马丁·霍普芬西茨；克里斯托夫·穆塞尔；马库斯·毛彻；汉斯·凯斯特勒（Hans A.Kestler）。 布尔网络中的吸引子：教程。 （英语） Zbl 1305.65044号 计算。斯达。 28，第1期，第19-36页（2013年）. 摘要：布尔网络是描述基因调控网络的一类流行模型。他们将基因建模为简单的二元变量，要么被表达，要么不被表达。对布尔网络的模拟可以深入了解细胞系统的动力学。特别是，网络中的稳定状态和循环被认为与表型相对应。本文介绍了在同步、异步和概率布尔网络中识别吸引子的方法，并给出了它们在BoolNet R包中的使用示例。 引用于2文件 MSC公司： 62-08 统计问题的计算方法 关键词：系统生物学；布尔网络；吸引子 软件：显示；对；BoolNet公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Hopfensitz}等人，《计算》。Stat.28，No.1，19--36（2013；Zbl 1305.65044） 全文： 内政部 参考文献： [1] Albert R，Othmer H（2003）调节相互作用的拓扑结构预测了果蝇片段极性基因的表达模式。《Theor生物学杂志》223（1）：1–18·doi:10.1016/S0022-5193（03）00035-3 [2] Aldana M（2003）无标度拓扑网络的布尔动力学。物理D：非线性现象185（1）：45–66·Zbl 1039.94016号 ·doi:10.1016/S0167-2789（03）00174-X [3] Bornholdt S（2005）系统生物学。在建模大型遗传网络时，越少越好。科学310（5747）：449–451·doi:10.1126/科学.1119959 [4] Bornholdt S（2008）《细胞调控的布尔网络模型：前景和局限性》。J R Soc接口5（补充1）：S85–S94·doi:10.1098/rsif.2008.0132.focus [5] Calzone L、Tournier L、Fourquet S、Thieffry D、Zhivotovsky B、Barillot E、Zinovyev A（2010）死亡受体参与下细胞-食物决策的数学模型。公共科学图书馆计算生物学6（3）：e1000702·doi:10.1371/journal.pcbi.1000702 [6] de Jong H（2002）遗传调控系统的建模和模拟：文献综述。计算机生物学杂志9（1）：67–103·doi:10.1089/10665270252833208 [7] Dojer N、Gambin A、Mizera A、Wilczyn ski B、Tiuryn J（2006）《将动态贝叶斯网络应用于扰动基因表达数据》。BMC生物信息7:249·Zbl 05326024号 ·doi:10.1186/1471-2105-7-249 [8] FauréA、Naldi A、Chaouiya C、Thieffry D（2006）哺乳动物细胞周期控制通用布尔模型的动态分析。生物信息学22（14）：e124–e131·doi:10.1093/bioinformatics/btl210 [9] Garg A、Banerjee D、De Micheli G（2008）基因调控网络概率建模的隐式方法。在：第30届IEEE EMBS国际年会论文集，第4621–4627页 [10] Garg A、Di Cara A、Xenarios I、Mendoza L、De Micheli G（2008）基因调控网络的同步与异步建模。生物信息学24（17）：1917–1925·兹伯利05511775 ·doi:10.1093/bioinformatics/btn336 [11] Glass L，Kauffman SA（1973）《连续非线性生化网络的逻辑分析》。《Theor生物学杂志》39（1）：103–129·doi:10.1016/0022-5193（73）90208-7 [12] Goodwin B（1963）《细胞中的时间组织：细胞控制过程的动态理论》。伦敦学术出版社 [13] Grzegorczyk M，Husmeier D，Rahnenführer J（2010）用BGM模型模拟非平稳动态基因调控过程。计算统计26（2）：199–218·Zbl 1304.65036号 ·doi:10.1007/s00180-010-0201-9 [14] Harvey I，Bossomaier T（1997）《联合超时：异步随机布尔网络中的吸引子》。摘自：第四届欧洲人工生命会议记录，第67–75页 [15] Huang S（1999）基因表达谱、遗传网络和细胞状态：肿瘤发生和药物发现的综合概念。