×
佩德罗·贡内特

使用分段多项式进行更快的势函数计算。 （英语） Zbl 1182.65018号

J.计算。物理学。 229，第2期，313-324（2010）.
摘要：在许多分子动力学模拟软件包和硬件实现中，分段多项式被用来高效地表示和计算成对势函数。在本文中，我们提出了三种适用于大多数插值的修改，以提高其精度。提高的准确性减少了每个交互潜力需要存储的数据量，使这种插值更适合内存和/或缓存或硬件实现有限的体系结构。

MSC公司：

65D05型 数值插值
65二氧化碳 蒙特卡罗方法
82B80型 平衡统计力学中的数值方法（MSC2010）

关键词：

分子动力学;势函数;分段多项式插值;秦九韶算法;切比雪夫多项式;蒙特卡罗方法;数值示例

软件：

格鲁马克斯;VTune;名称2;布伦特;德斯蒙德
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{P.Gonnet}，J.计算。物理。229，No.2，313--324（2010；Zbl 1182.65018）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 艾伦，M.P。；Tildesley，D.J.，《液体的计算机模拟》（1987），牛津科学出版社，克拉伦登出版社：牛津科学出版社·Zbl 0703.68099号
[2] Van Der Spoel，D。；Lindahl，E。；赫斯，B。；格伦霍夫，G。；马克·A·E。；Berendsen，H.J.C.，《GROMACS：快速、灵活和自由》，《计算化学杂志》，261701-1718（2005）
[3] 卡莱，L。；Skeel，R。；班达卡，M。；布鲁纳，R。；Gursoy，A。；Krawetz，N。；菲利普斯，J。；Shinozaki，A。；瓦拉达拉扬，K。；Schulten，K.，NAMD2:并行分子动力学的更大可扩展性，计算物理杂志，151283-312（1999）·Zbl 0948.92004号
[4] IBM Systems and Technology Group，《Cell Broadband Engine Programming Handbook，Including the PowerXCell 8i Processor》，IBM Corporation，2008年。；IBM Systems and Technology Group，《Cell Broadband Engine Programming Handbook，Including the PowerXCell 8i Processor》，IBM Corporation，2008年。
[5] 安德里亚，T.A。；Swope，W.C。；Andersen，H.C.，远程力在确定液态水的结构和性质中的作用，《化学物理杂志》，79，9，4576-4584（1983）
[6] D.van der Spoel、E.Lindahl、B.Hess、A.R.van Buuren、E.Apol、P.J.Meulenhoff、D.P.Tieleman、A.L.T.M.Sijbers、K.A.Feenstra、R.van-Drunen、H.J.C.Berendsen、GROMACS用户手册3.3版，www.GROMACS.org；D.van der Spoel、E.Lindahl、B.Hess、A.R.van Buuren、E.Apol、P.J.Meulenhoff、D.P.Tieleman、A.L.T.M.Sijbers、K.A.Feenstra、R.van-Drunen、H.J.C.Berendsen、GROMACS用户手册3.3版，www.GROMACS.org
[7] M.Tiji，N.Tetsu，Y.Ohno，N.Futatsugi，A.Suenaga，N.Takada，A.Konagaya，《蛋白质探索者：用于分子动力学模拟的petaflops专用计算机系统》，载于：《ACM/IEEE SC2003会议论文集》（SC'03），2003年，第15页。；M.Tiji，N.Tetsu，Y.Ohno，N.Futatsugi，A.Suenaga，N.Takada，A.Konagaya，《蛋白质探索者：用于分子动力学模拟的petaflops专用计算机系统》，载于：《ACM/IEEE SC2003会议论文集》（SC'03），2003年，第15页。
