普里西拉·比勒;卡罗尔·奈布;纪尧姆·贝斯隆;埃里克·坦尼尔 人工生命的比较基因组学。 (英语) Zbl 1478.92129号 贝克曼,阿诺德(编辑)等人,《追求宇宙》。第十二届欧洲可计算性会议,2016年6月27日至7月1日,法国巴黎,CiE 2016。诉讼程序。查姆:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。9709, 35-44 (2016). 摘要:分子进化方法和工具很难验证,因为我们几乎无法直接接触到古代分子。推理方法可以用模拟数据进行测试,产生可以与之进行比较的完整场景。但通常,仿真设计与特定方法的设计是相伴而生的,该方法由同一团队基于相同的假设开发,而这两种方法应该互不干扰。生物信息学实验进化包括进化数字有机体,目的是测试或发现复杂的进化过程。模型的设计没有考虑到特定的推理方法,只有基本的生物学原理。因此,它们提供了一个独特的机会来盲测试推理方法的行为。我们在一个比较基因组学问题上证明了这一概念:推断分离两个基因组的反转数。我们使用Aevol生物信息学实验进化平台,以生成基准,并表明大多数组合或统计估计的反演数在该数据集上失败,而它们在ad-hoc模拟中表现良好。我们认为生物数据可能更接近困难的情况。关于整个系列,请参见[Zbl 1337.68005号]. 引用于1审查引用于6文件 MSC公司: 92D15型 与进化有关的问题 92D10型 遗传学和表观遗传学 92B20型 用于/用于生物研究、人工生命和相关主题的神经网络 92-08 生物学问题的计算方法 关键词:比较基因组学;生物信息学实验进化;基准;重新安排 软件:ALF公司;Aevol公司;INDELible(索引);SimPhy公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{P.Biller}等人,Lect。注释计算。科学。9709,35-44(2016;Zbl 1478.92129) 全文: 内政部 参考文献: [1] Alexeev,N.,Aidagulov,R.,Alekseyev,M.A.:进化换位速率估计的计算方法。收录于:Ortuño,F.,Rojas,I.(eds.)IWBBIO 2015,第一部分,LNCS,第9043卷,第471-480页。斯普林格,海德堡(2015)·doi:10.1007/978-3-319-16483-046 [2] Alexeev,N.,Alekseyev,M.A.:脆弱断裂模型下真实进化距离的估计。Arxiv(2015)。http://arxiv.org/abs/1510.08002 [3] Batut,B.,Parsons,D.P.,Fischer,S.,Beslon,G.,Knibbe,C.:电子实验进化:测试进化场景的工具。BMC生物信息学14(S15),S11(2013)·doi:10.1186/1471-2105-14-S15-S11 [4] Beiko,R.G.,Charlebois,R.L.:基因组进化假说的模拟试验台。生物信息学23(7),825–831(2007)·doi:10.1093/bioinformatics/btm024 [5] Berestycki,N.,Durrett,R.:随机换位随机行走中的相变。普罗巴伯。理论关联。字段136、203–233(2006)·Zbl 1102.60005号 ·doi:10.1007/s00440-005-0479-7 [6] Berthelot,C.,Muffato,M.,Abecassis,J.,Crollius,H.R.:染色质的三维组织解释了进化脆弱的基因组区域。细胞报告10(11),1913-1924(2015)·doi:10.1016/j.celrep.2015.02.046 [7] Biller,P.,Guéguen,L.,Tannier,E.:通过双重切割和连接实现基因组进化的时刻。BMC生物信息。16(补充14),S7(2015)·doi:10.1186/1471-2105-16-S14-S7 [8] Biller,P.,Knibbe,C.,Guéguen,L.,Tannier,E.:打破良好:估算重排距离的脆弱区域多样性。基因组生物学。埃沃。(2016年出版)·doi:10.1093/gbe/evw083 [9] Caprara,A.,Lancia,G.:按反转排序的实验和统计分析。摘自:Sankoff,D.,Nadeau,J.H.(编辑)《比较基因组学》,第171-183页。斯普林格,阿姆斯特丹(2000)·Zbl 1137.92309号 ·doi:10.1007/978-94-011-4309-716 [10] Dalquen,D.A.,Anisimova,M.,Gonnet,G.H.,Dessimoz,C.:ALF——基因组进化的模拟框架。分子生物学。埃沃。