分子医学杂志77（6）：469–480·doi:10.1007/s001099900023 [16] 考夫曼SA（1969）随机构建的遗传网络中的代谢稳定性和表观遗传。《Theor生物学杂志》22（3）：437–467·doi:10.1016/0022-5193（69）90015-0 [17] 考夫曼SA（1993）《秩序的起源：进化中的自组织和选择》。牛津大学出版社 [18] Kauffman S，Peterson C，Samuelsson B，Troein C（2004）具有可分解布尔规则的遗传网络总是稳定的。PNAS 101（49）：17102–17107·doi:10.1073/pnas.0407783101 [19] Lähdesmäki H，Shmulevich I，Yli-Harja O（2003）关于布尔网络模型下的学习基因调控网络。马赫学习52（1-2）：147-167·Zbl 1039.68162号 ·doi:10.1023/A:1023905711304 [20] 李凤，龙T，欧阳Q，唐C（2004）酵母细胞周期网络的稳健设计。PNAS 101:4781–4786·doi:10.1073/pnas.0305937101 [21] Liang S，Fuhrman S，Somogyi R（1998）REVEAL，遗传网络结构推理的通用逆向工程算法。Pac-Symp生物计算机3:18–29 [22] Lynch J（1995）关于随机布尔细胞自动机中的混沌阈值。随机结构算法6（2–3）：239–260·Zbl 0819.68082号 ·doi:10.1002/rsa.3240060212 [23] Müssel C、Hopfensitz M、Kestler HA（2010）BoolNet–布尔网络生成、重建和分析的R包。生物信息学26（10）：1378–1380·Zbl 05744738号 ·doi:10.1093/bioinformatics/btq124 [24] Orlando DA、Lin CY、Bernard A、Wang JY、Socolar JES、Iversen ES、Hartemink AJ、Haase SB（2008）通过耦合CDK和网络振荡器对细胞周期转录的全球控制。自然453（7197）：944–947·doi:10.1038/nature06955 [25] Sahin O、Fröhlich H、Löbke C、Korf U、Burmester S、Majety M、Mattern J、Schupp I、Chaouiya C、Thieffry D、Poustka A、Wiemann S、Beissbarth T、Arlt D（2009）建立ERBB受体调节的G1/S转换模型，以寻找新的曲妥珠单抗耐药性靶点。BMC系统生物学3（1）：1·doi:10.1186/1752-0509-3-1 [26] Samuelsson B，Troein C（2003）Kauffman网络中吸引子数量的超多项式增长。物理评论稿90（9）：098701·Zbl 1267.82104号 ·doi:10.1103/PhysRevLett.90.098701 [27] Shmulevich I，Dougherty ER，Kim S，Zhang W（2002）概率布尔网络：基因调控网络的基于规则的不确定性模型。生物信息学18（2）：261–274·doi:10.1093/bioinformatics/18.2.261 [28] Socolar JE，Kauffman SA（2003）有序和临界随机布尔网络中的缩放。物理评论稿90（6）：068–702·doi:10.1103/PhysRevLett.90.068702 [29] Thomas R（1991）监管网络被视为异步自动机：逻辑描述。《Theor生物学杂志》153（1）：1–23·doi:10.1016/S0022-5193（05）80350-9 [30] Wawra C，Kühl M，Kestler HA（2007）Wnt/{（β）}-catenin途径的扩展分析：鲁棒性和振荡行为。FEBS Lett 581（21）：4043–4048·doi:10.1016/j.febslet.2007.07.043 [31] Xiao Y，Dougherty ER（2007）布尔网络中函数扰动的影响。生物信息学23（10）：1265–1273·doi:10.1093/bioinformatics/btm093 [32] Zhou D，Müssel C，Lausser L，Hopfensitz M，Kühl M，Kestler HA（2009）用于基因调控建模和分析的布尔网络。乌尔姆大学Ulmer Informatik-Bericht 2009-2010 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。