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贝叶斯方法模拟网状事件,并应用于开花植物的核糖体蛋白基因rps11。 (英语) Zbl 1336.62025号

摘要:传统的系统发育推断假设一组分类群的历史可以用树来解释。这一假设经常被违背,因为一些生物实体可以交换遗传物质,从而产生通常称为网状的非连续体事件。如果不考虑这些事件,可能会导致错误推断的系统发育。系统发育网络提供了一种灵活的工具,允许研究人员在存在网状事件的情况下对一组生物体的进化历史进行建模。近年来,介绍了一些处理系统发育网络参数估计的方法。其中一些是基于这样的观点,即系统发育网络可以定义为有向无环图。基于这个定义,我们提出了一种贝叶斯方法来估计系统发育网络参数,该方法允许在多重DNA比对的不同部分推断不同的系统发育。该算法在模拟数据上进行了测试,并应用于五种开花植物的核糖体蛋白基因rps11数据,其中可能存在网状事件。所提出的方法可以应用于各种各样的问题,目的是探索一组分类群历史上网状事件的可能性。

MSC公司:

62-07 数据分析(统计)(MSC2010)
92D10型 遗传学和表观遗传学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
65C60个 统计中的计算问题(MSC2010)
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全文: 内政部

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