蒙特州卢纳塞克;纳格·安巴里什;大卫·M·阿尔伯。;肯尼·格鲁查拉;Christopher H.Chang。;彼得·格拉芙(Peter A.Graf)。 使用高性能系统生物学工具包模拟、表征和优化代谢模型。 (英语) 兹比尔1231.92037 SIAM J.科学。计算。 33,第6号,3402-3424(2011). 概要:高性能系统生物学工具包(HiPer SBTK)是一个用于代谢建模的模拟和优化组件的集合,以及将这些组件组装成大型并行处理层次结构以满足特定模拟和优化需求的方法。这些组件有多种不同的类别:模型转换、模型仿真、参数采样、灵敏度分析、参数估计和优化。它们可以在运行时配置为层次并行排列,以执行模拟特征化任务的嵌套组合,并可极好地并行扩展到数千个处理器。我们描述了导致系统、组件的观察结果,以及如何安排它们。我们展示了对13000多个处理器进行近90%的有效扩展,并展示了三个复杂但典型的示例,它们在1000个处理器上运行,完成了数十亿次严格的常微分方程模拟。这项工作为系统生物学代谢建模社区首次有效利用大规模高性能计算资源打开了大门。 理学硕士: 92立方厘米 系统生物学、网络 90立方厘米 灵敏度、稳定性、参数优化 34A55型 涉及常微分方程的反问题 2005年5月 并行数值计算 93立方厘米 由常微分方程控制的控制/观测系统 65万 刚性方程的数值方法 65升05 常微分方程初值问题的数值方法 关键词:系统生物学;参数识别;代谢建模;常微分方程;仿真优化 软件:达科塔;PHC包;CVODES公司;libSBML(库SBML);OPT公司++;HiPer SBTK公司;青少年-C PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Lunacek}等人,SIAM J.Sci。计算。33,第6号,3402--3424(2011;Zbl 1231.92037) 全文: 内政部