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雅各布·宾奇;埃马努埃拉·梅雷利;Rucco、Matteo;乔瓦尼·佩特里;弗朗西斯科·瓦卡里诺

jHoles：一种通过团权重等级持久同源性来理解生物复杂网络的工具。 （英语） Zbl 1337.92073号

Merelli，Emanuela（编辑）等人，第五届计算机科学与生物学相互作用国际研讨会论文集（CS2Bio'14），德国柏林，2014年6月6日。阿姆斯特丹：爱思唯尔。理论计算机科学电子笔记306，5-18，仅电子版（2014）。
摘要：具有拓扑数据分析功能的复杂网络是生物系统研究（例如进化动力学、大脑相关性、乳腺癌诊断等）中的一个很有前景的工具。在本文中，我们提出了jHoles，一种新版本的Holes，它是一种基于持久同源性的算法，用于研究复杂网络的连通性特征。jHoles填补了团权重等级同源性过滤过程的有效实现不足。我们将简要概述Holes，更详细地描述jHoles算法及其实现和团权重秩同源性问题。我们提出了一个生物学案例研究，显示了表皮细胞的连接是如何随着肿瘤的存在而变化的。生物网络来源于增殖、分化和角质层隔室，以及用于研究连通性变化的j孔。
关于整个系列，请参见[Zbl 1310.68017号].

引用于11文件

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
05C82号 小世界图形、复杂网络（图形理论方面）
99年第57季度 PL拓扑

关键词：

复杂网络;生物网络;肿瘤诊断;计算拓扑;贝蒂数

软件：

科内克特;洞;Matlab公司;j孔;JGraphT公司;javaPlex公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Binchi}等人，《电子》。注释Theor。计算。科学。306、5--18（2014年；Zbl 1337.92073）
全文： 内政部

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