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穆罕默德·塔尔杜；法提赫·拉希姆；卡瓦克利，I.哈利勒；特尔凯，梅廷

SIRTUIN6小分子抑制剂发现中基于结构的药物设计的Milp-hyperox分类。 （英语） Zbl 1335.90063号

RAIRO，运营。物件。 50，第2期，387-400（2016）.
摘要：对候选药物进行实验分析后，对化学库进行虚拟筛选是基于结构的药物发现中的常见程序。然而，对含有数百万化合物的化学库进行虚拟筛选需要大量的计算和数据分析时间。先验的将文库中的化合物分类为低结合自由能集和高结合自由能集减少了用于虚拟筛选实验的化合物的数量。这种分类还减少了所需的计算时间和资源。数据分析要求很高，因为一个化合物可以用一千多个属性来描述，这使得任何数据分析都非常具有挑战性。本文使用双曲线分类法结合偏最小二乘回归确定药物分子的最相关分子描述符，以实现有效的分类。该方法的有效性在靶蛋白SIRT6上得到了说明。结果表明，使用六种常见的分子描述符（SC-5、SP-6、SHBd、minHaaCH、maxwHBa、FMF），该方法的准确率为83.55%，优于文献中报道的其他方法。此外，前10位命中化合物被确定并报告为SIRT6的候选抑制剂，迄今为止，文献中尚未报告其抑制剂。

引用于1文件

MSC公司：

90立方厘米 混合整数编程
92-08 生物问题的计算方法
92E99型 化学

关键词：

基于结构的药物设计；SIRT6公司；故障指示灯-HB

软件：

AutoDock葡萄酒；国家海洋管理局；PaDEL描述器；公共化学；GAMS游戏；CPLEX公司
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\textit{M.Tardu}等人，RAIRO，Oper。第50号决议，第2号，387--400（2016年；Zbl 1335.90063）
全文： 内政部 链接

