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通过组合病例对照全基因组关联研究的(p\)值进行关联测试。 (英语) 兹比尔1277.62264

摘要:为了在病例对照全基因组关联研究(GWAS)中检测与常见疾病相关的单核苷酸多态性(SNPs),需要强大而稳健的测试。目前该领域可用的稳健方法主要基于一些特定遗传模型的最优趋势测试,如隐性、加性、乘法和显性模型。我们通过将SNP数据的2乘3列联表进行划分,并结合得到的(p)-值,提出了一类稳健的关联测试。通过仿真研究和对实际数据的应用,我们表明所提出的测试是强大和稳健的。它们为GWAS提供了替代关联测试。

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62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
62H17型 应急表

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参考文献:

[1] Armitage,P.,《比例和频率线性趋势测试》,《生物计量学》,第11、3、375-386页(1955年)
[2] Balding,D.J.,《人口关联研究统计方法教程》,《自然评论遗传学》,7,10,781-791(2006)
[3] P.R.伯顿。;克莱顿,D.G。;Cardon,L.R。;克拉多克,N。;Deloukas,P。;邓坎森,A。;Kwiatkowski,D.P。;M.I.麦卡锡。;Ouwehand,W.H。;Samani,N.J.,《四种疾病中14500个非同义SNP的联合扫描识别自身免疫变体》,《自然遗传学》,39,11,1329-1337(2007)
[4] Chen,Z.,一种用于病例对照GWA研究的基于齐方分割的新关联检验,遗传流行病学,35,7,658-663(2011)
[5] Chen,Z.,加权(Z)检验是组合独立检验概率的最佳方法吗?,进化生物学杂志,24,4,926-930(2011)
[6] 陈,Z。;黄,H。;Ng,H.K.T.,《无对照的多疾病全基因组关联研究的设计与分析》,Gene,510,1,87-92(2012)
[7] 陈,Z。;黄,H。;Ng,H.K.T.,《病例对照全基因组关联研究与共享对照的关联性测试》,《医学研究中的统计方法》(2013年),2013年2月1日在线出版
[8] 陈,Z。;Liu,Q.,在全基因组关联研究中解释单核苷酸多态性相关性的新方法,《人类遗传》,72,1,1-9(2011)
[9] 陈,Z。;刘,Q。;Nadarajah,S.,检测病例对照Illumina阵列甲基化数据差异甲基化位点的新统计方法,生物信息学,28,8,1109-1113(2012)
[10] 陈,Z。;Ng,H.K.T.,全基因组关联研究中检测关联的稳健方法,人类遗传,73,1,26-34(2012)
[11] Cheverud,J.M.,区间映射基因组扫描中多重比较的简单校正,遗传,87,1,52-58(2001)
[12] Cochran,W.G.,《加强普通检验的一些方法》,生物计量学,10,44117-451(1954)·Zbl 0059.12803号
[13] Esary,J.D。;普罗尚,F。;Walkup,D.W.,随机变量的关联及其应用,《数理统计年鉴》,38,5,1466-1474(1967)·Zbl 0183.21502号
[14] Fisher,R.A.,《研究工作者的统计方法》(1932年),《奥利弗与博伊德:奥利弗和博伊德·爱丁堡》·JFM 58.1161.04标准
[15] 弗莱德林,B。;Podgor,M.J。;Gastwirth,J.L.,生存率或有序分类数据的效率稳健测试,生物统计学,55,3,883-886(1999)·Zbl 1059.62604号
[16] 弗莱德林,B。;郑庚。;Li,Z。;Gastwirth,J.L.,《遗传标记病例对照研究的趋势检验:功效、样本量和稳健性》,《人类遗传》,53,3,146-152(2002)
[17] 高,X。;贝克尔,L.C。;贝克尔,D.M。;斯塔默,J.D。;Province,M.A.,在全基因组关联研究中避免高Bonferroni惩罚,遗传流行病学,34,1,100-105(2009)
[18] Gastwirth,J.L.,《稳健程序》,《美国统计协会杂志》,61316929-948(1966)·Zbl 0144.19004号
[19] Gastwirth,J.L.,《在结合列联表和生存分析中使用最大有效稳健检验》,《美国统计协会杂志》,80,390,380-384(1985)·Zbl 0573.62042号
[20] González,J.R。;Carrasco,J.L。;Dudbridge,F。;Armengol,L。;Estivill,X。;Moreno,V.,最大化遗传模型的关联统计,遗传流行病学,32,3,246-254(2008)
[21] Joo,J。;Kwak,M。;Zheng,G.,通过减少替代空间提高病例对照研究中检测遗传关联的能力,《生物统计学》,66,1,266-276(2010)·Zbl 1187.62172号
[22] Kwak,M。;Joo,J。;Zheng,G.,全基因组关联研究中两阶段设计的稳健检验,生物统计学,65,4,1288-1295(2009)·兹比尔1180.62173
[23] 李,J。;Ji,L.,使用相关矩阵的特征值调整多焦点分析中的多重检验,遗传,95,3221-227(2005)
[24] Owen,A.B.,Karl Pearsons荟萃分析再访,《统计年鉴》,37,6B,3867-3892(2009)·Zbl 1191.62023号
[25] Sasieni,P.D.,《从基因型到基因:样本量加倍》,《生物统计学》,531253-1261(1997)·Zbl 0931.62099号
[26] Slager,S.L。;Schaid,D.J.,遗传标记的病例对照研究:Armitages趋势检验的功率和样本大小近似值,人类遗传,52,3,149-153(2001)
[27] Song,K。;Elston,R.C.,《病例对照研究中结合关联测量和Hardy-Weinberg不平衡进行精细绘制的有力方法》,《医学统计学》,25,1,105-126(2005)
[28] 王凯。;Sheffield,V.C.,《标记-性状关联研究的约束-似然方法》,《美国人类遗传学杂志》,77,5,768-780(2005)
[29] 臧,Y。;Fung,W.K。;Zheng,G.,《计算病例对照遗传关联研究中稳健检验的渐近零分布的简单算法》,R,《统计软件杂志》,33,8(2010)
[30] 郑庚。;弗莱德林,B。;Gastwirth,J.L.,《使用病例对照研究对基因关联进行稳健测试的比较》,IMS演讲稿-专题系列,49,253-265(2006)·Zbl 1268.62145号
[31] 郑庚。;弗莱德林,B。;Li,Z。;Gastwirth,J.L.,《候选基因关联性病例对照研究趋势测试的分数选择》,《生物医学杂志》,45,3,335-348(2003)·Zbl 1441.62553号
[32] 郑庚。;Ng,H.K.T.,病例对照关联研究两阶段分析中的遗传模型选择,生物统计学,9,3,391-399(2008)·Zbl 1143.62088号
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