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生物绘图器:数学生物学中图形理论模式、测量和分析的可视化。 (英语) Zbl 1343.05005号

Mondaini,Rubem P.(编辑),《生物材料》2015。2015年11月2日至6日,印度乌塔拉坎德鲁克国际数学和计算生物学研讨会论文集。新泽西州哈肯萨克:世界科学(ISBN 978-981-3141-90-2/hbk;978-981-3 141-92-6/电子书)。118-140 (2016).
摘要:图论为当代生物学的许多领域提供了数学洞察力,如基因组学、代谢经济学、生态学、进化论、生物化学等,因为它为测试因果假设提供了模式、过程和产品的高度可视化和易于理解的表示。因此,对图论可视化工具的巨大需求使生物学家能够轻松地输入数据、与现有数据库交互并生成各种不同的图形布局。BioGrapher是Graphviz图形可视化库和软件包的通用Excel前端,我们为探索、经验数学(ESTEEM)集合的生物Excel模拟和工具提供了帮助,可在线访问http://www.bioquest.org/ESTEEM网站虽然有许多优秀的独立应用程序可用于不同的平台和操作系统,但BioGrapher的独特之处在于,它符合ESTEEM套件的最佳实践标准,它使用标准且无处不在的Excel环境作为前端和图形用户界面。它实现了图形(节点和边)的可视化,这些图形被指定为使用Excel行和列的电子表格范例的标准邻接矩阵,节点之间的连接由相应行和列中的非零(非空)单元格值表示。完整的Visual Basic for Applications(VBA)Excel界面已作为附加的自定义菜单栏菜单进行编程和实现,具有足够的功能,用户可以调用许多图形绘制和操作例程。在此,我们详细介绍了Excel应用程序(适用于MacOS X和MS Windows 7/8)及其在数学生物学问题解决中的应用。具体来说,我们提供了食物网的细节,作为生物网络的典型示例,可以显示与小世界网络相关的属性和特征。演示了一种使用图论、BioGrapher和互补的JavaBENZER应用程序生成区间图的算法方法。
关于整个系列,请参见[Zbl 1343.92003年].

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05-04 与组合学有关的问题的软件、源代码等
05C90年 图论的应用
68单位35 信息系统的计算方法(超文本导航、接口、决策支持等)
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全文: 内政部