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丹尼斯·肖尔滕斯（Denise M.Scholtens）。;布鲁斯·D·斯宾塞。

捕食图中蛋白质复合体估计的节点抽样。 （英语） Zbl 1329.92047号

统计应用程序。遗传学。分子生物学。 14，第4号，391-411（2015）.
摘要：在细胞生物学中，节点边缘图或“网络”数据收集通常使用联合免疫沉淀（CoIP）等诱饵-猎物技术。诱饵-猎物技术检测蛋白质对之间的关系或“相互作用”，CoIP专门测量蛋白质复合体的共员性。CoIP数据的分析通常侧重于估计蛋白质复合体的成员。由于预算和其他限制，使用CoIP对整个网络进行详尽分析并不总是可能的。当蛋白质复合物估计是主要目标时，我们描述了分层抽样方案来选择CoIP实验的诱饵。在经典框架（节点表示蛋白质，边表示成对交互）的基础上，我们将广义节点定义为集合外具有相同邻接关系的相邻节点集，并将其用作选择下一组诱饵的层。在每一轮采样时都会重新定义地层，以纳入累积的数据。该方案保持了蛋白质复合物估算的用户特定质量阈值，与简单随机抽样相比，每轮抽样中正确估算的复合物数量显著增加。R包seqSample包含所有源代码，可在http://vault.northwestern.edu/~dms877/R包/.

