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弗朗索瓦·法赫斯；史蒂文，同性恋；西尔万·索利曼

从常微分方程推断反应体系。 （英语） Zbl 1337.92089号

西奥。计算。科学。 599, 64-78 (2015).
摘要：在数学生物学中，许多生化反应系统的动力学模型都是用常微分方程（ODE）表示的。一旦动力学参数值固定，这个简单的数学形式就完全定义了生化反应系统的动力学行为，并为确定性模拟、参数敏感性分析、分岔分析等提供了强大的工具。然而，无需任何关于反应动力学和参数值的信息，可以使用结构如果每个反应的反应物、产物和改性剂都得到了精确的定义。为了将这些结构方法应用于参数ODE模型，我们研究了表示反应的结构和动力学之间一致性的数学条件，而不局限于质量作用定律动力学。标准动力学定律尤其满足了这一条件，这就要求影响图具有显著的独立于反应动力学的特性。我们从这项研究中导出了一种启发式算法，该算法将一个ODE系统作为输入，通过尽可能推断出格式良好的反应，计算出具有相同ODE语义的反应系统。我们展示了该策略如何能够在SBML中自动管理ODE模型的编写，并展示了在模型库中获得的一些统计信息生物模型.net.

引用于9文件

MSC公司：

92C45型 生化问题中的动力学（药代动力学、酶动力学等）
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

系统生物学；化学反应网络理论；常微分方程；SBML公司

软件：

生物CHAM；生物模型；窥探
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{F.Fages}等人，Theor。计算。科学。599、64-78（2015年；Zbl 1337.92089）
全文： 内政部

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