Radie,罗莎尔巴 贝叶斯方法模拟网状事件,并应用于开花植物的核糖体蛋白基因rps11。 (英语) Zbl 1336.62025号 澳大利亚。N.Z.J.统计。 54,编号4401-426(2012). 摘要:传统的系统发育推断假设一组分类群的历史可以用树来解释。这一假设经常被违背,因为一些生物实体可以交换遗传物质,从而产生通常称为网状的非连续体事件。如果不考虑这些事件,可能会导致错误推断的系统发育。系统发育网络提供了一种灵活的工具,允许研究人员在存在网状事件的情况下对一组生物体的进化历史进行建模。近年来,介绍了一些处理系统发育网络参数估计的方法。其中一些是基于这样的观点,即系统发育网络可以定义为有向无环图。基于这个定义,我们提出了一种贝叶斯方法来估计系统发育网络参数,该方法允许在多重DNA比对的不同部分推断不同的系统发育。该算法在模拟数据上进行了测试,并应用于五种开花植物的核糖体蛋白基因rps11数据,其中可能存在网状事件。所提出的方法可以应用于各种各样的问题,目的是探索一组分类群历史上网状事件的可能性。 引用于1文件 MSC公司: 62-07 数据分析(统计)(MSC2010) 92D10型 遗传学和表观遗传学 62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析 65C60个 统计中的计算问题(MSC2010) 关键词:贝叶斯分析;马尔科夫蒙特卡洛;网络;系统发育学;网状事件 软件:Seq-Gen公司;GMRF库;快速脱氧核糖核酸ml;贝叶斯先生 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{R.Radie},澳大利亚。N.Z.J.Stat.54,No.4,401--426(2012;Zbl 1336.62025) 全文: 内政部 参考文献: [1] Bergthorsson,开花植物线粒体基因的广泛水平转移,《自然》424第197页–(2003)·doi:10.1038/nature01743 [2] Bergthorsson,线粒体基因从不同陆地植物供体大规模水平转移到基础被子植物amborella,Proc。国家。阿卡德。科学。美国101第17747页–(2004)·doi:10.1073/pnas.0408336102 [3] Besag,晶格系统的空间相互作用和统计分析(带讨论),J.R.Statist。Soc.B 36第192页–(1974年)·Zbl 0327.60067号 [4] 男孩们,利用隐马尔可夫模型检测dna序列中的同质片段,应用。统计师。第49页1572–(2000)·Zbl 0944.62108号 [5] Brooks,《监控迭代模拟收敛性的通用方法》,J.Compute。图表。统计师。第7页,434页–(1998年) [6] Casella,解释吉布斯采样器,Amer。统计师。46第167页–(1992) [7] Chib,理解Metropolis-Hastings算法,Amer。统计师。第49页,第327页–(1995年) [8] Cowles,《马尔可夫链蒙特卡罗收敛诊断:比较综述》,J.Amer。统计师。协会91第883页–(1996年)·Zbl 0869.62066号 ·doi:10.1080/01621459.1996.10476956 [9] Felsenstein,《DNA序列的进化树:最大似然方法》,分子进化杂志。第17页,第368页–(1981年)·doi:10.1007/BF01734359 [10] George,Gibbs抽样变量选择,J.Amer。统计师。协会88第881页–(1993)·doi:10.1080/01621459.1993.10476353 [11] Geyer,实用马尔可夫链蒙特卡罗,统计科学。第7页,第473页–(1992年)·Zbl 0085.18501号 ·doi:10.1214/ss/117701137 [12] 格林,大都会方法,高斯建议和对偶变量。图像分析中的随机模型、统计方法和算法(1992) [13] 豪尔,细菌间水平基因转移,环境。生物安全研究6第3页–(2007年)·doi:10.1051/ebr:2007034 [14] Husmeier,用隐马尔可夫模型检测DNA多重比对中的重组,J.Compute。生物8第401页–(2001)·doi:10.1089/106652701752236214 [15] Husmeier,用MCMC检测重组,生物信息学18 pp S345–(2002)·doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S345 [16] Huson,进化研究中系统发育网络的应用,分子生物学。埃沃。第23页,第254页–(2006年)·doi:10.1093/molbev/msj030 [17] Jin,系统发育网络的最大可能性,生物信息学22 pp 2604–(2006)·doi:10.1093/生物信息学/btl452 [18] 朱克斯,《哺乳动物蛋白质代谢》,第21页–(1969年)·doi:10.1016/B978-1-4832-3211-9.50009-7 [19] 用于系统发育树贝叶斯分析的大型马尔可夫链蒙特卡罗算法,分子生物学。埃沃。第16页,750页–(1999年)·doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a026160 [20] 林德,《太平洋生物计算研讨会论文集》(2004年) [21] 林德,《重建植物网状进化模式》,美国。J.Bot 91第1700页–(2004)·doi:10.3732/ajb.910.1700 [22] 马丁内斯,《预测抗生素耐药性》,《国家免疫学评论》。第5页,958页–(2007年)·doi:10.1038/nrmicro1796 [23] Moret,《系统发育网络:建模、重建和准确性》,IEEE/ACM Trans-Comput。第13页第1页–(2004年) [24] 莫里森,《系统发育分析中的网络:种群生物学的新工具》,国际寄生虫学杂志。第35页,567页–(2005年)·doi:10.1016/j.ijpara.2005.02.007 [25] Posada,种内基因谱系:树木嫁接到网络中,生态进化趋势。第16页,第37页–(2001年)·doi:10.1016/S0169-5347(00)02026-7 [26] Rambaut,Seq-Gen:dna序列沿系统发育树演化的蒙特卡罗模拟应用,计算。申请。Biosci公司。第13页第235页–(1997年) [27] Richardson,《植物水平基因转移》,《实验生物学杂志》,第58页,第1页–(2007年)·doi:10.1093/jxb/erl148 [28] Ronquist,MrBayes v.3.1手册(2005) [29] Rue,高斯马尔可夫随机场:理论与应用(2005)·doi:10.1201/9780203492024 [30] Snir,《NET-HMM方法:结合最大似然和隐马尔可夫模型的系统发育网络推断》,J.Compute。生物7第625页–(2009年) [31] 塔瓦雷,《生命科学中的数学讲座》第57页–(1986) [32] 韦伯,利用贝叶斯随机拓扑选择进行重组下的系统发育推断,生物信息学25页197–(2009)·Zbl 05743711号 ·doi:10.1093/bioinformatics/btn607 [33] 杨,计算分子进化(2006)·doi:10.1093/acprof:oso/9780198567028.001.0001 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。