托马斯·法卡什;彼得·库班;马里亚·勒卡 有效的并行多核优化模型计数算法。 （英语） Zbl 1442.68279号 Freivalds，Rásiņsh Mártiೃsh（编辑）等人，《2016年SOFSEM：计算机科学的理论与实践》。第42届计算机科学理论与实践当前趋势国际会议，2016年1月23日至28日，捷克共和国哈拉乔夫。诉讼程序。柏林：斯普林格。莱克特。注释计算。科学。9587, 469-477 (2016). 摘要：对于许多生物信息学应用程序来说，了解由DNA测序过程中获得的读（短读）构建的所有长度为k（k）的子序列的频率至关重要。我们提出了一种有效的基于嵌套桶排序算法的（k）-mers计数并行算法，其中预计算了分区大小和每个分区的桶数。该算法是针对多核体系结构设计的，并将MPI框架（OpenMPI）与POSIX线程适当结合，取得了很好的性能。根据我们的实验，在与黑腹果蝇（SRX040485）基因组进行比较时，它在运行时间上克服了现有的解决方案。关于整个系列，请参见[Zbl 1330.68022号]. MSC公司： 68瓦32 字符串上的算法 68页第10页 搜索和排序 68瓦10 计算机科学中的并行算法 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 关键词：排序;桶式分拣;\（k）-mers计数;并行计算;基因组组装 软件：乌龟;KMC公司;K分析;开放式多媒体接口 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit｛T.Farkaš｝等人，Lect。注释计算。科学。9587、469--477（2016年；Zbl 1442.68279） 全文： 内政部