×
陈志忠;范莹;王路生

快速准确地计算rSPR距离。 （英语） Zbl 1322.90103号

J.库姆。最佳方案。 29，第3期，605-635（2015）.
摘要：由于进化中的杂交事件，研究一组物种的两个不同基因可能会产生两个相关但不同的物种进化树。在这种情况下，我们要测量两棵树的不同之处。为此，使用了两棵树的根子树剪枝和再生（rSPR）距离，并开发了许多算法和软件工具来计算两棵给定系统发育树的rSPR距离。以前对此问题最快的精确算法运行于\（O（2.415^dn）\）时间，其中\（n）和\（d）分别是输入树的叶子数和rSPR距离。在本文中，我们提出了一种运行于（O（2.344^dn）时间内的快速精确算法。我们的实验表明，对于RSPR距离，新算法明显快于之前最好的软件（即RSPR）的最新版本（即v1.1.1）。

引用于5文件

MSC公司：

90立方厘米 涉及图形或网络的编程
90 C90 数学规划的应用

关键词：

系统发育树;rSPR距离;固定参数算法

软件：

快速HN;PhyloNet系统;rSPR
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Z.-Z.Chen}等人，J.Comb。最佳方案。29，第3号，605--635（2015；Zbl 1322.90103）
全文： DOI程序

参考文献：

[1] Beiko RG，Hamilton N（2006），横向遗传转移事件的系统发育鉴定。BMC进化生物学6:159-169·doi:10.1186/1471-2148-6-15
[2] Bonet ML，John KSt，Mahindru R，Amenta N（2006），系统发育之间子树距离的近似值。计算机生物学杂志13:1419-1434·doi:10.1089/cmb.2006.13.1419
[3] Bordewich M，McCartin C，Semple C（2008）系统发育之间子树距离的3近似算法。J离散算法6:458-471·Zbl 1171.05317号 ·doi:10.1016/j.jda.2007.10.02
[4] Bordewich M，Semple C（2005）关于有根子树剪枝和再生距离的计算复杂性。组合数学年鉴8:409-423·兹比尔1059.05035 ·doi:10.1007/s00026-004-0229-z
[5] Chen Z-Z，Wang L（2012）FastHN：最小杂交网络的快速工具。BMC生物信息13:155·doi:10.1186/1471-2105-13-155
[6] Chen Z-Z，Wang L（2013）最小网状网络的超快速工具。计算机生物学杂志20（1）：38-41·doi:10.1089/cmb.2012.0240
[7] Gasieniec L，Jansson J，Lingas A，Østlin A（1999）关于构建进化树的复杂性。J Comb Optim杂志3:183-197·Zbl 0957.9011号 ·doi:10.1023/A:1009833626004
[8] Goloboff PA（2007）计算树木之间的SPR距离。分支分类学24（4）：591-597·doi:10.1111/j.1096-0031.2007.00189.x
[9] 草类系统发育工作组（2001）禾本科植物的系统发育和亚科分类。安·莫·博特·加德88:373-457·Zbl 0960.90075号
[10] Hein J，Jing T，Wang L，Zhang K（1996）关于比较进化树的复杂性。离散应用数学71:153-169·Zbl 0876.92020号 ·doi:10.1016/S0166-218X（96）00062-5
[11] Hill T，Nordström KJ，Thollesson m，Säfströ）TM，Vernersson AK，Fredriksson R，Schiöth HB（2010）SPRIT：确定根系统发育树中的水平基因转移。BMC进化生物学10:42·doi:10.1186/1471-2148-10-42
[12] Ma B，Wang L，Zhang L（1999）用增量误差的树度量拟合距离。J Comb Optim公司3:213-225·Zbl 0960.90075号 ·doi:10.1023/A:1009837726913
[13] Ma B，Zhang L（2011）祖先状态重建最大似然方法准确性的有效估计。梳子优化21:409-422·Zbl 1319.92036号 ·doi:10.1007/s10878-009-9261-6
[14] MacLeod D，Charlebis RL，Doolittle F，Bapteste E（2005）通过递归合并和重排比较系统发育树，推断横向基因转移的可能事件。BMC进化生物学5（1）：27·doi:10.1186/1471-2148-5-27
[15] Rodrigues EM，Sagot M-F，Wakabayashi Y（2007）最大一致森林问题：近似算法和计算实验。计算机科学理论374:91-110·兹比尔1164.68039 ·doi:10.1016/j.tcs.2006.12.011
[16] Than C，Ruth D，Nakhleh L（2008）《PhyloNet：分析和重建网状进化关系的软件包》。BMC生物信息9:322·doi:10.1186/1471-2105-9-322
[17] Wu Y（2009）精确计算子树修剪和再生距离的实用方法。生物信息学25（2）：190-196·doi:10.1093/bioinformatics/btn606
[18] Whidden C，Beiko RG，Zeh N（2010）计算根协议林的快速FPT算法：理论和实验。LNCS公司6049:141-153
[19] Whidden C，Zeh N（2009）关于协议森林近似值和FPT的统一观点。LNCS 5724:390-401美国海军陆战队标准
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。