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B.麦克洛斯基。；Tanksley，南达科他州。

优化遗传学实验设计。 （英语） Zbl 1267.90078号

J.优化。理论应用。 157，第2期，520-532（2013）.
摘要：生命科学（即医疗保健和农业）的研究人员通常使用启发式方法来处理和解释大量可用的DNA序列数据。离散优化技术的应用，如混合整数规划（MIP），在很大程度上尚未探索，并有潜力改变这一领域。本文报道了MIP在实际遗传学应用中优化实验设计的成功应用。更普遍地说，我们的结果说明了使用MIP解决遗传学中的子集选择问题的潜在好处。

MSC公司：

90立方厘米 混合整数编程
90 C90 数学规划的应用

关键词：

混合整数编程；实验设计；基因组学；型号规格错误

软件：

alr3；FPPG公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{B.McClosky}和\textit{S.D.Tanksley}，J.Optim。理论应用。157，第2号，520--532（2013；Zbl 1267.90078）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Ansari-Mahyari，S.，Berg，P.，Lund，M.：基于连锁和连锁不平衡标准的选择性表型策略下的数量性状位点精细定位。J.Anim。品种。遗传学。126(6), 4430-4454 (2009) ·文件编号：10.1111/j.1439-0388.2009.00813.x
[2] Filho，J.D.，Telles，M.P.D.C.：考虑到种群遗传结构，建立生物多样性保护保护网络的优化程序。遗传学。分子生物学。29(2), 207-214 (2006) ·doi:10.1590/S1415-4757206000200004
[3] Jin，C.，Lan，H.，Attie，A.，Churchill，G.，Bulutuglo，D.，Yandell，B.S.：选择表型以提高遗传图谱研究的效率。遗传学168（4），2285-2293（2004）·doi:10.1534/genetics.104.027524
[4] Wang，J.：增加小种群有效规模的最佳标记辅助选择。遗传学157（2），867-874（2001）
[5] Nemhauser，G.，Wolsey，L.A.：整数和组合优化。Wiley-Interscience，纽约（1988）·兹比尔0652.90067
[6] Hsu，N.，Yeh，W.：地下水水文参数识别的最佳实验设计。水资源。第25（5）号决议，1025-1040（1989）·doi:10.1029/WR025i005p01025
[7] van der Linden，W.，Veldkamp，B.，Carlson，J.：优化教育评估的平衡不完全块设计。申请。精神病。测量。28(5), 317-331 (2004) ·doi:10.1177/0146621604264870
[8] Atkinson，A.，Donev，A.：最佳实验设计。牛津统计科学系列，第8卷。牛津克拉伦登出版社（1992）·Zbl 0829.62070号
[9] Sager，S.：根据Pontryagin的最大值原理在最佳实验设计中的抽样决策。预印本（2012）。http://mathopt.unihd.de/PEOPLE/Sager/submitted.php ·Zbl 1292.62112号
[10] Cochran，W.，Cox，G.：实验设计。威利，纽约（1957年）·Zbl 0077.13205号
[11] Mead，R.：实验设计。剑桥大学出版社，剑桥（1990）·Zbl 0708.62061号
[12] Arambula，I.，Hicks，I.：二部图和t-设计中的限制b-因子。J.库姆。设计。14(3), 169-182 (2006) ·兹比尔1088.05057 ·doi:10.1002/jcd.20094
[13] Harris，C.，Hoffman，K.，Yarrow，L.：使用整数编程技术解决实验设计问题。安·Oper。第58（3）号决议，243-260（1995）·Zbl 0837.62061号 ·doi:10.1007/BF02032134
[14] 奥斯特罗斯基，J。；林德拉斯，J。；罗西，F。；Smriglio，S.，约束轨道分支，225-239（2008）·Zbl 1143.90361号 ·doi:10.1007/978-3-540-68891-4_16
[15] Viera，H.Jr.，Sanchez，S.，Kienitz，K.，Belderrain，M.：使用混合整数规划生成和改进正交设计。欧洲药典。第215（3）号决议，第629-638号决议（2011年）·Zbl 1238.90145号 ·doi:10.1016/j.ejor.2011.07.005
[16] Allen，S.、Fathi，Y.、Gross，K.、Mace，M.：圈养繁殖计划中选择转移个体的最佳和近最佳策略。生物保护。143(11), 2858-2863 (2010) ·doi:10.1016/j.biocon.2010.08.003
