罗伯特·C·哈里斯。;特拉维斯·麦考伊;Marcia O·芬利。 广义Born模型的随机求解器。 (英语) Zbl 1278.82072号 基于摩尔的数学。生物。 1, 63-74 (2013). 小结:提出了一种随机广义玻恩(GB)解算器,它可以任意预测与精确有效GB半径相近的能量,并且与解析GB解算器不同,这些误差是高斯的,可以很容易地从算法中获得估计值。通过计算一组DNA药物复合物、一组蛋白质药物复合物,一组蛋白质-蛋白质复合物和一组RNA-肽复合物的静电溶剂化能(Delta G{text{solv}})和静电结合能(Delta-G{text{bind}}。它对\(\Delta G_{\text{solv}})的预测与线性泊松-玻尔兹曼方程的预测一致,但它对\(\Delta G_{\text{bind}})的预测并不好,尽管这些对\(\Delta G_{\text{bind}})的预测可能略好于传统的分析GB解算器。显然,在获得(Delta G_{text{bind}})的准确估计之前,必须改进GB模型本身。 MSC公司: 82D60型 聚合物统计力学 92D20型 蛋白质序列,DNA序列 78A30型 静电和磁力静力学 20年第35季度 玻尔兹曼方程 关键词:广义玻恩;泊松-玻尔兹曼;静电学;随机的;溶剂化;结合;隐式溶剂模型 软件:产品开发B2PQR;APBS公司;查姆 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{R.C.Harris}等人,基于分子的数学。生物学1,63--74(2013;Zbl 1278.82072) 全文: 内政部 参考文献: [1] N.A.Baker、D.Sept、S.Joseph、M.J.Holst和J.A.McCammon,《纳米系统静电:微管和核糖体的应用》。程序。国家。阿卡德。科学。美国98(2001),10037-10041。 [2] D.Bashford和D.A.Case,高分子溶剂化效应的广义Born模型。物理年鉴。化学。51(2000),第129-152页·doi:10.1146/annurev.physchem.51.1.129 [3] I.Beá、M.G.Gotsev、P.M.Ivanov、C.Jaime和P.A.Kollman,《环糊精二聚体中的螯合作用:计算(MD、MM/PBSA和MM/GBSA)研究》,组织化学杂志。71(2006), 2056-2063. [4] H.M.Berman、T.N.Bhat、P.E.Bourne、Z.Feng、G.Gilliland、H.Weissig和J.Westbrook,蛋白质数据库和结构基因组学的挑战。自然结构。分子生物学。7(2000), 957-959. ·数字对象标识代码:10.1038/80734 [5] A.H.Boschitsch和M.O.Fenley,基于自适应笛卡尔网格的快速鲁棒泊松-玻尔兹曼解算器。化学杂志。理论计算。7(2011), 1524-1540. ·doi:10.1021/ct1006983 [6] M.Bossy、N.Champagnat、S.Maire和D.Talay,分子动力学中Poisson-Boltzmann方程的概率解释和球体随机行走算法。ESAIM,数学。模型。数字。分析。44(2010), 997-1048. ·Zbl 1204.82020年 ·doi:10.1051/m2(2010年5月) [7] B.R.布鲁克斯,C.L.布鲁克斯三世,A.D.Mackerell Jr.,L.Nilsson,R.J.Petrella,B.Roux,Y.Won,G.Archontis,C.Bartels,S.Boresch,A.Caflisch,L.Caves,Q.Cui,A.R.Dinner,M.Feig,S.Fischer,J.Gao,M.Hodoscek,W.Im,K.Kuczera,T.Lazaridis,J.Ma,V.Ovchinnikov,E.Paci,R.W.Pastor,C.B.Post,J.Z.Pu,M.Schaefer,B.Tidor,R。M.Venable、H.L.Woodcock、X.Wu、W.Yang、D.M.York和M.Karplus、CHARMM:生物分子模拟程序。J.计算。化学。30(2009), 1545-1614. [8] 蔡启超,王建平,赵洪凯,罗瑞敏,关于消除泊松-玻尔兹曼方程中的电荷奇异性。