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铁雄浅野;杰斯珀·詹森;Kunihiko Sadakane;上原、琉璃;加布里埃尔·瓦连特

更快地计算系统发育网络之间的罗宾逊-福兹距离。 （英语） Zbl 1398.92165号

信息科学。 197, 77-90 (2012).
摘要：罗宾逊-福兹距离是一种广泛用于比较系统发育树的度量标准，最近已被推广到系统发育网络。给定两个具有叶标签的系统发育网络（N_1}，N_2}），每个网络最多有（m）个节点和（e）个边，Robinson-Foulds距离测量的是（N_1{}）和（N_2}\）没有共享的后代叶簇数。计算\（N_｛1｝\）和\（N_｛2｝\）之间Robinson Foulds距离的已知最快算法在\（O（me）\）时间内运行。在本文中，我们将一般系统发育网络的时间复杂度提高到（O（ne/\log n）），并将有界度的一般系统发育网（假设单词RAM模型的单词长度为（lceil\log n\rceil）位）的时间复杂程度提高到（0（nm/log n），将叶外平面网络的时间复杂性提高到最佳（O（m）），以及优化（O（n）\)一级系统发育网络（即galled-trees）的时间。我们还介绍了系统发育网络最小扩散的自然概念，并说明了新算法的运行时间是如何依赖于此参数的。作为一个例子，我们证明了一个水平-（k+）网络的最小传播至多为\（k+1\），这意味着对于一个一级和一个水平-（k+）系统发育网络，我们的算法在\（O（（k+1）e）\）时间内运行。

引用于1文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
65年第68季度 算法和问题复杂性分析
92立方厘米 系统生物学、网络
68瓦35 非数值算法的硬件实现（VLSI算法等）
92-04 生物相关问题的软件、源代码等

关键词：

算法;系统发育网络;罗宾逊;犯规距离;集群表示;最小价差;叶外平面系统发育网络

软件：

计算机生物学;QNet公司;Phylo网络
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{T.Asano}等人，《信息科学》。197、77-90（2012年；Zbl 1398.92165）
全文： 内政部

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