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杨志浩;林洪飞;李彦鹏

利用生物医学文献中基于词典的生物技术名称识别的性能。 （英语） Zbl 1158.92300号

计算。生物化学。 32，第4期，287-291（2008）.
生物科技名称识别是生物医学文献信息提取的关键步骤。本文提出了一种基于词典的生物科技名称识别方法。该方法通过缩写定义识别算法扩展生物科技名称词典，通过改进的编辑距离算法提高召回率，并采用一些后处理方法，包括前关键字和后关键字扩展、词性扩展、，合并相邻生物名称并利用上下文线索进一步提高性能。实验结果表明，使用这种方法，即使是基于内部字典的系统也可以获得相当好的性能。

MSC公司：

92B05型 普通生物学和生物数学
68单位99 计算方法和应用

关键词：

文本挖掘;实体识别;编辑距离;条件随机场

软件：

基因标签;GENIA语料库
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Z.Yang}等人，计算。生物化学。32，第4号，287--291（2008；Zbl 1158.92300）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 科恩，A.M.，2005年。使用自动提取字典进行无监督的基因/蛋白质实体归一化。《链接生物文献、本体论和数据库：挖掘生物语义》，《BioLINK2005研讨会论文集》，第14-24页。；科恩，A.M.，2005年。使用自动提取字典进行无监督的基因/蛋白质实体归一化。《链接生物文献、本体论和数据库：挖掘生物语义》，《BioLINK2005研讨会论文集》，第14-24页。
[2] Finkel，J。；丁格尔，S。；Nguyen，H。；Nissim，M。；Manning，C.，《利用上下文进行生物医学实体识别：从语法到网络》（《生物医学自然语言处理及其应用联合研讨会论文集》（JNLPBA-2004）（2004）），88-91
[3] Finkel，J。；丁格尔，S。；Manning，C.D.，《探索边界：生物医学文本中的基因和蛋白质识别》，BMC生物信息学，第6期，补编1，S5（2005）
[4] Hirschman，L。；科罗西莫，M。；摩根。；Yeh，A.，《BioCreAtIvE概述：生物学信息提取的关键评估》，BMC生物信息学，6，补遗1，S1（2005）
[5] Kim，J.D。；Ohta，T.等人。；塔泰西，Y。；Tsujii，J.，GENIA corpus——用于生物文本挖掘的语义注释语料库，生物信息学，19，补遗1，i180-i182（2003）
[6] Kim，J.D。；Ohta，T.等人。；Y.Tsuruoka。；塔泰西，Y。；Collier，N.，《JNLPBA生物技术识别任务简介》（《生物医学自然语言处理及其应用国际研讨会论文集》（JNLPBA-04）（2004）），70-75
[7] Lafferty，J。；McCallum，A.K。；Pereira，F.，条件随机场：用于分割和标记序列数据的概率模型，（国际机器学习会议记录（2001）），282-289
[8] Navarro，G.，《近似字符串匹配导览》，ACM Compute。调查。，33, 1, 31-88 (2001)
[9] Settles，B.，《使用条件随机场和新特征集的生物医学命名实体识别》（《生物医学自然语言处理及其应用联合研讨会论文集》（JNLPBA-2004）（2004）），104-107
[10] Schwartz，A.S。；Hearst，M.A.，《识别生物医学文本中缩写定义的简单算法》（《太平洋生物计算研讨会论文集》（PSB 2003）（2003）），451-462·Zbl 1255.68142号
[11] Tanabe，L.公司。；谢，N。；Thom，L.H。；马顿·W。；Wilbur，W.J.，《基因标签：基因/蛋白质命名实体识别的标记语料库》，BMC生物信息学，第6期，补充1，S3（2005）
[12] 蔡荣堂（Tsai，R.T.）。；Fu，R.H。；叶，F.L。；Tseng，C.K。；Lin，Y.C。；Huang，Y.H.，生物医学命名实体识别评估中的各种标准，BMC生物信息学，7，92（2006）
[13] Y.Tsuruoka。；Tsujii，J.，《提高基于词典的蛋白质名称识别的准确性和召回率》（ACL-03生物医学自然语言处理研讨会论文集（2003）），41-48
[14] Y.Tsuruoka。；Tateishi，Y。；Kim，J.D。；Ohta，T.等人。；麦克诺特，J。；阿纳尼亚杜，S。；Tsujii，J.，为生物医学文本开发健壮的部分语言标记器，《信息学进展——第十届泛希腊信息学会议》，382-392（2005）
[15] 周，G。；Su，J.，探索生物医学名称识别中的深层知识资源，（生物医学自然语言处理及其应用联合研讨会论文集（JNLPBA-2004）（2004）），96-99
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