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帕特里克·阿马尔;洛伊奇·波列维

HSIM：用于系统生物学的混合随机模拟系统。 （英语） Zbl 1352.92058号

Feret，Jéróme（编辑）等人，《第三届静态分析和系统生物学国际研讨会论文集》（SASB 2012），法国多维尔，2012年9月10日。阿姆斯特丹：爱思唯尔。理论计算机科学电子笔记313，3-21，仅电子版（2014）。
小结：本文描述了一种在某种意义上获得两种众所周知的模拟方法中最好的方法：化学反应的随机模拟和以实体为中心的（多智能体）系统。当空间定位不相关时，采用随机模拟算法及其增强版本来模拟反应物充分搅拌混合物的行为；相反，在以实体为中心的方法中，空间定位的原因和后果得到了很好的处理。就计算效率而言，SSA方法受到反应次数而非反应物数量的限制，而以实体为中心的方法则相反。我们将展示如何从每种方法中获益，并为近似随机模拟提出一种新的优化算法。
关于整个系列，请参见[Zbl 1329.92009年9月].

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
90立方厘米 马尔可夫和半马尔可夫决策过程

关键词：

随机模拟;以实体为中心的系统;混合系统

软件：

生物CHAM;HSIM公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{P.Amar}和\textit{L.Paulevé}，电子。注释Theor。计算。科学。313，3-21（2014年；兹比尔1352.92058）
全文： 内政部

参考文献：

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