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萨马尔、萨蒂亚·斯瓦鲁普；哈桑·埃拉米；安德烈亚斯·韦伯

PoCaB：探索生物化学反应网络代数方法的软件基础设施。 （英语） Zbl 1373.92002年

Gerdt，Vladimir P.（编辑）等人，科学计算中的计算机代数。2012年9月3日至6日在斯洛文尼亚马里博尔举行的2012年中国科学院第14届国际研讨会。诉讼程序。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-642-32972-2/pbk）。《计算机科学讲义》7442294-307（2012）。
小结：给出一个生物化学反应网络，我们讨论了不同的代数实体，例如化学计量矩阵、多项式系统、亏量和通量锥，这些是应用各种代数方法进行定性分析的先决条件。我们根据从两个公开可用的生物数据库（称为Biomodels和KEGG）中获得的示例计算这些实体。计算涉及使用计算机代数工具（例如polco、polymake）。主要由矩阵组成的结果以衍生数据库PoCaB（化学和生物数据平台）的形式排列。我们还提供了一个可视化程序来可视化通量锥的极端电流。我们希望这将有助于发展涉及计算机代数的计算系统生物学相关方法。数据库可在以下网址公开获取：http://pocab.cg.cs.uni-bonn.de/.
有关整个系列，请参见[Zbl 1246.68035号].

引用于三文件

MSC公司：

92-04 生物相关问题的软件、源代码等
92C40型 生物化学、分子生物学
92E20型 化学中的经典流动、反应等
92-08 生物学问题的计算方法

关键词：

化学计量矩阵；多项式系统；通量锥

软件：

JUNG（郑）；苏布利米纳；元工具；KEGG公司；生物模型；KEG转换器；JSBML公司；牢房设计师；欧内斯特；JGraphT公司；多晶的；PoCaB公司；MetaCyc公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.S.Samal}等人，Lect。票据计算。科学。7442，294--307（2012；Zbl 1373.92002）
全文： 内政部

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