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AFMPB:用于计算生物分子系统静电的自适应快速多极泊松-玻耳兹曼解算器。 (英语) Zbl 1349.78001号

摘要:介绍了一个Fortran程序包,用于快速评估由线性化泊松-玻尔兹曼方程建模的生物分子系统中的静电势和力。数值求解器使用条件良好的边界积分方程(BIE)公式、节点-面片离散化方案、带有反向通信协议的Krylov子空间迭代求解器包、,以及一种自适应的新版本的快速多极方法,其中使用指数展开对角化多极到局部平移。该程序及其完整描述,以及几个密切相关的库和实用工具可在http://lsec.cc.ac.cn/~lubz/afmpb.html和位于的镜像站点http://mccammon.ucsd.edu/本文是对程序的简要总结:算法、实现和使用。

MSC公司:

78-04 光学和电磁理论相关问题的软件、源代码等
78M16型 多极方法在光学和电磁理论问题中的应用
78A70型 光学和电磁理论的生物学应用
78A30型 静电和磁力静力学

软件:

AFMPB公司
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全文: 内政部