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Minkowski距离矩阵的新型全局和局部3D原子线性描述子:理论、多样性变化分析和QSPR应用。 (英语) Zbl 1328.92090号

摘要:基于TOMOCOMD-CARDD框架,设计了一类新的无对齐三维描述符,即三维线性索引。在本报告中,我们建议使用几何成对原子-原子距离矩阵的广义形式作为结构信息矩阵。该矩阵称为非随机矩阵,用作线性映射的矩阵形式及其代数变换:随机矩阵、双随机矩阵和互概率矩阵。3D-QSAR研究的方法是基于全局和局部方法的联合使用。主成分分析表明,新索引能够捕获DRAGON软件中实现的索引未编码的结构信息。此外,Shannon基于熵的变异性分析将三维线性指数与一些相关描述符进行了比较,结果表明前者编码的结构信息量与这些描述符相似甚至更好。最后,在QSPR建模中搜索同类数据库的最佳回归。总体结果显示出令人满意的行为。

MSC公司:

92E10型 分子结构(图形理论方法、微分拓扑方法等)
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全文: 内政部

参考文献:

[1] 德州克拉克;Pickett,SD,无文章标题,药物发现。今天,5,49(2000)
[2] 克劳斯,BL;安德伍德,DJ,无文章标题,药物探索。今天,7957(2002)
[3] Jonsdottir,So;Jorgensen,FS;Brunak,S.,无文章标题,生物信息学,21,2145(2005)
[4] Perkins,R。;方,H。;Tong,W。;威尔士,WJ,无文章标题,环境。毒物。化学。,1666年2月22日(2003年)
[5] Hansch,C。;马洛尼,PP;Fujita,T。;缪尔,RM,无文章标题,《自然》,194178(1962)
[6] Kubinyi,H.,《药物发现》,无文章标题。今天,2457(1997)
[7] 萨瑟兰,JJ;洛杉矶奥布莱恩;Weaver,DF,无文章标题,J.Med.Chem。,47, 5541 (2004)
[8] 卡特里茨基,AR;Kuanar,M。;斯拉沃夫,S。;霍尔,CD;Karelson先生。;卡恩,I。;Dobchev,DA,无文章标题,Chem。Rev.(美国华盛顿特区),110,5714(2010)
[9] 日本卡斯蒂略-加里特;Marrero-Pone,Y。;托伦斯,F。;Rotondo,R.,无文章标题,J.Mol.Graph。型号。,26, 32 (2007)
[10] Golbraikh,A。;Tropsha,A.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,43, 144 (2003)
[11] 安大略省Katritzky;Gordeeva,EV,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,33, 835 (1993)
[12] Marrero-Pone,Y。;Martínez-Albelo,E。;Casañola-Martín,G。;Castillo-Garit,J。;埃切弗利亚·迪亚斯(Echeverría-Díaz),Y。;扎尔迪瓦尔,V。;Tygat,J。;罗德里格斯·博尔赫斯,J。;加西亚·多梅内克,R。;托伦斯,F。;Pérez-Giménez,F.,无文章标题,Mol Divers,14731(2010)
[13] Tong,W。;Lowis,DR;Perkins,R。;陈,Y。;威尔士,WJ;戈德特,DW;遗产,TW;希恩,DM,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,38, 669 (1998)
[14] 阿塔巴蒂,M。;Zarei,K。;Borhani,A.,无文章标题,流体相平衡。,293, 219 (2010)
[15] 德韦鲁,M。;解放军波佩利耶;McLay,IM,无文章标题,J.Chem。信息模型。,49, 1497 (2009)
[16] Hechinger,M。;Leonhard,K。;Marquardt,W.,无文章标题,J.Chem。信息模型。,52, 1984-1993 (2012)
[17] 克拉姆特,A。;埃克特,F。;霍宁,M。;贝克,ME;Bürger,T.,无文章标题,J.Compute。化学。,23275(2002年)
[18] Masuch,K。;Fatemi,A。;Murrenhoff,H。;Leonhard,K.,无文章标题,Lubr。科学。,23, 249 (2011)
[19] Occhipinti,G。;比约尔斯维克,H-R;Jensen,VR,无文章标题,J.Am.Chem。Soc.,128,6952(2006)
[20] 帕内克,JJ;Jezierska,A。;Vracko,M.,无文章标题,J.Chem。信息模型。,45, 264 (2005)
[21] 里韦拉·博罗托,OM;Marrero-Pone,Y。;加西亚·德·拉维加,JM;Grau-ábalo,RdC,无文章标题,J.Chem。信息模型。,51, 3036 (2011)
