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热门KLists:综合R(右)用于统计推断、随机聚合和多组学排名列表可视化的软件包。 (英语) Zbl 1329.92008年

摘要:高通量测序技术越来越经济实惠,并产生大量数据。再加上其他高通量技术,如微阵列,数据库中有大量资源。十多年来,收集这些有价值的数据一直是例行公事。尽管有不同的技术,但许多实验都有相同的目标。例如,RNA-seq研究的目的通常与基于微阵列的差异基因表达实验的目的一致。因此,利用所有可用数据是合乎逻辑的。然而,缺乏用于整合从不同技术获得的结果的生物统计学工具。尽管不同的技术平台产生不同的原始数据,但具有相同目标的实验的一个共同点是,对于同一组项目,所有结果都可以转换为独立于平台的数据格式——排名。这里我们展示R(右)包裹热门KLists,允许对信息性(top-\(k \))部分列表的长度进行统计推断,允许对完整或部分列表进行随机聚合,并允许对输入和合并输出进行图形化探索。还实现了图形用户界面,以提供对底层算法的访问。为了说明该软件包的适用性和有用性,我们将非小细胞肺癌的microRNA数据整合到不同的测量技术中,并得出结论。该软件包可以根据LGPL-3许可证从CRAN获得。

MSC公司:

92-04 生物相关问题的软件、源代码等
62-04 统计相关问题的软件、源代码等
92B15号机组 一般生物统计学
62G99型 非参数推理
62F07型 统计排名和选择程序
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

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