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用于估计微阵列基因表达研究中假排斥数的β-二项分布。 (英语) Zbl 1453.62117号

摘要:在微阵列数据的差异表达分析中,通常假设零假设之间的独立性(以及基因表达水平)。独立性假设意味着错误拒绝数(V)遵循二项式分布,并导致经验错误发现率(eFDR)的估计。假拒绝数(V)用贝塔二项分布建模。然后导出了贝塔二项错误发现率(bbFDR)的估计量。这种方法解释了非差异表达基因之间的相关性如何影响(V)的分布。置换用于在零假设下生成(V)的观测值,并且贝塔二项分布适合于(V)值。在相关非差异表达基因的模拟研究中,将bbFDR估计量与eFDR估计值进行了比较,发现在某些情况下,bbFDR估计器的性能优于eFDR。例如,该方法还用于分析比较软组织肉瘤样本和正常组织样本的基因表达。

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62-08 统计问题的计算方法
62J15型 配对和多重比较;多次测试
62页第10页 统计学在生物学和医学科学中的应用;元分析
92D20型 蛋白质序列,DNA序列
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参考文献:

[1] Allison,D.B。;Gadbury,G.L。;Moonseng,H。;Fernandez,J.R。;Lee,C。;普罗拉,T.A。;Weindruch,R.,微阵列基因表达数据分析的混合模型方法,计算。统计师。数据分析。,39, 1-20 (2002) ·Zbl 1119.62371号
[2] Y.本杰米尼。;Hochberg,Y.,《控制错误发现率:一种实用而强大的多重测试方法》,J.Roy。统计师。Soc.序列号。B、 57、1、289-300(1995)·Zbl 0809.62014号
[3] Benjamini,Y.、Hochberg,Y.和Kling,Y..,1997年。使用依赖测试统计的多假设测试中的错误发现率控制。特拉维夫大学统计与运营研究系研究论文97-1;Benjamini,Y.、Hochberg,Y.和Kling,Y..,1997年。使用相依检验统计量的多假设检验中的错误发现率控制。特拉维夫大学统计与运筹学系研究论文97-1
[4] Y.本杰米尼。;Yekutieli,D.,依赖下多重测试中错误发现率的控制,Ann.Statist。,29, 4, 1165-1188 (2001) ·Zbl 1041.62061号
[5] Cheng,C。;Pounds,S.,微阵列基因表达数据统计分析的错误发现率范式,生物信息,1,10436-446(2007)
[6] Cheng,C。;磅,S。;Boyett,J.M。;裴,D。;Kuo,M.-L。;Roussel,M.F.,微阵列基因表达数据分析的统计显著性阈值标准,统计学。申请。遗传学。分子生物学。,3、1(2004),第36条·Zbl 1166.62335号
[7] Hsueh,H。;Chen,J.J。;Kodell,R.L.,《在多重性测试中估算真零假设数量的方法比较》,J.Biopharm。统计学。,13, 4, 675-689 (2003) ·Zbl 1197.62095号
[8] Lesnoff,M.,Lancelot,R.,2005年。aod:分析过度分散的数据R包版本1。1-8 http://cran.r-project.org/; Lesnoff,M.,Lancelot,R.,2005年。aod:分析过度分散的数据R包版本1。1-8 http://cran.r-project.org/
[9] 梅塔,T。;Tanik,M。;Allison,D.B.,《面向高维生物学统计方法的可靠认识论基础》,《自然遗传学》。,36, 9, 943-947 (2004)
[10] Pounds,S.,微阵列研究多重测试错误率的估计和控制,生物信息学简报,7,1,25-36(2006)
[11] 磅,S。;Cheng,C.,《改进错误发现率估计》,生物信息学,20,11,1737-1745(2004)
[12] 磅,S。;Morris,S.W.,《通过近似和划分p值的经验分布来估计微阵列研究中假阳性和假阴性的发生率》,生物信息学,19,10,1236-1242(2003)
[13] 萨默维尔,P.N.,2004年。相关案例的FDR降压和升压程序。收录:IMS演讲笔记专题系列。第100-118页;萨默维尔,P.N.,2004年。相关案例的FDR降压和升压程序。在:IMS讲义专题系列。第100-118页·Zbl 1268.62026号
[14] Storey,J.D.,《错误发现率的直接方法》,J.Roy。统计师。Soc.序列号。B、 64,3479-498(2002年)·Zbl 1090.62073号
[15] Storey,J.D。;泰勒,J.E。;Siegmund,D.,《强控制、保守点估计和错误发现率的同时保守一致性:统一方法》,J.Roy。统计师。Soc.序列号。B、 66、1、187-205(2004)·Zbl 1061.62110号
[16] Storey,J.D。;Tibshirani,R.,全基因组研究的统计意义,PNAS,100,16,9440-9445(2003)·Zbl 1130.62385号
[17] 蔡,C.-A;Hsueh,H.-M。;Chen,J.J.,《多重测试中错误发现率的估计:基因微阵列数据的应用》,生物统计学,591071-1081(2003)·Zbl 1190.62133号
[18] 蔡,C.-A。;王世杰。;陈博士。;Chen,J.J.,基因表达微阵列实验的样本量,生物信息学,21,8,1502-1508(2005)
[19] Yoon,S.S。;新罕布什尔州西格尔。;帕克,P.J。;德威勒,K.Y。;新墨西哥州费尔南多。;Ryeom,西南部。;布伦南,M.F。;Singer,S.,《基于循环因子和微阵列基因表达分析的软组织肉瘤血管生成特征》,《外科研究杂志》,135(2006),282-29
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