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王军;郑晓琦

WSE，一种基于单词频率的新序列距离度量。 （英语） Zbl 1160.92032号

数学。Biosci公司。 215，第1期，78-83（2008）.
摘要：基于生物序列的短词合成，我们提出了一种新的距离度量——加权序列熵。作为对经典相对熵（RE）的修正，我们的度量1。在小（k），2的情况下，与RE等效。当某些单词类型在一个序列中不存在而在另一个序列上不存在时，可以避免退化。对包括SARS-CoV在内的25种病毒的实验表明，当单词长度为\（k\leqslead 3\）时，我们的方法和RE给出了完全相同的系统发育树。当（k>3）时，我们的方法仍然有效，得到了收敛的系统发育拓扑，但RE给出了退化的结果。

引用于4文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
68兰特 单词组合学
92 C50 医疗应用（一般）
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

系统发育分析;冠状病毒系统发育;构词法;相对熵;加权序列熵

软件：

菲律宾;CVTree3公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Wang}和\textit{X.Zheng}，数学。Biosci公司。215，编号1，78--83（2008；Zbl 1160.92032）
全文： 内政部 链接

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