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卡尔·巴顿;托马斯·弗洛里;科斯塔斯·S·伊利奥普洛斯。;Pissis，Solon P。

具有有限数量间隙的全局和局部序列对齐。 （英语） Zbl 1325.68306号

西奥。计算。科学。 582, 1-16 (2015).
作者提出了一种最多具有给定数量间隔的成对全局序列比对算法。他们的算法计算传统二维动态规划矩阵的三维变量，用于全局序列比对。这需要\（Theta（mk\ell）\）时间和\（Theta（mk）\）空格，其中\（m\）是较短序列的长度，\（k\）是允许的最大编辑距离，\（ell\）是对齐中允许的最大间距数。作者还提出了一种至多具有给定数量间隙的成对局部序列比对的类似算法。（这篇摘要略带转述了文章结论的第一段。）
审核人：Travis Gagie（赫尔辛基）

引用于1文件

MSC公司：

68瓦32 字符串上的算法
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

字符串算法;双序列比对;动态规划

软件：

标准作业程序3;香皂;差距Mis;利比加米斯;EMBOS公司;蝴蝶结2;BWA公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛C.Barton｝等人，Theor。计算。科学。582，1--16（2015；Zbl 1325.68306）
全文： 内政部

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