[22] 杨,S-S;卢,W-C;顾,T-H;Yan,L-M;Li,G-Z,无文章标题,QSAR Comb。科学。,28, 175 (2009)
[23] Kim,K。;格雷科·G。;Novellino,E.,无文章标题,透视。药物研发部。,257年12月14日(1998年)
[24] Pastor,M。;克雷西尼,G。;I.麦克雷。;Pickett,P。;Clementi,S.,无文章标题,J.Med.Chem。,43, 3233 (2000)
[25] 安大略省Jain;Koile,K。;查普曼,D.,无文章标题,J.Med.Chem。,37, 2315 (1994)
[26] D.E.Walters,药物设计中的3D QSAR(施普林格,荷兰,1998年)
[27] 帕雷蒂,MF;Kroemer,RT公司;罗思曼,JH;R、 GW,无文章标题,J.Compute。化学。,18, 1344 (1997)
[28] 因此,S-S;Karplus,M.,无文章标题,J.Med.Chem。,40, 4347 (1997)
[29] Y.Tominaga。;藤原,I.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,37, 1158 (1997)
[30] 克莱因,康涅狄格州;凯撒,D。;Ecker,G.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,44, 200 (2004)
[31] Todeschini,R。;千层面,M。;Marengo,E.,无文章标题,《化学计量学杂志》,8263(1994)
[32] Bravi,G。;甘西亚,E。;马斯卡尼,P。;佩尼亚,M。;托德斯基尼,R。;Zaliani,AJ,无文章标题,J.Compute。辅助分子设计。,11, 79 (1997)
[33] 瓦格纳,M。;萨多夫斯基,J。;Gasteiger,J.,《美国化学杂志》,无文章标题。Soc.,1177769(1995年)
[34] 布尔西,R。;道·D。;Wijk,T。;古耶,M。;凯伦巴赫,M。;Verwer,P.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,39, 861 (1999)
[35] DB特纳;Willett,P.,《欧洲医学化学杂志》,无文章标题。,35, 367-375 (2000)
[36] DB特纳;Willett,P。;弗格森,AM;Heritage,TW,无文章标题,J.Compute。辅助分子设计。,13, 271 (1999)
[37] Wildman,SA;Crippen,GM,无文章标题,J.Mol.Graphics Model。,21, 161 (2002)
[38] Gasteiger,G。;萨多夫斯基,J。;舒尔,J。;塞尔泽,P。;斯坦豪尔,L。;Steinhauer,V.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,36, 1030 (1996)
[39] 西尔弗曼,BD;普拉特,D。;皮特曼,M。;Rigoutsos,I.,无文章标题,透视。药物研发。设计。,12-14, 183 (1998)
[40] R.Todeschini,V.Consonni,《化学信息学分子描述符》,第1卷。字母表,第2卷。附录,参考文献(Wiley-VCH,Weinheim,2009),第2125页
[41] A.T.Balaban,《从化学拓扑到三维几何》(Plenum Press,纽约,1997),第420页
[42] 博格达诺夫,B。;Nikolic,S。;Trinajsic,N.,无文章标题,J.Math。化学。,3, 299 (1989)
[43] 博格达诺夫,B。;Nikolic,S。;Trinajstic,N.,无文章标题,数学杂志。化学。,5, 305 (1990)
[44] O.Mekenyan。;佩切夫,D。;Bonchev,D。;北卡罗来纳州Trinajsic。;Bangov,IP,无文章标题,Arzneim。Forsch.公司。,36, 176 (1986)
[45] Randić,M.,无文章标题,New J.Chem。,19, 781 (1995)
[46] Randić,M.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,35773(1995年)
[47] Randić,M.,无文章标题,New J.Chem。,20, 1001 (1996)
[48] Randić,M。;Razinger,M.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,35, 594 (1995)
[49] Aires-de-Sousa,J。;Gasteiger,J。;古特曼,I。;Vidovic,D.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,44, 831 (2004)
[50] Benigni,R。;科塔·鲁梅西诺,M。;加洛,G。;乔治·F·。;古利亚尼,A。;Vari,MR,无文章标题,J.Med.Chem。,43, 3699 (2000)