化学杂志。物理学。130(2009), 145101. ·数字对象标识代码:10.1063/1.3099708 [9] M.L.Connolly,蛋白质和核酸的溶剂可及表面。科学。221(1983), 709. [10] W.D.Cornell、P.Cieplak、C.I.Bayly、I.R.Gould、K.M.Merz、D.M.Ferguson、D.C.Spellmeyer、T.Fox、J.W.Caldwell和P.A.Kollman,用于模拟蛋白质、核酸和有机分子的第二代力场。美国化学杂志。Soc.117(1995),5179-5197·doi:10.1021/ja00124a002 [11] T.J.Dolinsky、P.Czodrowski、H.Li、J.E.Nielsen、J.H.Jensen、G.Klebe和N.A.Baker,Pdb2pqr:为分子模拟扩展和升级生物分子结构的自动化制备。编号。《酸类研究》35(2007),W522-W525。 [12] T.J.Dolinsky、J.E.Nielsen、J.A.McCammon和N.A.Baker,Pdb2pqr:设置泊松-玻耳兹曼静电计算的自动管道。编号。《酸类研究》32(2004),W665。 [13] M.O.Fenley、M.Mascagni、J.McClain、A.R.J.Silalahi和N.A.Simonov,使用相关蒙特卡罗采样在广泛的盐浓度范围内有效求解线性化的Poisson-Boltzmann方程。化学杂志。理论计算。6(2009), 300-314. [14] F.Fogolari、P.Zuccato、G.Esposito和P.Viglino,《线性化泊松-玻尔兹曼方程的生物分子静电学》。生物物理学。J.76(1999),第1-16页。 [15] W.Geng、S.Yu和G.Wei,隐式溶剂模型中电荷奇异性的处理。化学杂志。物理学。127(2007), 114106. ·数字对象标识代码:10.1063/1.2768064 [16] S.Genheden和U.Ryde,如何获得统计收敛的MM/GBSA结果。J.计算。化学。31(2010), 837-846. [17] J.M.Hayes、V.T.Skamnaki、G.Archontis、C.Lamprakis、J.Sarrou、N.Bischler、A.-L.Skaltsounis、S.E.Zographos和N.G.Oikonamakos,《电子对接动力学、分子动力学和原型靛玉红MM-GBSA结合研究》,KT5720,和staurosporine作为磷酸化酶激酶ATP结合位点抑制剂:水分子的作用。蛋白质:结构。功能。生物信息学。79(2011), 703-719. [18] T.Hou、J.Wang、Y.Li和W.Wang,评估MM/PBSA和MM/GBSA方法的性能。1.基于分子动力学模拟的结合自由能计算的准确性。化学杂志。信息模型。51(2011), 69-82. [19] W.Im、M.Feig和C.L.Brooks III,用于研究膜蛋白结构、稳定性和相互作用的隐式膜广义Born理论。生物物理学。J.85(2003),2900-2918·doi:10.1016/S0006-3495(03)74712-2 [20] W.Im、M.S.Lee和C.L.Brooks III,具有简单平滑函数的广义Born模型。J.计算。化学。24(2003), 1691-1702. [21] J.D.Jackson,《经典电动力学》,第三版,威利出版社,纽约,1998年。 [22] M.S.Lee、M.Feig、F.R.Salsbury和C.L.Brooks III,标准分子体积定义的新解析近似及其在广义Born计算中的应用。J.计算。化学。24(2003), 1348-1356. [23] M.S.Lee、F.R.Salsbury和C.L.Brooks III,《新型广义Born方法》。化学杂志。物理学。116(2002), 10606. ·数字对象标识代码:10.1063/1.1480013 [24] 刘海英和邹晓霞,配体结合的静电:广义玻恩模型的参数化以及与泊松-玻尔兹曼方法的比较。《物理学杂志》。化学。B 110(2006),9304-9313。 [25] B.Z.Lu、Y.C.Zhou、M.J.Holst和J.A.McCammon。