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以加权四重奏为特征的弱兼容性。 (英语) Zbl 1158.92034号

摘要:在系统发育学中,有多种方法可用于基于对一组物种的4元素亚群的分析来理解其进化历史。在生物数据的指导下,这类技术通常需要初始计算一个四重函数,即一个将每个四元子集的每一个二分部分赋权为两个大小为二的部分的函数,然后从中导出系统发育树或网络。因此,描述精确对应于系统发育树或网络的四重态函数是很有意义的。最近,在系统发育树中出现了这样的特征。在这里,我们提供了一个5点条件来刻画更一般的结构,称为弱相容分裂系统。这种分裂系统是分裂网络(一类特殊的系统发育网络)构建的基础。这种5点条件也产生了对应于系统发育树的四重态函数的新特征。

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92D15型 与进化有关的问题
05二氧化碳
92-08 生物学问题的计算方法
05C99年 图论

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全文: 内政部

参考文献:

[1] Bandelt,H.-J。;Dress,A.,从观测到的相异性数据中重建树的形状,Adv.in Appl。数学。,7, 309-343 (1986) ·Zbl 0613.62083号
[2] Bandelt,H.-J。;Dress,A.,有限集上度量的规范分解理论,高级数学。,92,47-105(1992年)·Zbl 0789.54036号
[3] Bandelt,H.-J。;Dress,A.,Split decomposition:一种新的有用的距离数据系统发育分析方法,分子系统学。演变。,1, 242-252 (1992)
[4] 班德尔特,H.-J。;Dress,A.,《分裂分解的关系方法》(Opitz,O.;etal.,《信息与分类》(1993),Springer:Springer Berlin),123-131
[5] 布莱恩特,D。;Moulton,V.,NeighborNet:构建系统发育网络的聚合方法,分子生物学。演变。,21, 255-265 (2004)
[6] Buneman,P.,《从不同测量中恢复树木》(Hodson,F.;等,《考古和历史科学中的数学》(1971),爱丁堡大学出版社:爱丁堡学院出版社),387-395
[7] 科洛尼乌斯,H。;Schulze,H.,Repäsentation nichtnumerischer val hnlichkeitsdaten durch Baumstrukturen,《心理医学》。,21, 98-111 (1979)
[8] 科洛尼乌斯,H。;Schulze,H.,邻近数据的树结构,英国数学杂志。统计师。《心理学》,34,167-180(1981)·Zbl 0472.62107号
[9] (Cracraft,J.;Donoghue,M.,《组装生命之树》(2004),牛津大学出版社:牛津大学出版社)
[10] Dopazo,J。;连衣裙,A。;von Haeseler,A.,《分裂分解:分析病毒进化的技术》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,90,10320-10324(1993)
[11] 连衣裙,A。;Erdős,P.,(X)-树和加权四重奏系统,《Ann.Combin.》,第7期,第155-169页(2003年)·Zbl 1020.05019号
[12] Felsenstein,J.,《推断系统发育》(Inferring Phylogenies)(2003年),西努埃尔:西努埃尔-桑德兰,马萨诸塞州
[13] Grünewald,S。;Forslund,K。;连衣裙,A。;Moulton,V.,QNet:从加权四分位构建系统发育网络的聚合方法,分子生物学。演变。,24, 532-538 (2007)
[14] Grünewald,S。;Huber,K。;莫尔顿,V。;Semple,C.,《用加权四分位编码系统发育树》,J.Math。《生物学》,56,465-477(2008)·Zbl 1154.05313号
[15] Huson,D.,SplitsTree:分析和可视化进化数据,生物信息学,14,68-73(1998)
[16] Huson,D。;Bryant,D.,系统发育网络在进化研究中的应用,分子生物学。演变。,23, 254-267 (2006)
[17] (Salemi,M.;Vandamme,A.,《系统发育手册》(2003),剑桥大学出版社:剑桥大学出版社)
[18] Semple,C。;Steel,M.,《系统发育学》(2003),牛津大学出版社:牛津大学出版社·Zbl 1043.92026
[19] 斯特里默,K。;von Haeseler,A.,《四重奏困惑:重建树拓扑的四重奏最大似然法》,《分子生物学》。演变。,1996年4月13日至969年(1996年)
[20] R.Wetzel,Zur Visualisierung abstrakter ada hnlichkeitsbeziehungen,比勒费尔德大学博士论文,1995年;R.Wetzel,Zur Visualisierung abstrakter ada hnlichkeitsbeziehungen,比勒费尔德大学博士论文,1995年·Zbl 0847.05094号
[21] J.Weyer-Menkhoff,系统发育组合学中的新四重奏方法,博士论文,比勒费尔德大学,2003;J.Weyer Menkhoff,系统发育组合学中的新四重奏方法,博士论文,比勒费尔德大学,2003年
[22] Weyer-Menkhoff,J。;Devauchelle,C。;格罗斯曼,A。;Grünewald,S.,《整数线性规划作为从四元数据构建树的工具》,计算。生物化学。,29, 196-203 (2005) ·Zbl 1102.92042号
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