[8] K.J.Bowers、E.Chow、H.Xu、R.O.Dror、M.P.Eastwood、B.A.Gregersen、J.L.Klepeis、I.Kolossváry、M.A.Moraes、F.D.Sacerdoti、J.K.Salmon、Y.Shan、D.E.Shaw，《商品集群分子动力学模拟的可扩展算法》，载于《美国计算机学会/电子工程师协会超级计算会议论文集》（SC06），佛罗里达州坦帕市，2006年，第84页。；K.J.Bowers、E.Chow、H.Xu、R.O.Dror、M.P.Eastwood、B.A.Gregersen、J.L.Klepeis、I.Kolossváry、M.A.Moraes、F.D.Sacerdoti、J.K.Salmon、Y.Shan、D.E.Shaw，《商品集群分子动力学模拟的可缩放算法》，载于：《ACM/IEEE超级计算会议论文集》（SC06），佛罗里达州坦帕，2006年，第84页。
[9] D.E.Shaw Research，Desmond用户指南，1987年9月。；D.E.Shaw Research，《Desmond用户指南》，1987年9月。
[10] R.H.Larson、J.K.Salmon、R.O.Dror、M.M.Deneroff、C.Young、J.Grossman、Y.Shan、J.L.Klepeis、D.E.Shaw，分子动力学模拟专用机器Anton中的高通量对点相互作用，摘自：盐湖城第十四届高性能计算机体系结构国际研讨会（2008年HPCA）会议记录，犹他州，2008年，第331-342页。；R.H.Larson、J.K.Salmon、R.O.Dror、M.M.Deneroff、C.Young、J.Grossman、Y.Shan、J.L.Klepeis、D.E.Shaw，分子动力学模拟专用机器Anton中的高通量对点相互作用，摘自：盐湖城第十四届高性能计算机体系结构国际研讨会（2008年HPCA）会议记录，犹他州，2008年，第331-342页。
[11] 福克斯，L。；Parker，I.B.，《数值分析中的切比雪夫多项式》（1968），牛津大学出版社：牛津大学出版社伦敦·Zbl 0153.17502号
[12] Clenshaw，C.W.，关于切比雪夫级数求和的注释，数学表和其他计算辅助工具，9，51，118-120（1955）·Zbl 0065.05403号
[13] W.G.Horner，用连续逼近法求解所有阶数值方程的新方法，伦敦皇家学会哲学学报（1819）308-335。；W.G.Horner，《用连续逼近法求解所有阶数值方程的新方法》，《伦敦皇家学会哲学学报》（1819）308-335。
[14] J.Wetzel、E.Shiha、C.May、B.Frey、J.Furukawa、G.Frazier，PowerPC用户指令集体系结构，第一册，IBM，2005年1月。；J.Wetzel、E.Shiha、C.May、B.Frey、J.Furukawa、G.Frazier，PowerPC用户指令集体系结构，第一册，IBM，2005年1月。
[15] 亨特，N.G。；Cohen，F.E.，原子间相互作用的快速查找表，计算化学杂志，17，16，1857-1862（1996）
[16] Berendsen，H.J.C.，《模拟物理世界》（2007），剑桥大学出版社：剑桥大学出版社，英国剑桥·Zbl 1134.00009号
[17] Brent，R.P.，《无导数最小化算法》（1973），Prentice-Hall：Prentice-Hall LinkEnglewood Cliffs，N.J·Zbl 0245.65032号
[18] 贝伦德森，H.J.C。；Grigera，J.R。；Straatsma，T.P.，有效对势中的缺失项，《物理化学杂志》，91，6269-6271（1987）
[19] 英特尔C++编译器专业版11.1 Linux版，http://software.intel.com/en-us/intel-compilers/；英特尔C++编译器专业版11.1 Linux版，http://software.intel.com/en-us/intel-compilers/
[20] 英特尔VTune性能分析器9.1 Linux版，http://software.intel.com/en-us/intel-vtune/；英特尔VTune性能分析器9.1 Linux版，http://software.intel.com/en-us/intel-vtune/
[21] 巴克·K·J。；Davis，K。；A.海西。；柯比森，D.J。；朗，M。；Pakin，S。；Sancho，J.C.，《进入千兆次浮点运算时代：跑路者的架构和性能》，（SC'08：2008 ACM/IEEE超级计算会议论文集（2008），IEEE出版社：美国新泽西州皮斯卡塔韦IEEE出版社），1-11
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。