内森·斯文森。 R.的功能和系统发育生态学。 （英语） Zbl 1300.92008年 使用R！纽约州纽约市：施普林格出版社（ISBN 978-1-4614-9541-3/pbk；978-1-461/9542-0/电子书）。xii，212页。(2014). 这本书由九个相互关联的章节组成，涵盖了从处理R中的系统发育数据，到量化和理解系统发育和功能多样性，划分群落多样性的环境和空间组成部分，以及将R与其他系统发育和功能性状分析软件相集成等各个方面。第一章解释了为什么系统发育学和功能性状应该用于生态学，以及为什么R是进行这类研究的良好环境；它以“如何使用这本书”一节结束。第二章着重于R中系统发育数据的管理。作者从{猿}用于构建和绘制系统发育树的库。还讨论了操作树和计算附加信息的一些过程。第三章论述了系统发育多样性。从该主题的背景概念开始，它利用公开的数据集讨论基于树的度量、Faith指数和进化遗产度量。它继续对基于距离的系统发育多样性度量进行扩展讨论，重点是成对度量和最近邻度量。本章以一组用于比较度量的方法结束，其中包括所讨论的数据集上的R命令和图形输出。第四章讨论了功能多样性，重点是利用峰度、偏度、均值和标准差等特征分布的矩量化群落的功能组成。接下来，为了测量功能多样性，使用生成的特征距离矩阵和树形图比较了基于树形图和基于欧几里德距离的方法。系统发育多样性是使用两两和最近邻测度或范围和凸包计算的。本章最后对功能多样性指标进行了比较。第五章侧重于系统发育和功能性β多样性，使用基于树的方法进行描述，如UniFrac或系统发育Soreson指数。基于距离的度量的讨论包括成对度量和最近邻度量。作者还介绍了其他指标，如Rao指数，并对提出的方法进行了比较。第六章讨论了零模型在多样性分析中的应用。在一系列支持使用零模型进行系统发育和功能分析的论据之后，作者提出了计算标准化效应大小、分位数和p值的理论方面。接下来，给出了空模型的类，并讨论了这些模型的约束和无约束随机化的使用。作者还包括功能特性数据以及α和β多样性的随机化方法。第七章介绍了系统发育信号量化的比较方法，包括基于独立约束的性状相关性、广义最小二乘、特征向量回归和检验，如Mantel检验、Blomberg’s（K）和显著性检验、Pagel’s（lambda）和标准化对比方差，非标准对比方法和随机试验。本章以特质差异的时间和数量量化概念结束。第八章解释了划分群落多样性的系统发育、功能、环境和空间组成部分的方法。首先，作者描述了功能α多样性的划分，使用多元回归和距离矩阵或相邻矩阵的主坐标和正向选择。接下来，介绍了方差分割，并给出了贝塔多样性的类似方法。本章以一个非生物过滤作用的例子结束。在第九章中，作者回顾了可与R.Phylocom集成的其他系统发育和功能性状分析软件，并给出了前几章中介绍的概念的详细示例并进行了讨论。每一章都是以讲座式的增量方式构建的，并不假设之前对R有广泛的了解。所有章节都以一系列练习结束，这些练习巩固了所提出的概念。这种方法使本书适合本科生和研究生以及对该领域感兴趣的研究人员。它的结构和附有练习的详细示例使它成为科学界的一个及时补充。审核人：Irina Ioana Mohorianu（诺维奇） MSC公司： 92-02 与生物学有关的研究博览会（专著、调查文章） 92D15型 与进化有关的问题 关键词：系统发育分析；系统发育树；系统发育多样性；模拟；基于树的度量；基于距离的测量；功能多样性；α多样性；β多样性；特征树状图；随机化；空模型；性状相关性；特质差异；多样性分量的划分；R、 生态信息学工具；Phylcom公司 软件：阿宾德；几何学；生态学者；国家实验室；梅斯基特；二分的；SDM工具；GEIGER公司；GUniFrac公司；植物醇；藻糖酶；日晷；猿；皮坎特；素食主义者；财务总监；f基础知识；阿德4；R（右）；过敏症 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{N.G.Swenson}，纽约州R.New York的功能和系统发育生态学：Springer（2014；Zbl 1300.92008） 全文： 内政部