斯蒂芬·威尔森。 从叶子之间的距离独特地重建树状系统发育网络。 （英语） Zbl 1296.92175号 牛市。数学。生物。 68，第4期，919-944（2006）. 摘要：在本文中，定义了一类有根非循环有向图（称为TOM-networks），它推广了有根树并允许包含杂交事件的模型。有人认为，这些定义属性在生物学上是合理的。每个TOM网络在每对顶点之间定义了一个距离。对于TOM-网络（N），假设由叶和根组成的集（X）已知，以及成员之间的距离。证明了由该信息唯一确定的（N）可以在多项式时间内重建。因此，给定叶片和根的精确距离信息，只要是TOM网络，系统发育网络就可以唯一地恢复。可以使用外群来代替真正的根。 引用于5文件 MSC公司： 92D10型 遗传学和表观遗传学 92D15型 与进化有关的问题 关键词：系统发育；网络；系统发育网络 软件：fastDNAml（快速DNAml）；拆分树 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.J.Willson}，公牛。数学。生物学68，第4期，919--944（2006；Zbl 1296.92175） 全文： 内政部 参考文献： [1] Bandelt，H.-J.，Dress，A.，1986年。根据观测到的不同数据重建树的形状。高级申请。数学。7, 309–343. ·Zbl 0613.62083号 ·doi:10.1016/0196-8858（86）90038-2 [2] Bandelt，H.-J.，Dress，A.，1992年。分裂分解：一种新的有用的距离数据系统发育分析方法。分子系统学。进化。1, 242–252. ·doi:10.1016/1055-7903（92）90021-8 [3] Baroni，M.、Semple，C.、Steel，M.，2004年。代表网状进化的框架。分析。Combinat公司。8391–408之间·兹比尔1059.05034 ·doi:10.1007/s00026-004-0228-0 [4] Felsenstein，J.，1981年。DNA序列进化树：最大似然法。《分子进化杂志》。17, 368–376. ·doi:10.1007/BF01734359 [5] Felsenstein，J.，2004年。推断系统发育。马萨诸塞州桑德兰西诺尔。 [6] 惠誉，W.M.，1981年。构建树和层次分类的非顺序方法。《分子进化杂志》。18, 30–37. ·doi:10.1007/BF01733209 [7] 丹·古斯菲尔德，古斯菲尔德博士，1991年。用于推断进化历史的高效算法。网络21、19–28·Zbl 0719.92015号 ·doi:10.1002/net.3230210104 [8] Gusfield，D.，Eddhu，S.，Langley，C.，2004a。利用约束重组优化、高效地重建系统发育网络。J.生物信息。计算。生物学2，173-213·Zbl 1402.92313号 ·doi:10.1142/S0219720004000521 [9] 丹·古斯菲尔德（Dan Gusfield）、萨蒂什·埃德胡（Satish Eddhu）和查尔斯·兰利（Charles Langley），古斯菲尔德，D.，埃德胡，S.，兰利，C.，2004b。虫瘿在系统发育网络中的精细结构。信息J.计算。16(4), 459–469. ·Zbl 1402.92313号 ·doi:10.1287/ijoc.1040.0099 [10] 长谷川，M.，Kishino，H.，Yano，K.，1985年。线粒体DNA分子钟测定人类分裂的年代。《分子进化杂志》。22, 160–174. ·doi:10.1007/BF02101694 [11] Hein，J.，1990年。使用简约性重建重组序列的进化。数学。Biosci公司。98, 185–200. ·兹伯利0692.92014 ·doi:10.1016/0025-5564（90）90123-G [12] Hein，J.，1993年。重建重组序列历史的启发式方法。《分子进化杂志》。36, 396–405. ·doi:10.1007/BF00182187 [13] Huson，D.H.，1998年。SplitsTree：用于分析和可视化进化数据的程序。生物信息学141，68–73·doi:10.1093/bioinformatics/14.1.68 [14] Jukes，T.H.，Cantor，C.R.，1969年。蛋白质分子的进化。收录：Osawa，S.，Honjo，T.（编辑），《生命的进化：化石、分子和文化》。Springer-Verlag，东京，第79-95页。 [15] Kimura，M.，1980年。通过核苷酸序列的比较研究估算碱基替换进化速率的简单方法。《分子进化杂志》。16, 111–120. ·doi:10.1007/BF01731581 [16] Li，W.-H.，1981年。一种从距离矩阵构造系统发育树的简单方法。程序。国家。阿卡德。科学。美国78、1085–1089·Zbl 0444.92005号 ·doi:10.1073/pnas.78.2.1085 [17] 弗拉达米尔·马卡伦科夫（Vladamir Makarenkov）和皮埃尔·勒让德（Pierre Legendre）。Makarenkov，V.，Legendre，P.，2004年。从系统发育树到网状网络。生物学11，195–212·Zbl 1184.62110号 ·doi:10.1089/106652704773416966 [18] Moret，B.M.E.，Nakhleh，L.，Warnow，T.，Linder，C.R.，Tholse，A.，Padolina，A.，Sun，J.，Timme，R.，2004年。系统发育网络：建模、重建和准确性。IEEE/ACM传输。计算。生物信息。1, 13–23. ·Zbl 05103325号 ·doi:10.1109/TCBB.2004.10 [19] Nakhleh，L.、Warnow，T.、Randal Linder，C.，2004年。重建物种的网状进化——理论与实践。摘自：Bourne，P.E.，Gusfield，D.（Eds.），《第八届国际计算分子生物学年会论文集》（RECOMB'04），2004年3月27日至31日，加利福尼亚州圣地亚哥，美国计算机学会，纽约，第337-346页。 [20] Saitou，N.，Nei，M.，1987年。邻居连接法：一种重建系统发育树的新方法。分子生物学。进化。4406-425之间。 [21] Sattath，S.，Tversky，A.，1977年。相加相似树。《心理测量学》42、319–345·doi:10.1007/BF02293654 [22] 王路生、张开忠和张楼欣。2001.Wang，L.，Zhang，K.，Zhang-L.，2001年。具有重组的完美系统发育网络。J.计算。生物学8，69–78。 [23] Willson，S.J.，2006年。特定混合网络距离的唯一可解性。安。科姆拜特·Zbl 1089.92037号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。