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用复合似然法估计细菌单位点变异的相对重组率。(英语) Zbl 1454.62331
摘要:许多研究建议通过比较密切相关的细菌分离物的DNA序列来估计该细菌物种的重组与突变的相对速率。我们考虑这样一种使用单基因座变体的方法:在一个基因位点上DNA不同的成对分离物。从这些数据中推导重组到突变相对速率的点估计的一种方法是使用复合似然法。我们扩展了最近在这方面的工作,以便能够为我们的估计构造置信区间,而不需要借助于计算密集的bootstrap程序,并且开发一个测试相对速率是否随基因座而变化。我们的检验和构造置信区间的方法都是通过对数据中的依赖结构建模,然后应用关于使用复合似然得到的估计量分布的渐近理论来获得的。我们将这些方法应用于来自8种细菌的多位点序列分型(MLST)数据,发现其中三种细菌存在显著的速率变化:蜡样芽孢杆菌,屎肠球菌肺炎克雷伯菌.
理学硕士:
第62页 统计学在生物学和医学科学中的应用;荟萃分析
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模拟试验
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