参考文献：

[1] P.Armutlu、M.E.Ozdemir、F.Uney-Yuksektepe、I.H.Kavakli和M.Turkay，使用基于混合整数线性规划的超盒方法考虑其ic50值的药物分子分类。BMC生物信息。9（2008）411·doi:10.1186/1471-2105-9-411
[2] P.Armutlu、M.E.Ozdemir、S.Ozdas。I.H.Kavakli和M.Turkay，通过基于结构的药物设计发现用于治疗前列腺癌的新型cyp17抑制剂。莱特。药物设计研究6（2009）337-344·数字对象标识代码：10.2174/1570180810906050337
[3] A.P.Bento等人，《化学生物活性数据库：更新》。《核酸研究》42（2014）D1083-D1090·数字对象标识代码：10.1093/nar/gkt1031
[4] E.E.Bolton、Y.Wang、P.A.Thiessen和S.H.Bryant，Pubchem：小分子和生物活性的集成平台。Ann.Rep.计算。《化学》4（2008）217-241·doi:10.1016/S1574-1400（08）00012-1
[5] B.Cakir、O.Dagliyan、E.Dagyildiz、I.Baris、I.H.Kavakli、S.Kizirel和M.Turkay，基于结构的小分子发现，以调节人类胰岛素降解酶的活性。公共科学图书馆One7（2012）e31787·doi:10.1371/journal.pone.0031787
[6] J.G.Cleary和L.E.Trigg，K*：使用熵距离测量的基于实例的学习者。在Proc。第十二届国际机器学习会议（1995）108-114。
[7] O.Dagliyan、I.H.Kavakli和M.Turkay，使用通用分子描述符对细胞色素p450抑制剂结合自由能和pic50的分类。化学杂志。Inf.模型49（2009）2403-2411·doi:10.1021/ci900247t
[8] O.Dagliyan，F.Uney-Yuksektepe，I.H.Kavakli和M.Turkay，微阵列基因表达数据中基于优化的肿瘤分类。公共科学图书馆One6（2011）e14579·doi:10.1371/journal.pone.0014579
[9] J.-P.Etchegaray、L.Zhong和R.Mostoslavsky，组蛋白脱乙酰化酶sirt6：处于表观遗传学、代谢和疾病之间的十字路口。货币。《医学化学专题》13（2013）2991-3000·doi:10.2174/15680266113136660213
[10] T.Finkel、C.-X.Deng和R.Mostoslavsky，sirtuins生物学和生理学的最新进展。《自然》460（2009）587-591·doi:10.1038/nature08197
[11] E.Frank、M.Hall、L.Trigg、G.Holmes和I.H.Witten，《使用weka的生物信息学数据挖掘》。生物信息.20（2004）2479-2481·doi:10.1093/bioinformatics/bth261
[12] J.Friedman等人，《加性逻辑回归：促进的统计观点》（作者进行了讨论和反驳）。《统计年鉴》28（2000）337-407·Zbl 1106.62323号 ·doi:10.1214/aos/1016218223
[13] R.A.Frye，原核和真核sir2-like蛋白的系统发育分类。生物化学。生物物理学。《联邦公报》273（2000）793-798·doi:10.1006/bbrc.2000.3000
[14] D.Heckerman，贝叶斯网络学习教程。斯普林格（1998）·Zbl 0921.62029号
[15] IBM ILOG，Cplex用户手册12.2（2010）。
[16] J.J.Irwin和B.K.Shoichet，Zinc——用于虚拟筛选的商用化合物的免费数据库。化学杂志。Inf.Model.45（2005）177-182·doi:10.1021/ci049714+
[17] W.L.Jorgensen，计算在药物发现中的多种作用。《科学》303（2004）1813-1818·doi:10.1126/science.1096361
[18] P.Kahraman和M.Turkay，使用双曲线法对1，4-二氢吡啶钙通道拮抗剂进行分类。工业工程化学。第46号决议（2007年）4921-4929·doi:10.1021/ie0614327
[19] A.Kaidi、B.T.Weinert、C.Choudhar和S.P.Jackson，《人类sirt6通过ctip去乙酰化促进dna末端切除》。《科学》329（2010）1348-1353·doi:10.1126/science.1192049
[20] Y.Kanfi等人，《通过营养物可用性调节sirt6蛋白水平》。FEBS Lett.582（2008）543-548·doi:10.1016/j.fbslet.2008.01.019
[21] T.L.A.Kawahara等人，Sirt6将组蛋白h3赖氨酸9脱乙酰化与nf-{（\kappa\）}依赖于b的基因表达和生物体寿命联系起来。Cell136（2009）62-74·doi:10.1016/j.cell.2008.10.052
[22] D.B.Kitchen、H.Decornez、J.R.Furr和J.Bajorath，药物发现虚拟筛选中的对接和评分：方法和应用。《Nat.Rev.Drug Discov.3》（2004）935-949·doi:10.1038/nrd1549