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
05C90年 图论的应用

关键词：

诱饵猎物;CoIP公司;网络;蛋白质复合物;取样

软件：

RRW公司;seq示例;MCODE公司;R（右）;生物导体
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.M.Scholtens}和\textit{B.D.Spencer}，统计应用。遗传学。分子生物学。14，第4号，391--411（2015；Zbl 1329.92047）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Altaf-Ul-Amin，M.、Y.Shinbo、K.Mihara、K.Kurokawa和S.Kanaya（2006年）：“大型交互网络中检测蛋白质复合物的算法的开发和实现”，BMC生物信息学，第7207页。；
[2] Aryee，M.J.A.和J.Quackenbush（2008）：“交互组映射的优化预测策略”，《国家生物技术》。，20, 991-997.;
[3] Bader，G.D.和C.W.Hogue（2002）：“分析从不同来源获得的酵母蛋白质相互作用数据”，《国家生物技术》。，20, 991-997.;
[4] Bader，G.D.和C.W.Hogue（2003）：“在大型蛋白质相互作用网络中发现分子复合物的自动化方法”，BMC生物信息学，4，2。；
[5] Casey，F.P.，G.Cagney，N.J.Krogan和D.C.Shields（2008）：“两两功能交互研究的最佳逐步实验设计”，生物信息学，24，2733-2739。；
[6] Chiang，T.C.和D.Scholtens（2009）：“使用R和Bioconductor对蛋白质相互作用数据进行质量和统计评估的一般管线”，《自然协议》。，4, 535-546.;
[7] Chiang，T.C.，D.Scholtens，D.Sarkar，R.Gentleman和W.Huber（2007）：“通过定向图分析的蛋白质相互作用数据的覆盖率和误差模型”，《基因组生物学》。，8，R186。；
[8] Damaschke，P.（2011）：“通过随机邻域查询在稀疏图中寻找隐藏的中心和支配集”，《网络》，57344-350·Zbl 1223.05208号
[9] Enright，A.J.、S.Van Dongen和C.A.Ouzounis（2002）：“大规模检测蛋白质家族的有效算法”，Nuc。《酸类研究》，第30期，第1575-1584页。；
[10] 尤因、R.M.、P.楚、F.埃利斯玛、H.李、P.泰勒、S.克莱米、L.麦克劳姆-卡拉杰夫斯基、M.D.罗宾逊、L.奥康纳、M.李、R.泰勒、M.达西、Y.何、A.海尔布特、L.摩尔、S.张、O.奥纳茨基、Y.V.布克曼、M.埃塞尔、Y.盛、J.瓦西列斯库、M.阿布法哈、J.P.兰伯特、H.S.杜维尔、I.斯图尔特、B.库尔、K.霍格、K.科尔威尔、K.格拉德威什，B.Muskat、R.Kinach、S.L.Adams、M.F.Moran、G.B.Morin、T.Topalogou和D.Figeys。（2007）：“通过质谱法对人类蛋白质-蛋白质相互作用进行大规模绘图”，分子系统。生物学，3，89。；
[11] Freidel，C.C.、J.Krumsiek和R.Zimmer（2009年）：“启动相互作用组：酵母中蛋白质复合物的无监督鉴定”，J.Comp。生物学，16971-987。；
[12] 加文、A.C.、M.伯歇、R.克劳斯、P.格兰迪、M.马齐奥赫、A.鲍尔、J.舒尔茨、J.M.里克、A.M.米雄、M.克鲁西亚特、C M amd雷莫、C.Höfert、M.舍尔德、M.布拉杰诺维奇、H.鲁夫纳、A.梅里诺、K.克莱因、M.哈达克、D.迪克森、T.鲁迪、V.格诺、A.鲍奇、S.巴斯塔克、B.胡斯、C.勒特温、M.A.海特尔、R.科普利、A.埃德尔曼、E.奎尔夫特，V.Rybin、G.Drewes、M.Raida、T.Bouwmeester、P.Bork、B.Seraphin、B.Kuster、G.Neubauer和G.Superti Furga。（2002）：“通过蛋白质复合物的系统分析对酵母蛋白质组的功能组织”，《自然》，415141-147。；
[13] 加文，A.C.，P.阿洛伊，P.格兰迪，R.克劳斯，M.博埃西，M.马齐奥赫，C.劳，L.J.詹森，S.巴斯塔克，B.邓普菲尔德，A.埃德尔曼，M.A.海特尔，V.霍夫曼，C.霍弗特，K.克莱因，M.哈达克，A.M.米孔，M.舍尔德，M.席尔，M.雷莫，T.鲁迪，S.胡珀，A.鲍尔，T.布韦斯特，G.卡萨里，G.德雷维斯，G.纽鲍尔，J.M.里克，B.库斯特，P。Bork，R.B.Russell和G.Superti-Furga（2006）：“蛋白质组调查揭示了酵母细胞机械的模块性”，《自然》，440，631-636。；
[14] Geva，G.和R.Sharan（2011）：“从联合免疫沉淀数据中识别蛋白质复合物”，生物信息学，27，111-117。；
[15] Goodman，L.A.（1961）：《雪球取样》，《数学年鉴》。《统计》，第32卷，第148-170页·Zbl 0099.14203号
[16] Güldener，U.、M.Munsterkötter、G.Kastenmiller、N.Strack、J.van Helden、C.Lemer、J.Richelles、S.J.Wodak、J.García-Martínez、J.E.Pérez-Ortin、H.Michael、a.Kaps、E.Talla、B.Andre、J.L.Souciet、J.De Montigny、E.Bon、C.Gaillardin和H.W.Mewes（2005）：“CYGD:综合酵母基因组数据库”，Nuc。《酸类研究》，33，D362-C368。；
