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细菌基因组学和计算群论:GAP的BioGAP包。 (英语) Zbl 1402.92296号

Hong,Hoon(编辑)等人,《数学软件——ICMS 2014》。第四届国际会议,韩国首尔,2014年8月5日至9日。诉讼程序。柏林:施普林格出版社(ISBN 978-3-662-44198-5/pbk)。计算机科学课堂讲稿8592,67-74(2014)。
摘要:细菌基因组可以被建模为保守区域的排列。这些区域是通过序列比对为一组细菌基因组确定的核苷酸序列,并假定通过潜在过程(无论是通过偶然还是选择)得以保存。一旦基因组和排列之间建立了对应关系,确定基因组之间进化距离的问题(为了构建系统发育树)就可以通过使用群理论工具来解决。在这里,我们回顾了计算群论中产生的一些问题,并描述了在GAP中实现的用于基因组重排计算的计算机代数包BioGAP。
关于整个系列,请参见[Zbl 1293.65003号].

MSC公司:

92D10型 遗传学和表观遗传学
20-04 群论相关问题的软件、源代码等
68瓦30 符号计算和代数计算
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全文: 内政部