埃齐奥·巴托西;弗拉维奥·科拉迪尼;迪·贝拉迪尼、玛丽亚·丽塔;埃米利亚·恩切娃;拉杜·格罗苏;斯科特·斯莫尔卡。 用于对可兴奋组织建模的混合I/O自动机的空间网络。 (英语) Zbl 1279.68246号 尼古拉·卡纳塔(编辑)等人,第一次研讨会《从生物学到并发性再到并发性(FBTC 2007)》会议记录,葡萄牙里斯本,2007年9月8日。阿姆斯特丹:爱思唯尔。《理论计算机科学电子笔记》194,第3期,51-67(2008)。 摘要:我们提出了一种新的生物框架,混合输入/输出自动机空间网络(SNHIOA),用于兴奋性细胞组织的高效建模和仿真。在这个框架内,我们将可兴奋组织视为根据2D空间晶格布置的相互作用细胞网络,单个细胞的电气行为建模为混合输入/输出自动机。为了捕捉自动机之间的通信强度取决于它们在格中的相对位置的现象,我们引入了一个新的加权并行复合算子来指定一个自动机对另一个自变量的影响。{}SNHIOA模型的目的是有效捕捉二维可激发介质中波传播的时空行为。为了验证这一说法,我们展示了如何使用SNHIOA来建模和捕获二维各向同性心脏组织中波传播的不同时空行为,包括正常平面波传播、螺旋生成、螺旋分裂为更复杂(可能致命)的时空模式,通过除颤将组织恢复到静止状态。关于整个系列,请参见[Zbl 1276.68011号]. 引用于2文件 MSC公司: 68问题85 并发和分布式计算的模型和方法(进程代数、互模拟、转换网等) 65年第68季度 形式语言和自动机 92立方厘米 系统生物学、网络 关键词:计算系统生物学;混合I/O自动机的空间网络;可兴奋细胞;可兴奋组织 软件:日/日;查龙;CellExcite公司;高超声速 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{E.Bartocci}等人,电子。注释Theor。计算。科学。194,第3号,51-67(2008;Zbl 1279.68246) 全文: 内政部 参考文献: [1] 阿鲁尔(Alur,R.)。;格罗苏,R。;Hur,Y。;库马尔,V。;Lee,I.,《charon混合系统的模块化规范》(hybrid systems:Computation and Control,Third International Workshop),混合系统:计算与控制,第三国际研讨会,LNCS,1790(2001),6-19·Zbl 0992.93040号 [2] Amonlirdviman,K.、R.Ghosh、J.Axelrod和C.Tomlin,平面电池极性建模和分析的混合系统方法国际系统生物学会议记录;Amonlirdviman,K.、R.Ghosh、J.Axelrod和C.Tomlin,平面电池极性建模和分析的混合系统方法国际系统生物学会议记录 [3] 安东尼奥蒂,M。;米什拉,B。;C.广场。;Policriti,A。;Simeoni,M.,《用混合自动机建模细胞行为:相互模拟和崩溃》,(系统生物学中的计算方法,第一届国际研讨会,论文集。系统生物学的计算方法。第一届国际会议,论文集,CMSB 2003,意大利罗维雷托,2003年2月24-26日。系统生物学中的计算方法,第一届国际研讨会,论文集。系统生物学中的计算方法,第一届国际研讨会,会议记录,CMSB 2003,Rovereto,意大利,2003年2月24-26日,LNCS,2602(2003)),57-74·Zbl 1112.92300号 [4] Asarin、E.、T.Dang和O.Maler,用于混合系统验证的d/dt工具CAV汽车;Asarin、E.、T.Dang和O.Maler,用于混合系统验证的d/dt工具CAV汽车·Zbl 1010.68796号 [5] Barkley,D.,《可激发介质中波的快速计算机模拟模型》,Physica D,49,61-70(1991) [6] Barkley,D。;膝盖,M。;Tuckerman,L.,可激发介质简单模型中的螺旋波动力学——从简单旋转到复合旋转的转变,《物理评论》a,42,2489-2492(1990) [7] Bartocci,E.、F.Corradini、E.Entcheva、R.Grosu和S.A.Smolka,Cellexit:一种模拟硅内可兴奋细胞的工具;Bartocci,E.、F.Corradini、E.Entcheva、R.Grosu和S.A.Smolka,Cellexcite:一种模拟硅内可兴奋细胞的工具 [8] Bub,G。;格拉斯,L。;Publicover,N.G.公司。