[17] Han，J.D.，D.Dupuy，N.Bertin，M.E.Cusick和M.Vidal（2005）：“取样对蛋白质相互作用网络拓扑预测的影响”，《国家生物技术》。，23, 839-844.;
[18] Handcock，M.S.和K.J.Gile（2010）：“根据采样数据对社交网络进行建模”，Ann.Appl。统计，4，5-25·Zbl 1189.62187号
[19] Kavvadias，D.J.和E.C.Stavropoulos（2005）：“生成横向超图的有效算法”，《图形算法》。申请。，9, 239-264.; ·Zbl 1088.05069号
[20] Kikugawa，S.，K.Nishikata，K.Murakami，Y.Sato，M.Suzuki，M.Altaf-Ul-Amin，S.Kanaya和T.Imanishi（2012）：“PCDq：人类蛋白质复合物数据库，其质量指数总结了从h-invitation蛋白质相互作用综合数据集预测的蛋白质复合物的不同水平证据”，BMC系统。生物，6补充2，S7。；
[21] Krogan，N.J.，M.H.Lam，J.Fillingham，M.C.Keogh，M.Gebbia，J.Li，N.Datta，G.Cagney，S.Buratowski，A.Emili和J.F.Greenblatt（2004）：“蛋白酶体参与DNA双链断裂修复”，《分子细胞》，第16期，第1027-1034页。；
[22] Krogan，N.J.，G.Cagney，H.Yu，G.Zhong，X.Guo，A.Ignatchenko，J.Li，S.Pu，N.Datta，A.P.Tikusis，T.Punna，J.M.Peregrin-Alvarez，M.Shales，X.Zhang，M.Davey，M.D.Robinson，A.Paccanaro，J.E.Bray，A.Sheung，B.Beattie，D.P.Richards，V.Canadien，A.Lalev，F.Mena，P.Wong，A.Starostine，M.Canete，J.Vlasbom，S.Wu，C.Orsi，S.R.Collins、S.Chandran、R.Haw、J.J.Rilstone、K.Gandi、N.J.Thompson、G.Musso、P.St Onge、S.Ghanny、M.H.Lam、G.Butland、A.M.Altaf-Ul、S.Kanaya、A.Shilatifard、E.O'Shea、J.S.Weissman、C.J.Ingles、T.R.Hughes、J.Parkinson、M.Gerstein、S.J.Wodak、A.Emili和J.F.Greenblatt。（2006）：《酿酒酵母中蛋白质复合物的全球景观》，《自然》，440637-643。；
[23] Lappe，M.和L.Holm（2004）：“以接近最佳效率解开蛋白质相互作用网络”，《国家生物技术》。，22, 98-103.;
[24] Macropol，K.，T.Can和A.K.Singh（2009）：“Rrw:在基因组规模的蛋白质网络上重复随机行走以发现局部集群”，BMC生物信息学，10283。；
[25] Pu，S.，J.Wong，B.Turner，E.Cho和S.J.Wodak（2009）：“酵母蛋白复合物的最新目录”，Nuc。酸研究，37825-831。；
[26] Royer，L.，M.Reimann，A.F.Stewart和M.Schroeder（2012）：“网络压缩作为蛋白质相互作用网络的质量度量”，PLOS One，7，e35729。；
[27] Ruepp，A.、B.Brauner、I.Dunger-Kaltenbach、G.Frishman、C.Montrone、M.Stransky、B.Waegele、T.Schmidt、O.N.Doudieu、V.Stümpflen和H.W.Mewes（2008）：“珊瑚：哺乳动物蛋白质复合物的综合资源”，Nuc。《酸类研究》，36，D646-D650。；
[28] Saha，S.，P.Kaur和R.M.Ewing（2010）：“诱饵相容性指数：相互作用蛋白质组学实验的计算诱饵选择”，《蛋白质组研究杂志》，第9期，第4972-4981页。；
[29] Scholtens，D.、M.Vidal和R.Gentleman（2005）：“全球交互组网络的本地建模”，生物信息学，21，3548-3557。；
[30] Schwartz，A.S.、J.Yu、K.R.Gardenour、R.Finley Jr和T.Ideker（2009）：“完成交互组的成本效益策略”，《自然方法》，第655-61页。；
[31] 基因本体联盟（2000）：“基因本体：生物学统一的工具”，《自然遗传学》。，25, 25-29.;
[32] Wasserman，S.和K.Faust（1997）：《社会网络分析》，纽约：剑桥大学出版社·Zbl 0926.91066号
[33] Xie，Z.，C.K.Kwoh，X.-L.L Li和M.Wu（2011）：“从ap-ms数据构建用于蛋白质复合物预测的共复合物得分矩阵”，生物信息学，27，i159-i166。；
[34] Zhang，B.，B.-H.Park，T.Karpinets和N.F.Samatova（2008）：“从下拉数据到具有生物相关性的蛋白质相互作用网络和复合物”，生物信息学，24979-986。；
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