[17] Bafna，V.、Narayanan，B.、Ravi，R.：非重叠局部线形（轴平行矩形的加权独立集）。离散应用程序。数学。71, 41-53 (1996) ·Zbl 0873.92011号 ·doi:10.1016/S0166-218X（96）00063-7
[18] Butenko，S.，Wilhelm，W.：计算生物化学和基因组学中的Clique-detection模型。欧洲药典。第173号决议，1-17（2006）·Zbl 1125.92025 ·doi:10.1016/j.jor.2005.05.026
[19] Greenberg，H.，Hart，W.，Lancia，G.：计算生物学中组合优化的机会。信息J.计算。16(4), 211-231 (2004) ·兹比尔1239.90003 ·doi:10.1287/ijoc.1040.0073
[20] 古斯菲尔德，D。；Frid，Y。；Brown，D.，用缺失或基因型数据解决系统发育和种群遗传问题的整数规划公式和计算，第4598号，第51-64页（2007），柏林·Zbl 1206.92018号
[21] Buckler，E.，Gore，M.，Zhu，C.，Yu，J.：植物关联图谱的现状和前景。发电厂第1（1），5-20（2009）
[22] 莫顿，N.：连锁不平衡图和关联图。临床杂志。投资。115(6), 1425-1430 (2005) ·doi:10.1172/JCI25032
[23] Grapes，L.，Dekkers，J.，Rothschild，M.，Fernando，R.：比较基于连锁不平衡的方法用于精细定位数量性状位点。遗传学166（3），1561-1570（2004）·doi:10.11534/遗传学.166.3.1561
[24] Sen，S.，Johannes，F.，Broman，K.W.：复杂性状背景下的选择性基因分型和表型策略。遗传学181（1），1613-1623（2009）·doi:10.1534/genetics.108.094607
[25] Sen，S.，Satagopan，J.M.，Churchill，G.A.：从信息角度进行定量性状位点研究设计。遗传学170（1），447-464（2005）·doi:10.1534/genetics.104.038612
[26] Xu，H.Q.：非规则设计和过饱和设计的最小力矩畸变。统计正弦。13, 691-708 (2003) ·Zbl 1028.62063号
[27] Cox，D.，Reid，N.：实验设计理论。查普曼和霍尔/CRC出版社，伦敦/Boca Raton（2000）·兹比尔1009.62061
[28] Lynch，M.，Walsh，B.：遗传学和数量性状分析。Sinauer Associates，桑德兰（1998）
[29] Legarra，A.、Robert-Granie，C.、Croiseau，P.、Guillaume，F.、Fritz，S.：基因组选择的改良套索。遗传学。第93（1）号决议，77-87（2010）·doi:10.1017/S0016672310000534
[30] Meuwissen，T.、Hayes，B.、Goddard，M.：使用全基因组密集标记图预测总遗传价值。遗传学157（4），1819-1829（2001）
[31] Seber，G.A.F.，Lee，A.J.：线性回归分析，第2版。霍博肯·威利（2003）·Zbl 1029.62059号 ·doi:10.1002/9780471722199
[32] Falconer，D.，Mackay，T.：数量遗传学导论。Addison-Wesley Longman，Harlow（1996）
[33] Churchill，G.，Doerge，R.：定量特征映射的经验阈值。遗传学138（3），963-971（1994）
[34] Kang，H.等人：用于解释全基因组关联研究中样本结构的方差分量模型。自然遗传学。42(4), 348-354 (2010) ·doi:10.1038/ng.548
[35] Greene，W.：《计量经济学分析》，第2卷。麦克米伦，伦敦（1993）
[36] Weisberg，S.：应用线性回归。Wiley Interscience，纽约（2005）·Zbl 1068.62077号 ·doi:10.1002/0471704091
[37] Gupta，S.，Perlman，M.：非中心F-检验的力量：额外变量对Hotelling t2-检验的影响。《美国统计协会期刊》69（345），174-180（1974）·Zbl 0285.62027号
[38] McClosky，B.，Ma，X.，Tanksley，S.：量化杂合类对QTL检测能力的相对贡献。统计应用程序。遗传学。分子生物学。10(1) (2011) ·兹比尔0029.40802
[39] Farrar，D.，Glauber，R.：回归分析中的多重共线性：重新审视问题。经济收益率。《美国联邦法律大全》第49（1）卷，第92-107页（1967年）·doi:10.2307/1937887
[40] Welch，B.：当涉及几个不同的人口差异时，“学生”问题的概括。生物特征34（1-2），28-35（1947）·Zbl 0029.40802号
[41] 斯特劳德曼（Strawderman，R.）：个人沟通（2011）
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