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赵磊;马丁·拉斯库克斯;戴维·瓦克斯曼

条件Wright-Fisher模型的精确模拟。 （英语） Zbl 1309.92057号

J.西奥。生物。 363, 419-426 (2014).
摘要：正向和反向模拟在种群遗传学中发挥着越来越大的作用，特别是在推断进化力的相对重要性时。因此，为一般群体遗传学模型开发快速准确的模拟方法十分重要。在这里，我们提出了一种精确的模拟方法，该方法可以在有限人群中生成等位基因频率的轨迹，如一般Wright-Fisher模型所描述的那样。该方法生成条件轨迹，这些轨迹从已知时间的已知频率开始，并在已知的最终时间达到特定的最终频率。无论初始状态和最终状态之间的转换概率有多小，模拟方法都适用，因为它不是基于轨迹的拒绝。我们在Wright-Fisher模型（或相关模型）适用的几个不同群体上说明了该方法，即（i）具有2个等位基因的基因座，该基因座会受到选择和突变；（ii）一个具有3个等位基因的基因座，该等位基因可被选择；（iii）集合种群中的一个位点，由两个有限大小的亚种群组成，它们受到选择和迁移的影响。模拟方法允许生成条件轨迹，这些轨迹可用于可视化、估计汇总统计数据以及开发/测试新的推断方法。模拟轨迹提供了一种非常简单的方法来估计无法用转移矩阵表示的量，并且可以应用于除Wright-Fisher模型以外的有限马尔可夫链。

引用于2文件

MSC公司：

92D10型 遗传学和表观遗传学
92D15型 与进化有关的问题
60J20型 马尔可夫链和离散时间马尔可夫过程在一般状态空间（社会流动、学习理论、工业过程等）上的应用

关键词：

随机过程;条件轨迹;可视化;随机遗传漂变;马尔可夫链

软件：

MSMS（座椅位置记忆系统）
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{L.Zhao}等人，J.Theor。生物363419-426（2014；Zbl 1309.92057）
全文： 内政部

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