[51] Golbraikh,A。;Bonchev,D。;Tropsha,A.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,41, 147 (2001)
[52] 合资公司Julian-Ortiz;阿拉蓬特,CG;圣马力诺岛,I。;加尔科·阿多梅内克,R。;Galvez,J.,无文章标题,J.Mol.Graphics Model。,16, 14 (1998)
[53] Marrero-Pone,Y。;卡斯蒂略·加里特,J。;卡斯特罗,E。;托伦斯,F。;Rotondo,R.,无文章标题,J.Math。化学。,44, 755 (2008) ·Zbl 1217.92094号
[54] 舒尔茨,HB;舒尔茨,EB;Schulz,TP,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,35, 864 (1995)
[55] Marrero Ponce,Y.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,44, 2010 (2004)
[56] 马雷罗·庞斯,Y。;Castillo-Garit,J。;托伦斯,F。;罗梅罗·扎尔迪瓦尔(Romero Zaldivar,V.)。;Castro,E.,无文章标题,Molecules,9,1100(2004)
[57] Marrero-Ponce,Y.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,44, 2010 (2004)
[58] Marrero-Pone,Y。;日本卡斯蒂略-加里特;Olazabal,E。;塞拉诺,HS;莫拉莱斯,A。;北卡斯塔涅多。;Ibarra Velarde,F。;Huesca-Guillen,A。;上午桑切斯;托伦斯,F。;Castro,EA,无文章标题,Bioorg.Med.Chem。,13, 1005 (2005)
[59] 通用汽车公司Casañola-Martín;汗,MTH;Marrero-Pone,Y。;阿瑟,A。;明尼苏达州苏丹霍扎耶夫;Torrens,F.,《生物组织医学化学》,无文章标题。莱特。,16, 324 (2006)
[60] Casañola Martín,总经理;Marrero-Pone,Y。;汗,MTH;阿瑟,A。;苏丹,S。;托伦斯,F。;Rotondo,R.,无文章标题,生物医药化学。,15, 1483 (2007)
[61] 日本卡斯蒂略-加里特;Vega,MC;Rolon,M。;Marrero-Pone,Y。;库兹涅佐夫,VV;托雷斯,DFA;戈梅斯·巴里奥,A。;AA贝洛;蒙特罗,A。;托伦斯,F。;Pérez-Giménez,F.,无文章标题,《欧洲药学杂志》。,39, 30 (2010)
[62] Marrero-Pone,Y。;Machado-Tugores,Y。;佩雷拉,DM;日本埃斯卡里奥;Barrio,AG公司;诺加尔·鲁伊斯,JJ;奥乔亚,C。;阿兰,VJ;Martinez-Fernandez,AR;Garcia Sanchez,注册护士,无文章标题,当前。药物研发。技术。,2, 245 (2005)
[63] Marrero-Pone,Y。;Meneses-Marcel,A。;马里兰州博洛托河;Garcia-Dometech,R。;合资公司Julian-Ortiz;蒙特罗,A。;日本埃斯卡里奥;巴里奥股份有限公司;佩雷拉,DM;Nogal,JJ;Grau,R。;托伦斯,F。;沃格尔,C。;Aran,VJ,无文章标题,J.Compute。辅助分子设计。,22, 523 (2008)
[64] Marrero-Pone,Y。;蒙特罗·托雷斯,A。;RomeroZaldivar,C。;IyarretaVeit,医学博士。;马约恩·佩雷斯,M。;Garcña Sanchez,R.,无文章标题,生物组织医学化学。,13, 1293 (2005)
[65] 日本卡斯蒂略-加里特;Marrero-Pone,Y。;托伦斯,F。;加西亚·多梅内克,R。;Romero-Zaldivar,V.,无文章标题,J.Compute。化学。,29, 2500 (2008)
[66] JW戈登;Bajorath,J.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,42, 87 (2001)
[67] JW戈登;佛罗里达州斯塔胡拉;Bajorath,J.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,40, 796 (2000)
[68] Marrero Ponce,Y。;日本卡斯蒂略·加里特;Nodarse,D.,无文章标题,生物组织医学化学。,13, 3397 (2005)
[69] B.Vargas Quesada,F.M.Anegón,可视化科学结构(Springer,纽约,2007)
[70] Nikolic,S。;北卡罗来纳州Trinajsic。;Mihalic,Z。;Carter,S.,《化学》,无文章标题。物理。莱特。,179, 21 (1991)
