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朱伟;侯靖宇;陈一平菲比

利用多层信息迭代预测蛋白质功能。 （英语） Zbl 1244.92025号

数学。Biosci公司。 236，第2期，108-116（2012）.
摘要：基于相似性的计算方法是从蛋白质相互作用（PPI）数据集预测蛋白质功能的有用工具。虽然提出了各种基于相似性的预测算法，但在许多情况下，预测结果并不令人满意。这种算法的目的是根据与未标记蛋白质相似的蛋白质的功能来预测未标记蛋白质的功能。因此，预测质量在很大程度上取决于如何选择一组合适的蛋白质（即预测域），从中预测未标记蛋白质的功能，以及如何测量蛋白质之间的相似性。现有算法的另一个问题是，他们只认为函数预测是一个一次性的过程，忽略了蛋白质之间的相互作用在预测函数时是相互的和动态的。如何解决这些主要问题以提高预测质量仍然是计算生物学中的一个挑战。
我们提出了一种创新的方法，从PPI数据集迭代预测未标记蛋白质的蛋白质功能。迭代法在预测功能时考虑了蛋白质相互作用的相互和动态特征，通过在预测算法中引入一种新的语义蛋白质相似度和一种选择多层预测域的方法，解决了蛋白质相似性度量和预测域选择问题。新的蛋白质相似性是基于蛋白质功能所携带的多层信息。对真实蛋白质相互作用数据集进行的评估表明，所提出的迭代函数预测方法优于其他类似或非迭代方法，并提供了更好的预测结果。
由蛋白质功能的多层信息衍生出的新的蛋白质相似性更合理地反映了蛋白质之间的内在关系，通过将蛋白质相互作用的相互和动态特征纳入预测算法，可以显著提高预测质量。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92-08 生物学问题的计算方法

关键词：

函数预测;蛋白质相互作用网络

软件：

MCODE公司;美国金融服务贸易协会
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{W.Zhu}等人，数学。Biosci公司。236，第2号，第108--116条（2012；Zbl 1244.92025）
全文： 内政部

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