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刘芳芳；王冲；刘鹏

RNA-seq数据差异表达分析的半参数贝叶斯方法。 （英语） 兹比尔1329.62444

农业杂志。生物与环境。斯达。 20，第4期，555-576（2015）.
概述：RNA-sequencing（RNA-seq）技术彻底改变了农业生物学家研究基因表达的方式，并产生了大量等待分析的数据。检测差异表达基因是RNA-seq数据分析的基本步骤之一。在本文中，我们使用泊松-伽马层次模型或等效的负二项模型对RNA-seq实验的计数数据进行建模。我们推导了一种半参数贝叶斯方法，将Dirichlet过程作为两种处理方法之间褶皱变化分布的先验模型。提出了一种基于Gibbs算法的微分表达式分析推理策略。几项仿真研究的结果表明，我们提出的方法优于其他方法，包括广泛应用的edgeR和DESeq方法。我们还讨论了我们的方法在数据集中的应用，该数据集比较了玉米叶片中束鞘细胞和叶肉细胞之间的基因表达。

引用于1文件

MSC公司：

62页第12页 统计在环境和相关主题中的应用
62G07年 密度估算
2015年1月62日 贝叶斯推断
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

贝叶斯非参数方法；差异表达；迪里克莱过程；后验概率；转录组测序

软件：

化学需氧量；Voom公司；BaySeq公司；DEseq公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{F.Liu}等人，J.Agric。生物与环境。Stat.20，No.4，555--576（2015；Zbl 1329.62444）
全文： 内政部 链接

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