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乔瓦尼·帕迪尼;保罗·米拉佐;安德烈亚·马焦洛·谢蒂尼

生化途径中的成分鉴定。 （英文） Zbl 1327.68163号

西奥。计算。科学。 587, 104-124 (2015).
摘要：生物化学途径是对细胞过程中分子物种之间相互作用的抽象描述。路径中提到的不同分子物种通常代表同一生物实体的不同状态，例如某个分子的未结合和结合状态。因此，路径可以被视为通过反应同步改变状态的实体之间的相互作用网络。我们认为这些生物实体是通路成分。{}我们定义了一种半自动算法，从路径中描述的成分相互作用中推断成分。如果交互不足以解决所有反应，则可能需要领域专家的帮助来解决任何可能出现的歧义。作为应用示例，我们将该算法应用于文献中EGF信号通路的模型，以识别其成分。从理论角度出发，我们形式化地证明了算法的正确性、在任何输入路径下的终止性和（弱）合流性。

引用于1文件

MSC公司：

60年第68季度 规范和验证（程序逻辑、模型检查等）
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

生化途径;模块化建模;形式化方法

软件：

生物炭;生物-PEPA;牢房设计师;政治公众人物协议
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{G.Pardini}等人，Theor。计算。科学。587104-124（2015年；Zbl 1327.68163）
全文： 内政部

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