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莱昂纳多·德·奥利维拉·马丁斯；Hirohisa Kishino

拓扑之间的距离分布及其对系统发育重组检测的影响。 （英语） Zbl 1422.62323号

Ann.Inst.Stat.数学。 62，第1期，145-159（2010）.
摘要：关于生物序列数据进化历史的推断受到重组的影响很大，重组往往会破坏系统发育信号。目前的重组检测程序侧重于沿着对齐序列的数据的系统发育不一致，但直到最近才意识到这种不一致的量化与重组强度之间的联系。我们之前描述了基于相邻站点拓扑之间的距离和这些距离的类泊松先验的分层贝叶斯过程。在这里，我们通过分析在复杂进化模型下模拟的数据集，确认了这种拓扑距离所提供的改进及其优于忽略此信息的现有方法。我们还展示了如何基于新开发的质心方法获得代表后验样本的镶嵌结构。

MSC公司：

第62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
60J85型 分支过程的应用
92D15型 与进化有关的问题

关键词：

病毒重组；SPR距离；马尔科夫蒙特卡洛；系统发育学

软件：

PAML公司；fastDNAml（快速DNAml）；cBrother公司；贝叶斯DA
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{L.de Oliveira Martins}和\textit{H.Kishino}，Ann.Inst.Stat.Math。62，No.1，145--159（2010；Zbl 1422.62323）
全文： 内政部

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