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傅浩跃;杨连平;张向德

基于最小和次优自由能结构的RNA二级结构预测方法。 （英语） Zbl 1343.92377号

J.西奥。生物。 380, 473-479 (2015).
摘要：RNA分子的功能主要由其三级结构决定。其二级结构是其三级结构的重要决定因素。比较方法通常比单序列方法给出更好的结果。基于最小和次优自由能结构，提出了一种预测一组相关RNA保守二级结构的新方法。在该方法中，来自已知RNA结构的信息被用作SVM（支持向量机）分类器中的训练数据。我们的方法已经在下面给出的基准数据集上进行了测试T.普顿等【“CompaRNA:RNA二级结构预测自动化方法连续基准测试服务器”，《Nucl.Acid.Res.41》，第7期，4307-4323（2013；doi:10.1093/nar/gkt101)]. 结果表明，我们的方法的平均灵敏度高于其他比较方法，如CentroidAlifold、MXScrana、RNAlifold和TurboFold。

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
68T05型 人工智能中的学习和自适应系统

关键词：

比较方法;支持向量机;茎普通度

软件：

MARNA公司;CompaRNA公司;RN验证;iLoc-Euk公司;中心Alifold;TurboFold公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{H.Fu}等人，J.Theor。生物380，473--479（2015；Zbl 1343.92377）
全文： DOI程序

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