[23] 库比尼，相似与不同：药物化学家的观点。透视。药物研发。设计9（1998）225-252·doi:10.1023/A:1027221424359
[24] C.A.Lipinski、F.Lombardo、B.W.Domini和P.J.Feeney，在药物发现和开发环境中评估溶解度和渗透性的实验和计算方法。《高级药物交付》第64版（2012）4-17·doi:10.1016/j.地址：2012.09.019
[25] G.Liszt、E.Ford、M.Kurtev和L.Guarente，小鼠sir2同源物sirt6是一种核adp-核糖基转移酶。生物学杂志。《化学》280（2005）21313-21320·doi:10.1074/jbc。M413296200
[26] A.D.MacKerell等人，蛋白质分子建模和动力学研究的全原子经验潜力。《物理学杂志》。化学。B102（1998）3586-3616·doi:10.1021/jp973084f
[27] Z.Mao、C.Hine、X.Tian、M.Van Meter、M.Au、A.Vaidya、A.Seluanov和V.Gorbunova，Sirt6通过激活parp1促进压力下的dna修复。《科学》332（2011）1443-1446·doi:10.1212/科学.1202723
[28] E.Michishita、J.Y.Park、J.M.Burneskis、J.C.Barrett和I.Horikawa，人类sirt蛋白的进化保守和非保守细胞定位和功能。分子生物学。Cell16（2005）4623-4635·doi:10.1091/mbc。E05-01-0033号
[29] T.Mitchell和G.A.Showell，构建类药物化学库的设计策略。货币。操作。药物研发。Devel.4（2001）314-318。
[30] R.Mostoslavsky等人，在缺乏哺乳动物sirt6的情况下基因组不稳定性和aging-like表型。Cell124（2006）315-329·doi:10.1016/j.cell.2005.11.044
[31] P.W.Pan、J.L.Feldman、M.K.Devries、A.Dong、A.M.Edwards和J.M.Denu，sirt6的结构和生化功能。生物学杂志。《化学》286（2011）14575-14587·doi:10.1074/jbc。M111.218990号
[32] J.C.Phillips、R.Braun、W.Wang、J.Gumbart、E.Tajkhorshid、E.Villa、C.Chipot、R.D.Skeel、L.Kale和K.Schulten，《与namd的可伸缩分子动力学》。J.计算。《化学》26（2005）1781-1802·Zbl 05429657号 ·doi:10.1002/jcc.20289
[33] J.Platt，使用序列最小优化的支持向量机的快速训练。在《内核方法进展-支持向量学习》第3卷中。(1999).
[34] Y.Qu，B.-L.Adam，Y.Yasui，M.D.Ward，L.H.Cazares，P.F.Schellhammer，Z.Feng，O.J.Semmes和G.L.Wright，表面增强激光解吸/电离质谱血清剖面的增强决策树分析区分前列腺癌和非癌患者。临床。《化学》48（2002）1835-1843。
[35] R.E.Rosenthal，游戏-用户指南（2015）。
[36] M.Szachniuk、M.C.De Cola、G.Felicia和J.Blazewicz，有序着色最长路径问题——应用和新算法综述。RAIRO:OR48（2014）25-51·Zbl 1288.90117号 ·doi:10.1051/ro/2013046
[37] O.Trott和A.J.Olson，《Autodock vina：通过新的评分函数、高效优化和多线程提高对接的速度和准确性》。J.计算。《化学》31（2010）455-461。
[38] F.Uney和M.Turkay，多类数据分类问题的混合集成编程方法。欧洲药典。第173（2006）910-920号决议·Zbl 1131.90435号 ·doi:10.1016/j.ejor.2005.04.049
[39] H.O.Villar和M.R.Hansen，筛选化学库的设计。《药物发现专家意见》4（2009）1215-1220·doi:10.1517/17460440903397368
[40] D.C.Whitley、M.G.Ford和D.J.Livingstone，《无监督正向选择：消除冗余变量的方法》。化学杂志。Inf.计算。科学40（2000）1160-1168·doi:10.1021/ci000384c
[41] I.H.Witten和E.Frank，《数据挖掘：实用的机器学习工具和技术》。Morgan Kaufmann（2005）·Zbl 1076.68555号
[42] S.Wold、M.SjöströM和L.Eriksson，Pls-回归：化学计量学的基本工具。化学计量学和智能实验室系统58（2001）109-130·doi:10.1016/S0169-7439（01）00155-1
[43] C.W.Yap，Padel-descriptor：一个计算分子描述符和指纹的开源软件。J.计算。《化学》32（2011）1466-1474·Zbl 05891658号 ·doi:10.1002/jcc.21707
[44] L.Zhong等，组蛋白去乙酰化酶sirt6通过hif1{（α）}调节葡萄糖稳态。Cell140（2010）280-293·doi:10.1016/j.cell.2009.12.041
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