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迭戈Fabregat-Traver；尤里·奥琴科。；保罗·比伦蒂内西

求解多线程体系结构上的广义最小二乘问题序列。 （英文） Zbl 1298.65203号

申请。数学。计算。 234, 606-617 (2014).
摘要：全基因组关联研究（GWAS）背景下的广义线性混合效应模型是一个巨大的计算挑战：数百万相关广义最小二乘问题的解决，以及TB级数据的处理。我们为GWAS提供了高性能的核内和核外共享内存算法：通过利用特定领域的知识、利用多核并行性和高效处理数据，我们的算法获得了无与伦比的性能。与GWAS最广泛使用的库之一GenABEL相比，在12核处理器上，我们获得了50倍的加速。因此，我们的日常工作使基因组研究规模空前。

引用于三文件

MSC公司：

65日元10 特定类别建筑的数值算法
65层99 数值线性代数
62J12型 广义线性模型（逻辑模型）
62页第10页 统计学在生物学和医学科学中的应用；元分析
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

数值线性代数；广义最小二乘；一连串的问题；共享内存；非核心

软件：

ProbABEL公司；GenABEL公司；线性代数库；元素；BLAS公司；拉帕克
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.Fabregat-Traver}等人，应用。数学。计算。234606--617（2014年；Zbl 1298.65203）
全文： 内政部 arXiv公司

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