[71] 日本卡斯蒂略-加里特;马丁内斯·圣地亚哥,O。;Marrero-Pone,Y。;通用汽车公司Casañola-Martín;Torrens,F.,《化学》,无文章标题。物理。莱特。,464, 107 (2008)
[72] Marrero Ponce,Y。;蒙特罗·托雷斯,A。;罗梅罗·扎尔迪瓦尔,C。;Iyarreta Veitía,医学博士。;Mayón Peréz,M。;加西亚·桑切斯(García Sánchez),注册护士,无文章标题,生物组织医学化学。,13, 1293 (2005)
[73] 马雷罗·庞斯,Y。;Huesca-Guillén,A。;Ibarra-Velarde,F.,无文章标题,J.Mol.Struct。(Thoechem),717,67(2005)
[74] Marrero-Pone,Y。;Medina-Marrero,R。;托伦斯,F。;马丁内斯,Y。;罗梅罗·扎尔迪瓦尔,V。;Castro,EA,无文章标题,Bioorg.Med.Chem。,13, 2881 (2005)
[75] 蒙特罗·托雷斯,A。;加西亚·桑切斯,注册护士;马雷罗·庞斯,Y。;Machado-Tugores,Y。;Nogal-Ruiz,JJ;马丁内斯·费尔南德斯,AR;弗吉尼亚州阿兰;奥乔亚,C。;Meneses-Marcel,A。;Torrens,F.,无文章标题,《欧洲医学化学杂志》。,41, 483 (2006)
[76] 蒙特罗·托雷斯,A。;Vega,MC;Marrero-Pone,Y。;罗隆,M。;戈麦斯·巴里奥,A。;日本埃斯卡里奥;弗吉尼亚州阿兰;马丁内斯·费尔南德斯,AR;Meneses-Marcel,A.,无文章标题,生物医药化学。,13, 6264 (2005)
[77] S.I.Sandler,《应用统计热力学导论》(美国新泽西州威利,2010)
[78] G.A.F.Seber,《统计学家矩阵手册》(Wiley-Interscience,美国新泽西州,2008年)·Zbl 1143.15001号
[79] D.Serre,《矩阵:理论与应用》(Springer,纽约,2002)·Zbl 1011.15001号
[80] Sinkhorn,R.,无文章标题,《数学年鉴》。《法律总汇》第35876页(1964年)·Zbl 0134.25302号
[81] R.Sinkhorn。;Knopp,P.,无文章标题,Pac。数学杂志。,21, 343 (1967) ·Zbl 0152.01403号
[82] 约翰逊,CR;马森,RD;Trosset,MW,无文章标题,线性代数应用。,397, 253 (2005) ·Zbl 1071.15005号
[83] S.J.Axler,《正确处理线性代数》(Springer,纽约,1997)·Zbl 0886.15001号
[84] A.Browder,《数学分析:导论》(Springer,纽约,1996)·Zbl 0852.26001号
[85] C.H.Edwards,D.E.Penney,初等线性代数(Prentice Hall,Englewoods Cliffs,1988)
[86] R.Todeschini,V.Consonni,M.Pavan,Dragon Software(意大利塔莱特,2002)·Zbl 1121.92071号
[87] A.Basilevsky,《统计因素分析Rel方法:理论与应用》(美国纽约威利出版社,1994年)·Zbl 1130.62341号
[88] Estrada,E.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,39, 1042 (1999)
[89] IE弗兰克;Friedman,JH,无文章标题,技术计量学,35,109(1993)·Zbl 0775.62288号
[90] R.Franke,理论药物设计方法(荷兰阿姆斯特丹爱思唯尔科学出版社,1984年)
[91] E.R.Malinowski,《化学中的因子分析》(Wiley Interscience,美国霍博肯,1991年)·Zbl 0925.62219号
[92] Statsoft、STATISTICA(Statsoft,塔尔萨,2001)
[93] B.A.Bunin,《化学信息学:理论、实践与产品》(Springer,Dordrecht,2007),第295页
[94] Shannon,CE,无文章标题,Bell Syst。《技术期刊》,27,379(1948)
[95] 乌里亚斯,RP;Barigye,S。;Marrero-Pone,Y。;加西亚·加卡斯,C。;巴尔德斯·马丁尼,J。;Perez-Gimenez,F.,无文章标题,Mol.Divers,19305(2015)
[96] 洪,H。;谢奇。;Ge,W。;钱,F。;方,H。;Shi,L。;苏,Z。;Perkins,R。;Tong,W.,无文章标题,J.Chem。信息模型。,48, 1337 (2008)
[97] Marrero-Pone,Y.,无文章标题,《分子》,8,687(2003)
[98] Marrero-Pone,Y。;Marrero,R。;卡斯特罗,E。;Ramos de Armas,R。;迪亚兹,HG;扎尔迪瓦尔,V。;Torrens,F.,无文章标题,《分子》,91124(2004)
[99] Yap,CW,无文章标题,J.Compute。化学。,32, 1466 (2011)
