玛琳娜,马格达莱纳;卡加·伊克斯塔特;霍尔格·施温德;马丁·波什;马·戈扎塔·博格丹 用逻辑回归和经典线性回归模型检测上位效应。 (英语) Zbl 1296.92051号 Stat.应用。遗传学。分子生物学。 13,第1期,83-104(2014). 小结:为了在实验种群中定位影响感兴趣性状的多个相互作用的数量性状位点(QTL),通常采用Cockerham模型等方法。在这个框架内,相互作用被理解为几个基因联合作用的一部分,不能解释为其加性效应的总和。然而,如果表型(如疾病)的改变是由多个QTL基因型的布尔组合引起的,那么这种Cockerham的方法通常无法正确识别它们。为了更有效地检测这种相互作用,我们提出了一个逻辑回归框架。即使使用逻辑回归方法,也必须考虑更多的模型(需要更严格的多重测试校正)与Cockerham方法相比,逻辑回归模型中高阶逻辑交互的有效表示导致检测此类交互的能力显著增加。对简单的双向交互模型进行了功率增加的分析,并通过仿真研究和实际数据分析在更复杂的设置中进行了说明。 MSC公司: 第92页第15页 普通生物统计学 关键词:科克勒姆模型;上位效应;实验研究;高阶相互作用;广义线性模型;逻辑回归 软件:卢比/夸脱;SNP最大值;逻辑注册 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Malina}等人,《统计应用》。遗传学。分子生物学。13,第1号,83-104(2014年;兹bl 1296.92051) 全文: DOI程序 参考文献: [1] Arnold,S.F.(1981):线性模型和多元分析理论,John Wiley&Sons:纽约,第79-82页·Zbl 0514.62069号 [2] Baierl,A.、M.Bogdan、F.Frommlet和A.Futschik(2006):“关于在交叉设计中定位多个相互作用的数量性状位点”,《遗传学》,1731693-1703。; [3] Ball,R.D.(2001):“基于模型选择的数量性状位点映射的贝叶斯方法:使用贝叶斯信息标准的近似分析”,《遗传学》,1591351-1364。; [4] 贝特森,W.和G.孟德尔(1909):孟德尔的遗传原理,剑桥大学出版社:纽约,G.P.普特南之子。; [5] Bogdan,M.,F.Frommlet,P.Biecek,R.Cheng,J.K.Ghosh和R.Doerge(2008):“将修改的贝叶斯信息标准(mbic)扩展到密集标记和多区间映射”,《生物计量学》,64,1162-1169,URL·Zbl 1152.62386号 [6] Boulesteix,A.L.、A.L.Strobl、S.Weidinger和W.Wichmann,H.E.(2007):“snp-snp相互作用的多重测试”,《统计学》。申请。一般分子生物学。,61544-6115·Zbl 1276.92083号 [7] Breiman,L.(1996):“装袋预测”,马赫。学习。,26, 123-140.; ·Zbl 0858.68080号 [8] Breiman,L.(2001):“随机森林”,马赫。学习。,45, 5-32.; ·Zbl 1007.68152号 [9] Breiman,L.、J.H.Friedman、R.A.Olshen和C.J.Stone(1984):分类和回归树,加利福尼亚州贝尔蒙特:沃兹沃思·Zbl 0541.62042号 [10] Broman,K.W.和S.C.G.Wu,H.Sen(2003):“R/qtl:实验杂交中的qtl映射”,生物信息学,19,889-890。; [11] Carlborg,O.和C.S.Haley(2004):“上位性:在复杂性状研究中经常被忽视?”。,5, 618-625.; [12] Chen,C.、H.Schwender、J.Keith、R.Nunkesser、K.Mengersen和P.Macrossan(2011):“识别snp相互作用的方法:逻辑回归、随机森林和贝叶斯逻辑回归的变化综述”,计算。生物学和生物信息学。,8, 1580-1591.; [13] Chen,Z.和J.Liu(2009):“实验杂交中数量性状位点多区间映射的混合广义线性模型”,《生物计量学》,65,470-477·Zbl 1165.62077号 [14] Clayton,D.G.(2009):“复杂疾病遗传学中的预测和相互作用:1型糖尿病的经验”,《公共科学图书馆·遗传学》,5,e1000540,URL。; [15] Cockerham,C.C.(1954):“当上位性存在时,对用于分析亲属间协方差的遗传方差划分概念的扩展”,《遗传学》,39,859-882。; [16] Coffman,C.、R.W.Doerge、K.Simonsen、K.Nichols、C.Duarte、R.Wolfinger和L.M.McIntyre(2005):“检测多个qtl的有效模型选择策略”,遗传学,1701281-1297。; [17] Cordell,H.J.(2002):“表观:它的意思是什么,它不意味着什么,以及在人类中检测它的统计方法”,《鼹鼠》。遗传学。,11,2463-2468,网址:。; [18] Cordell,H.J.(2009):“检测人类疾病背后的基因-基因相互作用”,《自然评论遗传学》。,10,392-404。; [19] Doerge,R.W.(2002):“实验种群数量性状基因座的定位和分析”,《自然评论》。,43-52,网址:。