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通过两阶段优化模拟蛋白质折叠。 (英语) 兹比尔1178.92020

蔡志华(编)等,《计算智能与智能系统》。第四届智能计算与应用国际研讨会,2009年ISICA,中国黄石,2009年10月23日至25日。诉讼程序。柏林:施普林格出版社(ISBN 978-3-642-04961-3/pbk;978-3-442-04962-0/ebook)。计算机和信息科学通信51,138-145(2009)。
摘要:受疏水性折叠现象的启发,本文提出了一种两阶段优化方法来模拟以面为中心的立方(FCC)晶格中的蛋白质折叠。给定一个蛋白质序列,该方法的第一阶段使用基于约束的蛋白质结构预测工具在疏水亲水(HP)模型中进行优化结构预测,生成疏水单体之间接触次数最多的紧凑蛋白质结构。第二阶段使用这些紧凑的结构作为起点,通过使用模拟退火局部搜索和20个氨基酸成对相互作用能量函数来进一步优化输入序列的蛋白质结构。
蛋白质数据库序列的实验结果表明,基于约束的蛋白质结构预测工具生成的紧凑结构在成对能量函数方面比随机生成的结构好两个数量级。此外,与使用随机结构初始化相比,使用这些紧凑结构初始化模拟退火可以在更少的迭代中生成更好的结构。因此,所提出的两阶段优化优于仅基于模拟退火的局部搜索过程。
关于整个系列,请参见[Zbl 1177.68007号].

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92C40型 生物化学、分子生物学
65立方厘米20 概率模型,概率和统计学中的通用数值方法
65K10码 数值优化和变分技术

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PSICO公司
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全文: 内政部