29(4), 1115–1123 (2012) ·doi:10.1093/molbev/msr268 [11] Duchemin,W.,Daubin,V.,Tannier,E.:鼠疫耶尔森菌祖先基因组的重建以及与古代序列的比较。BMC基因组。16(补充10),S9(2015)·doi:10.1186/1471-2164-16-S10-S9 [12] Eriksen,N.,Hultman,A.:估计固定次数反转后的预期反转距离。高级申请。数学。32, 439–453 (2004) ·Zbl 1051.92029号 ·doi:10.1016/S0196-8858(03)00054-X [13] Fertin,G.,Labarre,A.,Rusu,I.,Tannier,E.,Vialette,S.:基因组重排组合学。麻省理工学院出版社,伦敦(2009)·Zbl 1170.92022号 ·doi:10.7551/mitpress/9780262062824.001.0001 [14] Fletcher,W.,Yang,Z.:不可磨灭:生物序列进化的灵活模拟器。分子生物学。埃沃。26(8), 1879–1888 (2009) ·doi:10.1093/molbev/msp098 [15] Hall,B.G.:用EvolveAGene 3模拟DNA编码序列进化。分子生物学。埃沃。25(4), 688–695 (2008) ·doi:10.1093/molbev/msn008 [16] Hannenhalli,S.,Pevzner,P.A.:将人转化为小鼠(基因组距离问题的多项式算法)。收录于:第36届计算机科学基础年度研讨会论文集(1995年)·Zbl 0938.68939号 ·doi:10.1109/SFCS.1995.492588 [17] Hillis,D.M.,Bull,J.J.,White,M.E.,Badgett,M.R.,Molineux,I.J.:实验系统发育:已知系统发育的生成。《科学》255(5044),589–592(1992)·doi:10.1126/science.1736360 [18] Hindré,T.,Knibbe,C.,Beslon,G.,Schneider,D.:通过体内和电子实验进化对细菌适应的新见解。自然修订版微生物。10, 352–365 (2012) [19] Knibbe,C.,Coulon,A.,Mazet,O.,Fayard,J.-M.,Beslon,G.:非编码DNA数量的长期进化压力。分子生物学。埃沃。24(10), 2344–2353 (2007) ·doi:10.1093/molbev/msm165 [20] Larget,B.,Simon,D.L.,Kadane,J.B.:关于从动物线粒体基因组排列进行系统发育推断的贝叶斯方法(含讨论)。J.罗伊。Stat.Soc.B 64,681–693(2002年)·Zbl 1067.62115号 ·doi:10.111/1467-9868.00356 [21] Lemaitre,C.,Zaghloul,L.,Sagot,M.-F.,Gautier,C.,Arneodo,A.,Tannier,E.,Audit,B.:精细哺乳动物进化断点的分析为它们与基因组组织的关系提供了新的见解。BMC基因组。10, 335 (2009) ·doi:10.1186/1471-2164-10-335 [22] Lin,Y.,Moret,M.E.:在DCJ模型下估计真正的进化距离。生物信息学24(13),i114–i122(2008)·doi:10.1093/bioinformatics/btn148 [23] Mallo,D.,De Oliveira Martins,L.,Posada,D.:Simphy:基因、位点和物种树的系统发育模拟。系统生物学。65, 334–344 (2016) ·doi:10.1093/sysbio/sv082 [24] Steel,M.,Penny,D.:简约、可能性和模型在分子系统发育学中的作用。分子生物学。埃沃。17(6), 839–850 (2000) ·doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a026364 [25] Swenson,K.M.,Marron,M.,Earnest-DeYoung,J.V.,Moret,B.M.E.:近似两个基因组之间的真正进化距离。《实验算法》12,3.5(2008)·Zbl 1365.92078号 ·数字对象标识代码:10.1145/1227161.1402297 [26] Szollösi,G.J.,Boussau,B.,Abby,S.S.,Tannier,E.,Daubin,V.:横向基因转移的系统发育建模重建了物种形成的模式和相对时间。程序。国家。阿卡德。科学。美国109(43),17513–17518(2012)·doi:10.1073/pnas.1202997109 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。