卢、本佐;程晓林;黄景芳;J.Andrew McCammon AFMPB:一种用于计算生物分子系统静电的自适应快速多极泊松-玻尔兹曼解算器。 (英语) Zbl 1220.78002号 计算。物理学。Commun公司。 181,第6期,1150-1160(2010). 描述了一种用于计算生物分子静电的自适应快速多极泊松-玻耳兹曼解算器。该求解器将快速多极子方法与Krylov子空间方法相结合,用于求解线性化Poisson-Boltzmann方程的条件良好的边界积分方程。数值实验表明,在当前台式计算机上,在相对较大的分子框架中,该方法是有效的。审核人:特奥多拉·利利亚娜·勒杜列斯库(Craiova) 引用于11文件 MSC公司: 78-04 光学和电磁理论相关问题的软件、源代码等 78M16型 多极方法在光学和电磁理论问题中的应用 78A70型 光学和电磁理论的生物学应用 关键词:泊松-玻耳兹曼方程;边界积分方程;节点-补丁法;Krylov子空间方法;快速多极方法;对角线平移;软件工具AFMPB公司 软件:AFMPB公司;APBS公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{B.Lu}等人,计算。物理学。Commun公司。181,第6号,1150--1160(2010;Zbl 1220.78002) 全文: DOI程序 参考文献: [8] 阿布拉莫维茨,M。;Stegun,I.A.,《数学函数手册》(1970),多佛·Zbl 0515.33001号 [9] Appel,A.W.,SIAM J.科学。统计师。计算。,6, 85-103 (1985) [10] 贝克,N.A.,《酶学方法》。,383, 94-118 (2004) [11] 贝克,N.A。;9月,D。;约瑟夫·S。;霍尔斯特,M.J。;McCammon,J.A.,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,98,10037(2001) [12] 巴恩斯,J。;Hut,P.,《自然》,32446-449(1986) [13] Boschitsch,A.H。;M.O.芬利。;周海霞,J.Phys。化学。B、 1062741-2754(2002) [14] Cheng,H。;Greengard,L。;Rokhlin,V.,J.计算。物理。,155, 468-498 (1999) ·Zbl 0937.65126号 [15] Gilson,M.K。;Davis,医学博士。;Luty,学士。;McCammon,J.A.和J.Phys。化学。,97, 3591-3600 (1993) [16] Greengard,L。;黄,J.F.,J.Compute。物理。,180, 642-658 (2002) ·Zbl 1143.78372号 [17] Greengard,L。;Rokhlin,V.,J.计算。物理。,73, 325-348 (1987) ·兹比尔062965005 [18] Greengard,L。;Rokhlin,V.,《数字学报》。,6, 229-269 (1997) ·Zbl 0889.65115号 [19] 霍尔斯特,M。;贝克,N.A。;Wang,F.,J.计算。化学。,211319(2000年) [20] 黄,J。;张,B。;贾杰,《计算机物理通信》,1802331-2338(2009)·Zbl 1197.81019号 [21] Juffer,A.H。;博塔,E.F.F。;Vankeulen,B.A.M。;Vanderploeg,A。;Berendsen,H.J.C.,J.计算。物理。,97, 1, 144-171 (1991) ·Zbl 0743.65094号 [22] S.Kuo、M.Altman、J.Bardhan、B.Tidor、J.White,摘自:Proc。IEEE/ACM国际计算机辅助设计会议,2002年,第466-473页;S.Kuo、M.Altman、J.Bardhan、B.Tidor、J.White,摘自:Proc。IEEE/ACM国际计算机辅助设计会议,2002年,第466-473页 [23] 梁,J。;Subramaniam,S.,生物物理学。J.,73,4,1830-1841(1997) [24] Lu,B。;Cheng,X。;黄,J。;McCammon,J.A.,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,103,19314-19319(2006) [25] Lu,B。;麦卡蒙,J.A.,J.化学。理论计算。,3, 1134 (2007) [26] Richards,F.M.,Ann.Rev.生物物理学。《生物工程》,6151-176(1977) [27] Rokhlin,V.,《波浪运动》,第5、3、257-272页(1983年)·Zbl 0522.73022号 [28] 萨阿德,Y。;Schultz,M.,SIAM J.科学。统计师。计算。,7, 856-869 (1986) ·Zbl 0599.65018号 [29] 桑纳,M.F。;奥尔森·A·J。;Spehner,J.C.,《生物聚合物》,38,305-320(1996) [30] C.C.Lee、H.J.Lee、Y.K.Hyon、T.C.Lin、C.Liu,个人沟通;C.C.Lee、H.J.Lee、Y.K.Hyon、T.C.Lin、C.Liu,个人沟通 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。