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对多数规则((+))和层次结构上相关共识函数的公理化研究。 (英语) Zbl 1235.92023号

摘要:共识树在系统生物学中的应用已有30多年的历史,其中多数规则共识树最为流行。我们给出了一个公理来刻画一个新的一致性函数,称为多数规则(+),该函数基于多数规则对超树情况的推广。此外,还描述了另外两个相关的共识功能。

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第92页第42页 系统生物学、网络
92B05型 普通生物学和生物数学

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参考文献:

[1] Adams III,E.N.,《共识技术与分类树的比较》,《系统动物学》,21,4,390-397(1972)
[2] 阿蒙塔,N。;克拉克,F。;John,K.St.,《线性时间多数树算法》,(第三届生物信息学算法研讨会论文集(WABI'03)。程序。第三次研讨会阿尔格斯。生物信息学(WABI'03),《计算机科学讲义》,第2812卷(2003),施普林格-弗拉格出版社,216-226
[3] 阿罗,K.J.,《社会选择与个人价值观》(1963年),约翰·威利:约翰·威利纽约·Zbl 0984.91513号
[4] Barthélemy,J.-P。;Janowitz,M.F.,共识的形式理论,SIAM离散数学杂志,4,3,305-322(1991)·Zbl 0734.90008号
[5] Barthélemy,J.-P。;McMorris,F.R.,《(n)树的中值程序》,《分类杂志》,3,2,329-334(1986)·兹比尔0617.62066
[6] Bremer,K.,《组合成分共识》,分支分类学,6369-372(1990)
[7] Bryant,D.,《系统发育共识方法的分类》,(Janowitz,M.F.;Lapointe,F.-J.;McMorris,F.R.;Mirkin,B.G.;Roberts,F.S.,《生物共识》,《离散数学中的DIMACS系列》,第61卷(2003年),美国数学学会,普罗维登斯:美国数学协会,普罗维登斯罗德岛),163-183·Zbl 1029.05032号
[8] 科顿,J.A。;Wilkinson,M.,多数规则超级树,系统生物学,56,445-452(2007)
[9] Day,W.H.E。;McMorris,F.R.,群体选择和生物数学中的公理共识理论(2003),SIAM数学前沿:SIAM数学前沿,宾夕法尼亚州费城·Zbl 1031.92001号
[10] Dong,J。;Fernández-Bacha,D.,多数规则超级树的特性,系统生物学,58360-367(2009)
[11] Dong,J。;费尔南德斯·巴卡(Fernández-Baca),D。;McMorris,F.R.,(Salzberg,S.;Warnow,T.,《构建多数规则超级树》,构建多数规则超树,生物信息学讲义,第5724卷(2009),施普林格:施普林格柏林),73-84,WABI2009
[12] Dong,J。;费尔南德斯·巴卡(Fernández-Baca),D。;麦克莫里斯,F.R。;Powers,R.C.,多数规则(+)共识树,数学生物科学,228,10-15(2010)·Zbl 1200.92029
[13] Felsenstein,J.,《推断系统发育》(Inferring Phylogenies)(2003年),西努埃尔协会:西努埃尔学会桑德兰,马萨诸塞州
[14] 霍尔德,M。;苏库马兰,J。;Lewis,P.,《贝叶斯系统发育学中报告多数规则共识树的理由》,系统生物学,57814-821(2008)
[15] Lehel,J。;麦克莫里斯,F.R。;Powers,R.C.,《金字塔和其他超图的共识方法》(Hayashi,C.;Ohsumi,N.;Yajima,K.;Tanaka,Y.;Bock,H.-H.;Baba,Y.,《数据科学、分类和相关方法》(1998),Springer-Verlag:Springer-Verlag Tokyo),187-190年·Zbl 0894.05044号
[16] Margush,T。;McMorris,F.R.,共识树,《数学生物学公报》,43,239-244(1981)·Zbl 0455.92019号
[17] McGuire,J.B.,《关于进化树的共识构建》,《社会和生物结构杂志》,2107-118(1979)
[18] 麦克莫里斯,F.R。;Mulder,H.M。;Powers,R.C.,图的中值函数,离散应用数学,1542599-2608(2006)·Zbl 1201.06002号
[19] 麦克莫里斯,F.R。;Powers,R.C.,共识形式理论中的中位数程序,SIAM离散数学杂志,8,4,507-516(1995)·Zbl 0843.90008号
[20] 麦克莫里斯,F.R。;Powers,R.C.,《从弱阶到三元到四元关系的阿罗维程序》,(Janowitz,M.F.;Lapointe,F.-J.;McMorris,F.R.;Mirkin,B.G.;Roberts,F.S.,Bioconsistens.生物共识,DIMACS,第61卷(2003年),美国数学学会,普罗维登斯:美国数学协会,普罗维登斯罗德岛),37-45·Zbl 1057.91022号
[21] 麦克莫里斯,F.R。;Powers,R.C.,《等级制中多数规则的表征》,《分类杂志》,25,2,153-158(2008)·Zbl 1260.62047号
[22] C.A.Meacham,进化史的松散共识。第16届数值分类会议,印第安纳州圣母院,摘要,1982年。;C.A.Meacham,进化历史的松散共识。第16届数值分类学会议,印第安纳州圣母院,摘要,1982年。
[23] 权力,R.C。;怀特,J.M.,威尔逊关于层次一致性函数的定理,《离散应用数学》,1561321-1329(2008)·兹比尔1151.91424
[24] Saari,D.G.,《处置独裁者,解密投票悖论》(2008),剑桥大学出版社:剑桥大学出版社,纽约·Zbl 1168.91007号
[25] Swofford,D.,PAUP*:使用简约(*和其他方法)进行系统发育分析(2002),西努埃尔协会:美国马萨诸塞州森德兰西努埃尔学会,4.0 beta版
[26] Wilkinson,M.,多数规则减少共识树及其在引导中的应用,分子生物学与进化,13,3,437-444(1996)
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