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Sohei伊藤;Ichinose、Takuma;Masaya岛川;直子伊祖米;Shigeki Hagihara;直纪延崎

用时序逻辑对基因调控网络进行定性分析。 （英语） Zbl 1329.92049号

西奥。计算。科学。 594, 151-179 (2015).
摘要：在本文中，我们提出了一种新的形式主义，使用成熟的形式验证技术对基因调控网络进行建模和分析。我们通过线性时序逻辑（LTL）中的逻辑公式来建模网络的可能行为。通过检查LTL的可满足性，可以检查某些或所有行为是否满足给定的生物特性，这在定量分析（如常微分方程方法）中是很困难的。由于LTL可满足性检查的复杂性，该方法通常难以分析大型网络。为了减轻这种计算困难，我们开发了两种方法。一种是模块化检查方法，我们将网络划分为多个子网，分别进行检查，然后将其集成。另一种是近似分析方法，在该方法中，我们用更简单的公式指定行为，这些公式压缩或扩展了网络的可能行为。在近似方法中，我们重点关注网络基元，并给出了它们的近似规范。我们通过实验证实，这两种方法都改进了大型网络的分析。

引用于1文件

MSC公司：

第92页第42页 系统生物学、网络
03B44号 时序逻辑
60年第68季度 规范和验证（程序逻辑、模型检查等）

关键词：

系统生物学;基因调控网络;时序逻辑;无功系统验证

软件：

基因卡;GNA公司;KEGG公司;生物CHAM;生物-PEPA;棱镜
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\textit{S.Ito}等人，Theor。计算。科学。594，151-179（2015年；兹比尔1329.92049）
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