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薛、徐;王永军;李志宏

复制交换分子动力学模拟研究SAM-II核糖开关的折叠。 （英语） Zbl 1314.92120号

J.西奥。生物。 365265-269（2015年）.
总结：Riboswitches是顺式-当特定靶分子与其结合囊结合时，通过构象转换机制发挥作用的RNA片段，代表了抗生素开发中一类诱人的新生物分子靶点。为了了解SAM-II核糖开关的折叠机制，主要发生在蛋白杆菌中，在显式溶剂中进行了100ns复制交换分子动力学模拟。我们的结果表明，这种RNA假结具有多种折叠途径和各种中间结构。合成的核糖开关构象转换图与最近的荧光测量结果非常一致，这证实了这个假结的动力学特性。此外，还预测了一种新的过渡途径。全局折叠动力学主要与螺旋线耦合，而不是与环区耦合。本文提出的核糖开关的潜在折叠途径应该有助于加深对核糖开关折叠机制以及RNA假结构象变化的理解。

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

核糖开关;细菌;雷姆德;折叠动力学

软件：

格鲁马克斯;LINCS系统
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{X.Xue}等人，J.Theor。生物学365，265--269（2015；Zbl 1314.92120）
全文： 内政部

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