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贾拉德·尼米；埃里克·米特曼；威尔·兰道；丹·奈特尔顿

用于检测基因表达杂种优势的RNA-seq数据的经验Bayes分析。 （英语） Zbl 1329.62447号

《农业杂志》。生物与环境。斯达。 20，第4期，614-628（2015）.
摘要：杂种优势的一种重要类型，即杂种优势，是指杂种后代相对于其近交亲本的表型增强。尽管杂交优势在农业中得到了广泛的应用，但其分子基础仍基本未知。为了在分子水平上理解表型杂种优势，研究人员正在使用RNA测序（RNA-seq）技术测量亲本自交系及其杂交后代中数千个基因的转录物丰度水平。由此得到的数据使研究人员能够寻找基因表达杂种优势作为农业重要性状杂种优势潜在分子机制的证据。基因表达杂种优势测试中最感兴趣的零假设是复合零假设，难以用RNA-seq分析的标准统计方法进行测试。为了解决这些缺点，我们开发了一个分层负二项模型，并使用易于计算的经验贝叶斯方法进行推理。我们通过一个基于玉米实验的模拟研究来证明替代方法的改进，然后用我们新提出的方法分析玉米实验。

引用于三文件

MSC公司：

第62页第12页 统计在环境和相关主题中的应用
62C12号机组 经验决策程序；经验贝叶斯程序
2015年1月62日 贝叶斯推断
65C60个 统计中的计算问题（MSC2010）

关键词：

层次模型；负二项式；转录组测序；贝叶斯拉索；并行计算；杂种优势

软件：

生物导体；边缘R；doMC（美国国防部长办公室）；R（右）；RStan（RStan）；普利尔；收缩贝叶斯；BaySeq公司；斯坦
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Niemi}等人，J.Agric。生物与环境。Stat.20，No.4，614--628（2015；Zbl 1329.62447）
全文： 内政部 链接

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