梅根·L·奈利。;霍华德·邦德尔。;曾俊英 在药物遗传学研究中研究基因-药物相互作用的惩罚可能性方法。 (英语) Zbl 1390.62296号 生物计量学 71,第2期,529-537(2015). 摘要:药物遗传学研究可遗传遗传变异与个体对药物治疗反应的变异之间的关系。通常,基因-药物相互作用在这种反应中起主要作用,确定这些影响可以帮助制定个性化治疗方案。单倍型在理解基因变异和药物反应之间的关联方面具有关键信息。然而,基于单倍型关联分析的标准方法并没有直接解决个体化医学提出的研究问题。需要进行补充的事后分析,这种事后分析在调整多次比较后通常动力不足,可能会导致看似矛盾的结论。在这项工作中,我们提出了一种惩罚似然方法,该方法能够克服标准方法的缺点,并产生所需的个性化输出。我们通过将其应用于苏格兰卵巢癌随机试验来证明我们的方法的实用性。我们还进行了模拟研究,结果表明,所提出的惩罚方法与标准方法相比具有可比性或更强的功效,并且在二元和定量药物反应中保持较低的I型错误率。当单倍型频率较低、效应大小差异较小或药物之间的真正关系更复杂时,表现增益最大。 MSC公司: 62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析 62J15型 配对和多重比较;多次测试 关键词:关联分析;单倍型;个体化医学;多重比较;惩罚回归;药物遗传学 软件:卡萨诺瓦 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.L.Neely}等人,《生物统计学》71,第2期,529--537(2015;Zbl 1390.62296) 全文: 内政部 链接 参考文献: [1] 巴尔丁,人口关联研究统计方法教程,《自然评论遗传学》第7页,781页–(2006年)·doi:10.1038/nrg1916 [2] Benjamini,《控制错误发现率:一种实用而强大的多重测试方法》,英国皇家统计学会杂志,B系列57,第289页–(1995)·Zbl 0809.62014号 [3] Bondell,ANOVA中的同时因子选择和崩溃水平,《生物统计学》65,第169页–(2009)·Zbl 1159.62048号 ·doi:10.1111/j.1541-0420.2008.01061.x [4] Clark,单倍型在候选基因研究中的作用,《遗传流行病学》27页321–(2004)·doi:10.1002/gepi.2025 [5] Chen,基于单倍型的病例对照研究中稳健有效推断的收缩估计量,《美国统计协会杂志》104第220页–(2009)·Zbl 1388.62054号 ·doi:10.1198/jasa.2009.0104 [6] de Bakker,遗传关联研究中的效率和权力,《自然遗传学》37页1217–(2005)·doi:10.1038/ng1669 [7] Goldstein,《药物遗传学转向基因组学》,《自然评论遗传学》第4页,第937页–(2003年)·doi:10.1038/nrg1229 [8] Guo,检测常见病-罕见单倍型关联的正则化广义线性建模,遗传流行病学33第308页–(2009)·doi:10.1002/gepi.20382 [9] Koehler,通过惩罚似然法评估病例对照研究中的单倍型效应:前瞻性或回顾性分析?,遗传流行病学34 pp 892–(2010)·doi:10.1002/gepi.20545 [10] 莱克,连锁期不明确时单倍型与环境相互作用的评估和测试,《人类遗传》55,第56页–(2003)·数字对象标识代码:10.1159/000071811 [11] Li,利用适应性LASSO绘制单倍型-倍型相互作用,BMC遗传学11第79页–(2010)·doi:10.1186/1471-2156-11-79 [12] Li,通过可变尺寸滑动窗口中单核苷酸多态性单倍型的正则回归分析进行关联映射,《美国人类遗传学杂志》80 pp 705–(2007)·doi:10.1086/513205 [13] 林,推断单倍型在下游分析中的应用,《美国人类遗传学杂志》80页577–(2008)·doi:10.1086/512201 [14] 林,遗传关联研究中单倍型效应的最大似然估计,《美国统计协会杂志》101第89页–(2005)·Zbl 1118.62371号 ·doi:10.1198/01621450000000808 [15] McWhinney-Glass,累积遗传风险预测铂/紫杉醇诱导的神经毒性,《临床癌症研究》19,第57页–(2013)·doi:10.1158/1078-0432.CCR-13-0774 [16] Schaid,评估单倍型与性状的相关性,《遗传流行病学》27页348–(2004)·doi:10.1002/gepi.20037 [17] Souverein,使用惩罚Cox比例风险回归模型评估罕见单倍型对故障时间的影响,BMC Genetics 9 pp 9–(2008)·doi:10.1186/1471-2156-9-9 [18] Souverein,使用加权惩罚对数似然法评估单倍型对非阶段基因型数据二分法结果的影响,《人类遗传》61,第104页–(2006)·数字对象标识代码:10.1159/000093476 [19] Tibshirani,通过LASSO进行回归收缩和选择,英国皇家统计学会期刊,B系列58,第267页–(1996)·Zbl 0850.62538号 [20] Tzeng,《通过惩罚可能性进行单倍型特异性分析的综合方法》,《欧洲人类遗传学杂志》,18页,95–(2010)·doi:10.1038/ejhg.2009.118 [21] Tzeng,辍学情况下纵向数量性状的基于单倍型的药物遗传学分析,《生物制药统计杂志》20页334–(2010)·doi:10.1080/10543400903572787 [22] Vasey,多西他赛-卡铂与紫杉醇-卡铂作为卵巢癌一线化疗的III期随机试验,国家癌症研究所杂志96页682–(2004)·doi:10.1093/jnci/djh323 [23] Weng,通过最小二乘近似进行统一LASSO估计,《美国统计协会杂志》102第1039页–(2007)·Zbl 1306.62167号 ·doi:10.1198/0162145000000509 [24] 杨,AIC和BIC的优势可以分享吗?模型识别和回归估计之间的冲突,Biometrika 92 pp 937–(2005)·Zbl 1151.62301号 ·doi:10.1093/biomet/92.4.937 [25] Zaitlen,在关联研究中利用HapMap相关结构,《美国人类遗传学杂志》第80页第683页-(2007)·doi:10.1086/513109 [26] 邹,自适应LASSO及其预言属性,《美国统计协会期刊》101 pp 1418–(2006)·Zbl 1171.62326号 ·doi:10.1198/016214500000735 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。