[100] Estrada,E.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,36, 844 (1996)
[101] Estrada,E.,无文章标题,SAR QSAR Environ。决议,11,55(2000)
[102] 埃斯特拉达,E。;Molina,E.,无文章标题,J.Mol.Graph。型号。,20, 54 (2001)
[103] H.Georg,BlueDesc-分子描述符计算器(德国杜宾根大学,2008年)
[104] L.H.Hall,L.B.Kier,Molconn-Z 4.00(Hall Associates Consulting,昆西,2002)
[105] J.Liu,J.Feng,A.Brooks,S.Young,PowerMV:统计分析、分子观察、描述符生成和相似性搜索的软件环境(美国北卡罗来纳州国家统计科学研究所,2005年)
[106] R.Guha,CDK描述符计算器(美国国立卫生研究院化学基因组中心,印第安纳州,1991年)
[107] Randic,M。;Trinajsic,N.,无文章标题,J.Mol.Struct。(Thoechem),284209(1993)
[108] Randic,M。;Trinajsic,N.,无文章标题,J.Mol.Struct。,300, 551 (1993)
[109] Consonni,V。;托德斯基尼,R。;Pavan,M。;Gramatica,P.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,42, 693 (2002)
[110] Diudea,MV,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,36, 535 (1996)
[111] 迪乌迪亚,MV;米纳利乌克,OM;Katona,G.,《无文章标题》,Revue roumaine de chimie,42,239(1997)
[112] 埃斯特拉达,E。;罗德里格斯,L.,《无文章标题》,J.Chem。Inf.计算。科学。,39, 1037 (1999)
[113] Randic,M.,无文章标题,J.Mol.Struct。(托歇姆),233,45(1991)
[114] Randic,M.,无文章标题,克罗地亚人。化学。《学报》,66,289(1993)
[115] Randic,M。;郭,X。;Oxley,T。;Krishnapriyan,H。;Naylor,L.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,34361(1994年)
[116] 马尔科维奇,S。;Gutman,I.,无文章标题,J.Mol.Struct。(Thoechem),235,81(1991)
[117] L.B.Kier,L.H.Hall,《分子结构描述:电拓扑状态》(学术出版社,圣地亚哥,1999)
[118] 埃斯特拉达,E。;Molina,E.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,41, 791 (2001)
[119] 巴尔亚奇,Š。;什图迪克,E。;罗森博格,M。;Augustín,J。;Škára,B.,无文章标题,J.Theor。生物学,131115(1988)
[120] 斯图尔特,J.,无文章标题,J.摩尔模型。,13, 1173 (2007)
[121] D.E.Goldberg,《搜索、优化和机器学习中的遗传算法》(Addison-Wesley Pub.Co.,Reading,1989)·Zbl 0721.68056号
[122] 霍芬格,AJ;王,S。;托卡斯基,JS;Jin,B。;阿尔伯克基,M。;马达夫,PJ;Duraiswami,C.,《美国化学杂志》,无文章标题。《社会学杂志》,11910509(1997)
[123] 罗杰斯,D。;霍芬格,AJ,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,34, 854 (1994)
[124] 因此,S-S;Karplus,M.,无文章标题,J.Med.Chem。,39, 1521 (1996)
[125] Willett,P.,《趋势生物技术》,无文章标题。,13, 516 (1995)
[126] R.Todeschini、V.Consonni、A.Mauri、M.Pavan、R.Leardi,《科学与技术中的数据处理》(Elsevier,阿姆斯特丹,2003)
[127] J.Devillers,A.T.Balaban,QSAR和QSPR中的拓扑指数和相关描述符(Gordon和Breach,阿姆斯特丹,荷兰,1999)
[128] Consonni,V。;托德斯基尼,R。;Pavan,M.,无文章标题,J.Chem。Inf.计算。科学。,42, 682 (2002)
[129] Golbraikh,A。;Tropsha,A.,无文章标题,J.Mol.Graph。型号。,20269(2002年)
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