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张勇;Joseph Wun Tat陈;Chin、Francis Y.L。;挺、兴丰;叶德施;张峰;史建宇

约束两两和中心星序列对齐问题。 （英文） Zbl 1354.90124号

J.库姆。最佳方案。 32，第1号，79-94（2016）.
摘要：序列比对是计算生物学中的一个基本问题，在理论计算机科学中也很重要。在本文中，我们考虑一组序列与给定约束序列的对齐问题。给定两个具有给定距离函数的序列\（A=A_1a_2\dots A_n\）和\（B=B_1b_2\dots B_n\）和一个约束序列\（C=C_1c_2\dots C_k\），我们的目标是找到\（A\）和\（B\）相对于约束\（C\）的最优序列比对。我们研究了这个问题的几种变体。如果\（C=C^k\），即\（C\）中的所有字符都相同，则最优约束成对序列比对可以在\（O（\min\｛kn^2，（t-k）n^2）\）时间内求解，其中\（t\）是字符\（C\）在\（A\）和\（B\）中的最小出现次数。如果在最终对齐中，任意两个连续约束字符之间的对齐分数是由某个值上界的，称为GB-CPSA，我们给出了一个时间复杂度为（O（kn^4/logn）的动态规划。对于约束中心星序列比对（CCSA），我们证明了即使在二进制字母表上也能实现最优比对是NP-hard。此外，我们还证明了CCSA的一个否定结果，即在任何常数比内都没有多项式时间算法来近似CCSA。

MSC公司：

90C27型 组合优化
90立方厘米 动态编程

关键词：

序列比对;动态程序设计;复杂性

软件：

ClustalW公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Y.Zhang}等人，J.Comb。最佳方案。32，第1号，79-94（2016；Zbl 1354.90124）
全文： 内政部

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