×

一个Metropolis调节的Nosé-Hoover恒温器。 (英语) Zbl 1171.82317号

摘要:我们提出了一种蒙特卡罗技术,用于从分子动力学中的正则分布采样。该方法基于Nosé-Hoover恒温公式和广义混合蒙特卡罗方法。与标准的混合蒙特卡罗方法相比,在蒙特卡罗步骤中,仅对恒温器的自由度进行随机重采样。

MSC公司:

82B80型 平衡统计力学中的数值方法(MSC2010)
65二氧化碳 蒙特卡罗方法
65C20个 概率模型,概率统计中的通用数值方法
65立方厘米60 统计中的计算问题(MSC2010)
82立方35 不可逆热力学,包括Onsager-Machlup理论
60华氏30 随机分析的应用(PDE等)

软件:

GSHMC公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部 欧洲DML

参考文献:

[1] E.Akhmatskaya和S.Reich,GSHMC:一种有效的分子模拟方法。J.计算。Phys.227(2008)4934-4954·Zbl 1148.82316号 ·doi:10.1016/j.jcp.2008.01.023
[2] E.Akhmatskaya、N.Bou-Rabee和S.Reich,有动量翻转和无动量翻转的广义混合蒙特卡罗方法。J.计算。Phys.227(2008)4934-4954·Zbl 1173.65300号
[3] M.P.Allen和D.J.Tildesley,《液体的计算机模拟》。克拉伦登出版社,牛津(1987)·Zbl 0703.68099号
[4] S.D.Bond、B.J.Leimkuhler和B.B.Laird,恒温分子动力学的Nosé-Poincaré方法。J.计算。《物理学》151(1999)114-134·Zbl 0933.81058号 ·doi:10.1006/jcph.1998.6171
[5] G.Bussi、D.Donadio和M.Parrinello,通过速度缩放的标准采样。化学杂志。《物理学》126(2007)01410。
[6] S.Duane、A.D.Kennedy、B.J.Pendleton和D.Roweth,混合蒙特卡罗。物理学。莱特。B195(1987)216-222。
[7] D.Frenkel和B.Smit,理解分子模拟。纽约学术出版社(1996年)。兹比尔0889.65132·Zbl 0889.65132号
[8] 胡佛,经典动力学:平衡相空间分布。物理学。修订版A31(1985)1695-1697。
[9] A.M.Horowitz,广义制导蒙特卡罗算法。物理学。莱特。B268(1991)247-252。
[10] J.A.Izaguirre和S.S.Hampton,影子混合蒙特卡罗:高分子相空间中的有效传播子。J.计算。《物理学》200(2004)581-604·Zbl 1115.65383号 ·doi:10.1016/j.jcp.2004.04.016
[11] A.D.Kennedy和B.Pendleton,自由场理论广义混合蒙特卡罗算法的代价。编号。物理学。B607(2001)456-510·兹伯利0969.81639 ·doi:10.1016/S0550-3213(01)00129-8
[12] P.Klein,分子动力学模拟中的压力和温度控制:离散时间的统一方法。建模仿真。马特。科学。工程6(1998)405-421。
[13] F.Legoll、M.Luskin和R.Moeckel,Nose-Hoover恒温谐振子的非退化性。架构(architecture)。定额。机械。分析.184(2007)449-463·Zbl 1122.82002号 ·doi:10.1007/s00205-006-0029-1
[14] B.Leimkuhler和C.Sweet,通用时间尺度下递归多个恒温器的哈密顿公式。SIAM J.应用。动态。系统4(2005)187-216。Zbl1075.92057号·Zbl 1075.92057号 ·doi:10.1137/040606090
[15] B.Leimkuhler、E.Noorizadeh和F.Theil,用于分子动力学的温和遍历恒温器。《统计物理学杂志》。(2009),doi:。DOI10.1007/s10955-009-9734-0·Zbl 1179.82065号 ·doi:10.1007/s10955-009-9734-0
[16] J.S.Liu,科学计算中的蒙特卡罗策略。Springer-Verlag,纽约(2001年)·Zbl 0991.65001号
[17] G.J.Martyna、M.L.Klein和M.Tuckerman,《鼻子-胡佛链:通过连续动力学的正则系综》。化学杂志。《物理学》97(1992)2635-2643。
[18] S.Nosé,恒温分子动力学方法的统一公式。化学杂志。《物理学》81(1984)511-519。
[19] B.Oksendal,随机微分方程。第5版,斯普林格·弗拉格,柏林-海德堡(2000)。
[20] J.-P.Ryckaert和A.Bellemans,液态烷烃的分子动力学。法拉第讨论66(1978)95-107。
[21] A.Samoletov、M.A.J.Chaplain和C.P.Dettmann,“慢”配置模式的恒温器。J.Stat.Phys.128(2007)1321-1336·兹比尔1128.82006 ·doi:10.1007/s10955-007-9365-2
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。