; [20] Dupuis,J.和D.Siegmund(1999):“从密集标记集映射数量性状位点的统计方法”,《遗传学》,151373-386。; [21] Erhardt,V.、M.Bogdan和C.Czado(2010):“利用零输入广义泊松回归定位多个相互作用的数量性状位点”,《统计学》。申请。摩尔生物上将,9,1554-6115·Zbl 1304.92086号 [22] Fisher,R.A.(1919):“孟德尔遗传假设下亲属之间的相关性”,T.Roy。爱丁堡州立大学。,52, 399-433.; [23] Fritsch,A.和K.Ickstadt(2007):“比较基于逻辑回归的方法识别snp相互作用”,柏林,海德堡:施普林格,计算机科学讲义,4414,90-103。; [24] Haley,C.和S.Knott(1992):“一种使用银行标记在品系杂交中定位定量性状基因座的简单回归方法”,《遗传》,69315-324。; [25] Jansen,R.和P.Stam(1994):“通过区间作图将数量性状高分辨率转化为多个位点”,《遗传学》,1361447-1455。; [26] Kao,C.和Z.Zeng(2002):“利用Cockerham模型模拟数量性状位点的上位性”,《遗传学》,160,1243-1261。; [27] Kao,C.,Z.Zeng和R.Teasdale(1999):“数量性状位点的多区间作图”,《遗传学》,1521203-1216。; [28] Kirkpatrick,S.、C.D.Gelatt和M.Vecchi(1983):“模拟退火优化”,《科学》,第220、671-680页·Zbl 1225.90162号 [29] Kooperberg,C.和I.Ruczinski(2005):“使用蒙特卡罗逻辑回归识别相互作用的snp”,Genet。流行病。,28, 157-170.; [30] Lander,E.S.和D.Botstein(1989):“使用rp连锁图绘制数量性状的孟德尔因子”,《遗传学》,121,185-199,URL。; [31] Li,W.和Z.Chen(2009):“性状分布中出现峰值的数量性状位点的多区间映射”,《遗传学》,182,337-342。; [32] Liu,J.,Y.Liu,X.Liu和H.-W.Deng(2007):“使用方差分量对多个复杂性状的数量性状位点进行贝叶斯映射”,《美国遗传学杂志》。,81, 304-320.; [33] Lucek,P.R.和J.Ott(1997):“复杂性状的神经网络分析”,《遗传学》。流行病。,14, 1101-1106.; [34] Lyons,M.A.,H.Wittenburg,R.Li,K.A.Walsh,M.R.Leonard,G.A.Churchill,M.C.Carey和B.Paigen(2003):“在cast/ei和129s1/svimj近交系小鼠的杂交中检测到有助于胆固醇结石形成的新的定量性状基因座,”Physiol。基因组学,14,225-239。; [35] McIntyre,L.,C.Coffman和R.Doerge(2001):“实验群体中单个二元性状基因座的检测和定位”,《遗传学》。决议,78,79-92。; [36] Ruczinski,I.、C.Kooperberg和M.LeBlanc(2003):“逻辑回归”,《计算杂志》。图形统计。,12, 474-511.; ·Zbl 1142.62386号 [37] Ruczinski,I.、C.Kooperberg和M.LeBlanc(2004):“探索高维基因组数据中的相互作用:逻辑回归概述及其应用”,《多元分析杂志》。,90, 178-195.; ·Zbl 1047.62071号 [38] Schwender,H.,K.Bowers,M.D.Fallin和I.Ruczinski(2011):“父母三人组中上位互动的重要性测量”,Ann.Hum.Genet。,75, 122-132.; [39] Schwender,H.和K.Ickstadt(2008):“使用逻辑回归识别snp相互作用”,《生物统计学》,第9期,第187-198页·Zbl 1274.62872号 [40] Sen,S.和G.A.Churchill(2001):“数量性状映射的统计框架”,《遗传学》,159,371-387。; [41] Xu,S.和W.R.Atchley(1996):“利用杂交系绘制复杂二元疾病的数量性状位点”,《遗传学》,1431417-1424。; [42] Yandell,B.S.,T.Mehta,S.Banerjee,R.M.J.Y.Shriner,D.Venkataraman,W.W.Neely,H.Wu,R.von Smith和N.Yi(2007):“实验杂交中贝叶斯区间映射的Qtl”,生物信息学,23,641-643。; [43] Yi,N.和S.Xu(2000):“复杂二元性状数量性状位点的贝叶斯映射”,《遗传学》,1551391-1403。; [44] 曾振斌(1994):“数量性状位点的精确定位”,《遗传学》,1361457-1468。; [45] Zhang,M.,K.L.Montooth,M.T.Wells,A.G.Clark和D.Zhang(2005):“通过贝叶斯分类绘制多个数量性状位点”,遗传学,169,2305-2318,URL。; 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。