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构建一致性MUL树的算法。 (英语) Zbl 1350.68275号

Asano,Takao(编辑)等人,《算法与计算》。第22届国际研讨会,ISAAC 2011,日本横滨,2011年12月5日至8日。诉讼程序。柏林:施普林格出版社(ISBN 978-3-642-25590-8/pbk)。计算机科学课堂讲稿7074744-753(2011)。
摘要:MUL-tree是系统发育树的泛化,允许多次使用相同的叶子标签。M.洛特等【“PADRE:分析和显示网状进化的软件包”,Bioninform.25,No.9,1199-1200(2009;doi:10.1093/bioinformatics/btp133); “从多标记基因树推断多倍体系统发育”,BMC Evol。生物学9,文章ID 216,11 p.(2009;doi:10.1186/1471-2148-9-216)]最近引入了从一组冲突MUL树中推断出所谓一致MUL树的问题,并给出了一个针对特殊贪婪变量的指数时间算法。在这里,我们研究了严格和多数规则一致性MUL树,并提出了第一个用于构建一致性MUL-tree的多项式时间算法。我们给出了一个简单、快速的算法来构建一个严格一致的MUL树。我们还表明,尽管找到多数规则一致性MUL树是NP-hard,但我们称之为奇异多数规则一致MUL树的变体是唯一的,可以有效地构造。
关于整个系列,请参见[Zbl 1228.68006号].

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68周05 非数值算法
68第05页 数据结构
92D10型 遗传学和表观遗传学

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全文: 内政部