;Shrier,A.,《培养心肌细胞单层中的钙转子爆裂》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,9510283-10287(1998) [9] Bub,G。;Shrier,A.,简单可激发介质模型中异质衬底的传播,混沌,12747-753(2002) [10] Deshpande,A。;Godbole,D。;A.戈尔鲁。;Varaiya,P.,自动化公路系统工具的设计和评估,(混合系统III:验证和控制。混合系统III,验证和控制,LNCS,1066(1996)),138-148 [11] Di Francesco,D。;Noble,D.,包含离子泵和浓度变化的心脏电活动模型,Philos。事务处理。R.Soc.伦敦。生物科学B。,307, 353-398 (1985) [12] 格哈特,M。;舒斯特,H。;Tyson,J.J.,《含曲率和色散的可激发介质的细胞自动化模型》,《科学》,2471563-1566(1990)·Zbl 1226.37004号 [13] Ghosh,R.、A.Tiwari和C.Tomlin,自动符号可达性分析;delta-notch信令自动机的应用混合系统:计算与控制,第六届国际研讨会,HSCC 2003布拉格,捷克共和国,2003年4月3-5日,会议记录;Ghosh,R.、A.Tiwari和C.Tomlin,自动符号可达性分析;delta-notch信令自动机的应用混合系统:计算与控制,第六届国际研讨会,HSCC 2003布拉格,捷克共和国,2003年4月3-5日,会议记录·Zbl 1032.92500号 [14] Grosu,R.、S.Mitra、P.Ye、E.Entcheva、I.V.Ramakrishnan和S.A.Smolka,可兴奋细胞的学习循环-线性混合自动机高速列车控制中心;Grosu,R.、S.Mitra、P.Ye、E.Entcheva、I.V.Ramakrishnan和S.A.Smolka,可兴奋细胞的学习循环-线性混合自动机高速列车控制中心·Zbl 1221.93019号 [15] Henzinger,T.、P.Ho和W.Howard,高科技:混合系统的模型检查器CAV汽车;Henzinger,T.、P.Ho和W.Howard,高科技:混合系统的模型检查器CAV汽车·兹比尔1060.68603 [16] 亨辛格,T.A。,混合自动机理论第11届IEEE计算机科学逻辑研讨会论文集;T.A.亨廷格。,混合自动机理论第11届IEEE计算机科学逻辑研讨会论文集 [17] 霍奇金,A.L。;Huxley,A.F.,《膜电流的定量描述及其在神经传导和兴奋中的应用》,《生理学杂志》。,117, 500-544 (1952) [18] Karma,A.,心脏颤动药物治疗的新范式,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,97,5687-5689(2000) [19] Kitano,H.,《计算系统生物学》,《自然》,420206-210(2003) [20] Lividas,C.、J.Lygeros和N.A.Lynch,tcas的高级建模和分析IEEE实时系统研讨会;Lividas,C.、J.Lygeros和N.A.Lynch,tcas的高级建模和分析IEEE实时系统研讨会 [21] 罗,C.H。;Rudy,Y.,《心室动作电位的动态模型》。i.离子电流和浓度变化的模拟,Circ。研究,741071-1096(1994) [22] 林奇,N。;塞加拉,R。;V.F.W.,混合输入/输出自动机,信息与计算,185,105-157(2003)·Zbl 1069.68067号 [23] Ye,P.,E.Entcheva,R.Grosu和S.A.Smolka,基于混合自动机的可兴奋细胞高效建模;Ye,P.,E.Entcheva,R.Grosu和S.A.Smolka,基于混合自动机的可兴奋细胞高效建模 [24] Ye,P.,E.Entcheva,R.Grosu和S.A.Smolka,基于混合自动机的可兴奋细胞高效建模过程中。CMSB'05,系统生物学研讨会计算方法,英国爱丁堡;Ye,P.,E.Entcheva,R.Grosu和S.A.Smolka,基于混合自动机的可兴奋细胞高效建模过程中。CMSB'05,系统生物学研讨会计算方法,英国爱丁堡 [25] Ye,P。;Entcheva,E。;没错,M。;格罗苏,R。;Smolka,S.A.,动作电位建模的循环线性方法,(EMBC06,IEEE国际医学和生物工程会议(2006),IEEE:IEEE纽约市,NY) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。