生物物理应用中泊松-玻尔兹曼方程数值方法的最新进展。Commun公司。计算。物理学。3(2008), 973-1009. ·Zbl 1186.92005号 [26] T.Mackoy、R.C.Harris、J.Johnson、M.Mascagni和M.O.Fenley,线性Poisson-Boltzmann方程步行球解算器的数值优化。Commun公司。计算。物理学。13(2013) 195-206. [27] M.Mascagni和N.A.Simonov,计算大分子某些物理性质的蒙特卡罗方法。SIAM J.科学。计算。26(2005), 339. ·Zbl 1075.65003号 ·doi:10.1137/S1064827503422221 [28] C.J.Nüñez-Agüero、C.-M.Escobar-Llanos、D.Díaz、C.Jaime和R.Garduño-Juárez,β-环糊精包合物中布洛芬异构体的手性识别:实验(NMR)和理论(MD、MM/GBSA)研究。四面体。62(2006), 4162-4172. ·doi:10.1016/j.tet.2006.02.010 [29] A.Onufriev、D.Bashford和D.A.Case,修改适用于大分子的广义Born模型。《物理学杂志》。化学。B 104(2000),3712-3720。 [30] A.Onufriev,D.A.Case和D.Bashford,《广义玻恩近似中的有效玻恩半径:完美的重要性》。J.计算。化学。23(2002), 1297-1304. [31] X.Pang和H.-X.Zhou,泊松-玻尔兹曼计算:范德瓦尔斯还是分子表面?Commun公司。计算。物理学。13(2013), 1-12. [32] 秦世贤和周海霞,静电相互作用是否会破坏蛋白质与核酸的结合?生物聚合物。86(2007年),第112-118页·doi:10.1002/bip.20708 [33] G.Rastelli、A.Del Rio、G.Degliesposti和M.Sgobba,使用MM-PBSA和MM-GBSA快速准确预测结合自由能。计算机杂志。化学。31(2010), 797-810. [34] A.Rasulov、A.Karaivanova和M.Mascagni,分支随机游动中的准随机序列。蒙特卡罗方法应用。10(2004), 551-558. ·Zbl 1060.65506号 ·doi:10.1515/mcma.2004.10.3-4.551 [35] N.A.Simonov,Monte Carlo方法,用于求解边界条件包含法向导数的椭圆方程。Doklady数学。74(2006), 656-659. ·Zbl 1152.35028号 ·doi:10.1134/S1064562406050115 [36] N.A.Simonov、M.Mascagni和M.O.Fenley,基于蒙特卡罗的线性泊松-玻尔兹曼方法使准确的盐依赖溶剂化自由能预测成为可能。化学杂志。物理学。127(2007), 185105. ·doi:10.1063/12.803189 [37] J.Srinivasan、M.W.Trevathan、P.Beroza和D.A.Case,《两两广义Born模型在蛋白质和核酸中的应用:包含盐效应》。西奥。化学。Acc.101(1999),426-434·doi:10.1007/s002140050460 [38] W.C.Still、A.Tempczyk、R.C.Hawley和T.Hendrickson,分子力学和动力学溶剂化的半分析处理。美国化学杂志。Soc.112(1990),6127-6129·doi:10.1021/ja00172a038 [39] L.Y.Zhang、E.Gallicchio、R.A.Friesner和R.M.Levy,蛋白质-甘氨酸结合的溶剂模型:隐式溶剂泊松模型和表面广义Born模型与显式溶剂模拟的比较。J.计算。化学。22(2001), 591-607. [40] V.Zoete,M.B.Irving和O.Michielin,MM-GBSA结合自由能分解和T细胞受体工程。分子识别杂志。23(2010), 142-152. ·doi:10.1002/jmr.1005 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。