学
92-08 生物学问题的计算方法
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

加速分子动力学;亚稳性;准静态分布;并行副本动态

软件：

GSL公司;SPRNG公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{A.Binder}等人，《计算杂志》。物理。284595-616（2015；Zbl 1352.92187）
全文： 内政部 arXiv公司

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